Tiếp theo phần trước trong cốt truyện Horizon Zero Dawn, sau khi nghe tiến sĩ Elisabet Sobeck giải thích về cái gọi là dự án Zero Dawn, Aloy cuối cùng cũng biết được sự thật tại sao thế giới lại diệt vong cũng như bọn máy móc từ đâu mà xuất hiện. Khi đi sâu vào bên trong cơ sở nghiên cứu, Aloy biết thêm về các hệ thống con hỗ trợ cho GAIA, nhưng cô vẫn không biết mình và Elisabet Sobeck có quan hệ thế nào với nhau.
Trong văn phòng của Elisabet Sobeck, Aloy tìm thấy Alpha Registry tức mã nguồn chủ cho phép truy cập vào tất cả những hệ thống trực thuộc GAIA, do đó cô dự định sẽ quay trở lại cánh cửa trong lòng núi thiêng của tộc Nora, để xem mình nơi mình được sinh ra rốt cuộc là chỗ nào. Sylens nghe thấy Aloy nói vậy thì nhắc cô ta rằng không phải là “ai” mà chính xác là “thứ gì” đã sinh ra cô, Aloy rất bực mình vì thái độ này của Sylens. Trong lúc đó thì đám lính Eclipse đã đi xuống bên dưới và bắt gặp Aloy, cô bị đánh gục rồi bắt đi.
Aloy tỉnh lại và thấy trang bị của mình đã bị lấy mất, còn bản thân thì đang bị giam giữ trong một cái lồng ngay bên trên Sun-Ring. Trong cốt truyện Horizon Zero Dawn thì đây là đấu trường cổ của người Carja, nơi Sun King đời 13 từng đem những người dân bị bắt cóc đến để hiến tế. Thủ lĩnh của Eclipse là Helis cũng có mặt tại đó, hắn nói với Aloy trước khi hệ thống liên lạc bị phá hủy thì đám quân Eclipse đã kịp nhận lệnh để tới tấn công lãnh địa người Nora. Helis sau đó thả Aloy xuống đấu trường để tái hiện lại nghi thức cổ, mạng sống của cô sẽ được “hiến tế” cho đám máy móc phía dưới.
Do không thể chiến đấu mà không có vũ khí, Aloy đã lừa cho hai con Behemoth húc đổ các cột trụ, từ đó lấy lại trang bị đang bị của mình của mình đang bị mắc kẹt trong lồng giam. Sau khi có lại vũ khí thì cô dễ dàng tiêu diệt đám máy móc trên đấu trường, tiếp đó lên tiếng thách thức Helis nhưng hắn không quan tâm mà chỉ đơn giản thả thêm một đám Corruptors vào đấu trường.
Khi Aloy đang bị bao vây thì Sylens bất ngờ xông thẳng từ bên ngoài vào để giải cứu cho cô, hai người chạy ra khỏi địa phận của dân Shadow Carja. Đây là lần đầu tiên Aloy gặp mặt trực tiếp Sylens trong cốt truyện Horizon Zero Dawn, ông ta xin lỗi Aloy về những gì đã nói lúc trước và đưa lại cho cô một cái Focus mới vì cái cũ đã bị Helis đập nát. Tuy vậy Sylens không đi cùng Aloy về tiếp cứu cho người Nora, do đó hai người tạm thời chia tay nhau.
Khi Aloy trở về lãnh địa Nora thì chỗ này đã bị quân của Eclipse tàn phá nặng nề, những người còn sống sót phải rút về đền thiêng trên núi để cố thủ. Aloy đã quy tụ được một số Nora Brave còn sót lại và đánh thẳng vào đám quân Eclipse, đánh bại số corrupted machines mà chúng mang theo với sự giúp đỡ của những người Nora từ phía trong.
Sau khi giải quyết xong việc chính, Aloy đi tới gặp các đại tư tế - một số người không hài lòng lắm khi thấy cô vì nghĩ rằng Aloy là điềm gở đã đem đám corrupted machines tới cho bộ tộc. Aloy không tranh cãi với bọn họ mà chỉ đi thẳng vào trong lòng núi thiêng, cô dùng Alpha Registry để mở cánh cửa lúc trước, chuẩn bị khám phá bí mật về thân thế cũng như tại sao khuôn mặt của mình lại giống Elisabet Sobeck tới vậy.
Nơi mà người Nora gọi là “Mẹ toàn năng” trong cốt truyện Horizon Zero Dawn, khởi nguồn cho tín ngưỡng của họ trên thực tế là một cơ sở của ELEUTHIA có tên là ELEUTHIA-9, đây là nơi mà những con người đầu tiên của thế hệ mới được sinh ra từ những lồng ấp nhân tạo sau khi thảm họa Faro chấm dứt, cho nên có thể coi nó là thủy tổ của người Nora cũng được. ELEUTHIA có một hệ thống trí thông minh nhân tạo đủ để nuôi dưỡng các đứa trẻ của nó qua giai đoạn tuổi thơ, sau đó đám nhóc này sẽ được giao cho APOLLO để truyền lại kiến thức cao hơn, nhưng vì một lý do nào đó mà APOLLO bị phá hủy, nên tiến trình này bị hủy bỏ.
Aloy biết được rằng khi cơ sở ELEUTHIA-9 hết thức ăn dự trữ, cộng thêm không có sự hỗ trợ của APOLLO nó đã buộc phải thả những con người đầu tiên vào tự nhiên rồi đóng cửa lại vĩnh viễn. Lứa nhân loại này trở thành thủy tổ của người Nora và Carja, do không có kiến thức của APOLLO nên họ sinh sống theo kiểu nguyên thủy như chúng ta đã thấy trong cốt truyện Horizon Zero Dawn.
Khi đi sâu vào trong thì Aloy cuối cùng cũng tìm được một đoạn lời nhắn của GAIA, theo đó đã có một tín hiệu lạ xâm nhập vào GAIA lẫn 9 hệ thống con, gây ra các xáo trộn và khiến cho HADES hiểu lầm là quá trình tái tạo Trái Đất gặp trục trặc khiến nó tự khởi động nhiệm vụ reset thế giới. Để ngăn điều này xảy ra GAIA đã tự mình cho phá hủy toàn bộ cơ sở chính (GAIA Prime) bao gồm cả 9 hệ thống để chết chung với HADES, nhưng lúc cuối cùng HADES đã tự biến mình thành virus để thoát ra ngoài.
Trước lúc đặt lệnh tự hủy diệt, GAIA đã gửi một yêu cầu cuối cùng tới ELEUTHIA-9, sử dụng tế bào của tiến sĩ Elisabet Sobeck (người tạo ra GAIA) để tạo ra một sinh mạng mới với tỉ lệ trùng khớp gene là 99,47% với hi vọng nhân bản này sẽ có thể hồi phục lại hệ thống. GAIA là một trí thông minh nhân tạo độc lập, do đó nó hi vọng nhân bản mang trí thông minh của người đã tạo ra mình sẽ đủ khả năng để làm nên điều kỳ diệu. GAIA cũng để lại một mã lệnh có khả năng vô hiệu hóa toàn bộ hệ thống gọi là Master Override, thứ dùng để tiêu diệt HADES.
Sau khi lời nhắn này kết thúc, Aloy rất sốc khi biết rằng mình vốn chỉ là một nhân bản của một người đã chết cách đây hàng trăm năm, mặc dù vậy cô vẫn kiên trì mục tiêu hoàn thành sứ mệnh của mình và quyết định đi tới GAIA Prime để tìm Master Override. Sau khi đi ra ngoài, Aloy được những người dân Nora tôn sùng vì cho rằng cô đã liên lạc trực tiếp với “Mẹ toàn năng” và coi Aloy như một tín sứ của thần thánh.
Aloy rất tức giận vì người Nora lúc trước đối xử với Rost và cô không ra gì, bây giờ lại thay đổi. Aloy nói rằng cuộc tấn công của Eclipse rồi sẽ ảnh hưởng toàn thế giới, người Nora sẽ không thể tự tách mình ra khỏi chuyện này được, sau đó Aloy rời đi để tìm đường đến GAIA Prime – trung tâm chủ của hệ thống GAIA.
Aloy đi lên phía Bắc và tìm thấy GAIA Prime, hay chính xác là những tàn tích còn lại của nó khi GAIA tự hủy để tìm cách tiêu diệt HADES. Aloy cũng gặp lại Sylens nhưng là dưới dạng truyền tin của Focus, ông ta cho rằng vẫn có cách để hồi sinh GAIA nhưng việc đó phải tốn rất nhiều thời gian, còn lúc này thì ưu tiên hàng đầu vẫn là phải ngăn chặn HADES. Bản thân Sylens cũng đã từng đến GAIA Prime và còn lập ra hẳn một xưởng nghiên cứu tại đây, nhưng vì nhiều lý do khác nhau ông ta đã bỏ đi để nghiên cứu sâu hơn về các kiến thức mà mình thu được.
Khi đi sâu vào GAIA Prime, Aloy tìm được một bản ghi nhớ của các Alpha (những nhà khoa học do chính Elisabet Sobeck tuyển chọn để tạo nên GAIA và 9 hệ thống con), cũng như cái chết của bà ta trong cốt truyện Horizon Zero Dawn. Theo đó vào thời điểm khi đại dịch Faro đã hoàn toàn hủy diệt con người, chúng phát hiện ra tín hiệu sự sống phát ra từ GAIA Prime nên lũ lượt kéo đến để tiêu diệt những con người cuối cùng còn sống.
Điều xui xẻo là lúc đó cánh cửa lớn của GAIA Prime lại bị trục trặc nên không thể đóng lại, trong lúc các Alpha đang tìm cách giải quyết thì Elisabet Sobeck đã mặc đồ bảo hộ và một mình đi ra ngoài để sửa chữa nó. Cuối cùng khi cánh cửa đóng lại thì bà ta cũng bị nhốt vĩnh viễn bên ngoài, hi sinh bản thân cho sự tồn vong của loài người.
Aloy sau đó tìm được Master Override trong căn phòng họp của GAIA Prime, ở chỗ này cũng có rất nhiều xác chết và một lời nhắn còn sót lại. Sau khi Elisabet Sobeck hi sinh để đóng cánh cửa ngăn cách lũ robot, Ted Faro đã triệu tập toàn bộ các Alphas cho một cuộc gặp mặt quan trọng. Sau khi đại dịch Faro diễn ra, Ted Faro đã dùng tất cả tài sản của mình để tài trợ cho dự án Zero Dawn, nhưng bản thân lại luôn bị dằn vặt vì nguyên nhân của thảm họa này là do ông ta muốn sáng chế ra một loại robot mới để độc quyền thị trường.
Chính Ted Faro là người đã yêu cầu Elisabet Sobeck làm ra Master Override, để trong trường hợp tệ nhất sẽ phá hủy GAIA, hơn nữa vào những năm cuối đời, ông ta còn mắc chứng tự kỷ ám thị luôn có những ảo giác về hệ thống GAIA – cụ thể là APOLLO. Theo như suy nghĩ của Ted thì nếu như thế hệ con người sau thảm họa biết được các kiến thức từ APOLLO, rất có khả năng họ sẽ mắc phải sai lầm tương tự, do vậy ông ta đã phá hủy đi APOLLO và đó là lý do tại sao trong cốt truyện Horizon Zero Dawn lại có nền văn minh kỳ lạ như vậy.
Để ngăn không cho các Alphas tái tạo lại APOLLO, Ted Faro đã dùng cuộc họp này để tập trung họ lại một chỗ và xả khí độc giết chết toàn bộ những người này, số phận của Ted Faro sau việc này cũng không rõ, có thể ông ta đã tự sát ở đâu đó. Sau khi Aloy biết được hết các thông tin này, cô đã quay trở ra và gặp lại Sylens, ông ta đưa cho cô cây giáo của mình để gắn vào chiếc Master Override, biến nó trở thành thứ có thể phá hủy được HADES trong cốt truyện Horizon Zero Dawn, hai người sau đó chia tay nhau.
Mục tiêu của HADES là nhờ đám Eclipse đưa nó lên tòa tháp cao nhất thế giới có tên là Spire, nơi này lúc trước được MINERVA dựng lên để truyền tín hiệu ra khắp thế giới nhằm tiêu diệt lũ robot Faro, về sau nó được người Carja coi như vùng đất thánh. Aloy biết được điều này nên cô nhanh chóng quay trở về Meridian để cảnh báo cho Sun King Avad, các bộ tộc như Banuk, Oseram và Nora cũng tới Meridian cùng giúp đỡ Nora.
Vào buổi sáng hôm sau, đợt tấn công của Eclipse bắt đầu diễn ra khi một số lớn Corruptors và Deathbringers xuất hiện, cùng lúc đó Helis cũng dẫn thân tín của mình tiến vào cung điện tìm cách phá hoại từ bên trong. Aloy bảo Avad cứ đi ra ngoài chỉ huy quân lính, còn cô ta sẽ cản Helis lại một mình, trải qua một cuộc đấu tay đôi vất vả, cuối cùng Aloy cũng đánh bại được Helis trước khi giết hắn ta để trả thù cho Rost.
Quay trở lại cổng chính, mặc dù Aloy và rất nhiều lính Carja cố gắng chống đỡ nhưng không thể vì số lượng chúng quá đông, Aloy bị ngất đi khi những con Deathbringers kéo quả cầu có chứa HADES lên đỉnh tháp Spire. Sau khi tỉnh lại, Aloy được những đồng minh giúp đỡ leo lên Spire, lúc này HADES đã tách ra khỏi thể chính và bắt đầu quá trình truyền tín hiệu hủy diệt thế giới.
Với sự giúp đỡ của bạn bè, Aloy đã hạ gục con Deathbringers canh giữ, kéo HADES ra khỏi hệ thống truyền tin và cắm cây giáo có chứa Master Override vào đó để ngắt tín hiệu. Ngay sau khi HADES bị vô hiệu hóa, những con Deathbringers còn sót lại cũng gục xuống theo vì mất người điều khiển, thế giới như vậy là đã được cứu sống.
Sau khi trận chiến kết thúc, Aloy đã một mình rời đi dựa theo tín hiệu thu được để đến nơi Elisabet Sobeck an nghỉ, bà ta vẫn mặc bộ giáp bảo hộ và trông như đang ngủ. Aloy gặp lại người đã tạo ra mình và biết được nguyện vọng của Elisabet Sobeck là muốn có một đứa con gái tich nghịch, dũng cảm và luôn biết tò mò.
Thực ra mọi việc trong cốt truyện Horizon Zero Dawn vẫn còn một chút nữa, đó là HADES chưa bị tiêu diệt hẳn, lúc cái Master Override cắm vào nó đã một lần nữa thoát ra được và bay lên trời. HADES bắt được một tín hiệu quen thuộc, sau đó nó bị Sylens dùng một thiết bị lạ bắt lấy, ở phần cuối của game Sylens đã nói: “xin chào, ông bạn cũ”.
- Ở đây giải thích một chút về Sylens trong cốt truyện Horizon Zero Dawn, không ai biết về quá khứ khi còn nhỏ của Sylens, chỉ biết rằng ông ta có một niềm đam mê mãnh liệt với các thứ đến từ nền văn minh Old Ones. Khi còn trẻ Sylens đã đến lãnh địa của người Banuk, với lòng nhiệt thành về những kiến thức liên quan tới máy móc, ông ta nhanh chóng lấy được lòng tin của dân Banuk, đến nỗi được bọn họ cho vào những khu đất linh thiêng chỉ dành cho các Shaman của bộ tộc. Đáng tiếc là về sau Sylens đã lẻn đi sau khi đánh cắp kha khá một mớ bảo vật của dân Banuk, khiến họ coi ông ta là một kẻ phản bội.Sylens cũng là người đầu tiên tìm ra GAIA Prime khi nó phát nổ, nhưng không thể đi sâu hơn vào bên trong và đành lập ra một phòng nghiên cứu tại đây để canh giữ nó. Về sau Sylens tìm được một cái Focus rồi lần ra tín hiệu của HADES (lúc này là dạng virus đang ẩn mình trong một thiết bị điện tử sau khi trốn khỏi GAIA Prime), bằng kiến thức của mình Sylens đã sửa chữa cho HADES tới mức nó có thể liên lạc với ông ta thông qua Focus. HADES đã lập ra giao kèo với Sylens, nó sẽ truyền tải cho ông ta toàn bộ thông tin về nền văn minh cũ, đổi lại Sylens phải giúp HADES biết về thế giới hiện tại.
Khi cuộc nội chiến Carja nổ ra với sự ra đời của dân Shadow Carja, Sylens đã tới gặp Kestrel Helis và cho hắn biết sự tồn tại của HADES. Tình cờ rằng bản chất của HADES lại giống như tín ngưỡng của dân Shadow Carja (thờ bóng tối và quỷ dữ), nên Helis đồng ý rồi lập ra hội Eclipse với mục đích khai quật lại các robot bị chôn sâu trong lòng đất, giúp bọn họ chống lại phe Carja. Nhóm Eclipse thực ra là cũng bị HADES lợi dụng, nó muốn có nhân lực để thực hiện kế hoạch reset thế giới.Tuy giúp đỡ HADES nhưng Sylens vẫn luôn đề phòng con AI này, lý do tại sao nó lại cần khai quật lại đám robot nguy hiểm kia. Về sau khi HADES lập ra mạng lưới thông tin thông qua các Focus, Sylens đã lén cài bộ phận theo dõi để xem mục đích thật sự của HADES, khi biết ý định của nó là tiêu diệt thế giới thì Sylens đã nhanh chóng rời đi. Tuy vậy Sylens vẫn rất tò mò muốn tìm hiểu về bí mật của thế giới, do đó ông ta quyết định theo dõi người mà HADES muốn giết là Aloy để xem có tìm ra cái gì không (phần tiếp theo thì mọi người đều biết rồi).
Ở cuối cốt truyện Horizon Zero Dawn, khi Sylens bắt giữ HADES, ông ta đã hé lộ mình đã biết cái tín hiệu làm nhiễu GAIA và khiến HADES trở nên độc lập là gì, có thể đây là manh mối cho phần 2 của game, còn tới đây thì chúng ta coi như đã hoàn thành cốt truyện Horizon Zero Dawn rồi.