Tiếp theo phần một trong cốt truyện Horizon Zero Dawn kể về các diễn biễn trước khi nhân vật chính Aloy ra đời, lúc này đám Robot Chariot của tập đoàn Faro đã hoàn toàn mất kiểm soát và bắt đầu tiêu diệt tất cả mọi sự sống trên Trái Đất (trong game gọi là đại dịch Faro). Sau khi bị lỗi hệ thống thì mệnh lệnh của chúng đặt sự tồn tại của bầy lên trên hết, mỗi Chariot sẽ liên tục hấp thụ địa tầng và sinh vật sống xung quanh chuyển thành nhiên liệu, cho tới khi không còn thứ gì tồn tại.
Sức mạnh của Chariot là không thể ngăn cản, về cơ bản thì khi cái lỗi này xảy ra thì con người coi như đã chắc chắn sẽ bị hủy diệt. Không một lực lượng quân sự nào có thể chống lại chúng, cũng như để có thể hack vào hệ thống các Metal Devil để vô hiệu hóa đàn Chariot thì cũng mất tối thiểu 50 năm. Tiến sĩ Elisabet Sobeck là người đầu tiên nhận ra lúc này mọi sự chống cự đều là vô nghĩa, con người nên tính cách làm sao để không bị tuyệt diệt bởi các thảm họa này.
Ý tưởng của cô ta là tạo ra một hệ thống máy chủ liên hoàn, sử dụng một trí thông minh nhân tạo mạnh nhất và có khả năng tự học hỏi được gọi là GAIA. Sau khi con người hoàn toàn bị đám Chariot tiêu diệt, GAIA sẽ dùng thời gian vô tận của mình để từ từ bẻ khóa và vô hiệu hóa các đầu não Metal Devil, từ đó tiêu diệt hết đám Chariot. Bước tiếp theo GAIA sẽ tự sản xuất ra các Green Robot để phục hồi sự sống trên Trái Đất, cũng như nhân bản con người từ những phôi thai được giữ lạnh, như vậy thì loài người sẽ một lần nữa hồi sinh.
Để thực hiện kế hoạch này, Elisabet Sobeck đã quyết đoán sẽ phải bỏ mặc toàn bộ người dân đang sống trên Trái Đất, không gì có thể cứu họ khỏi thảm họa diệt chủng từ đàn Chariot cả. Cô ta thông báo cho chính phủ Mỹ và sử dụng số thời gian ít ỏi còn lại để lập nên một đội ngũ riêng, những người này có nhiệm vụ phát triển ra GAIA cùng các hệ thống con hỗ trợ cho nó. Để tránh mọi việc bị lộ ra ngoài và gây hoang mang cho người dân, Elisabet đã ép buộc Ted Faro dùng toàn bộ gia sản của ông ta để tài trợ cho dự án GAIA, vì nguyên nhân chính của thảm họa này là do Ted Faro đã chế tạo ra Chariot.
Vậy là vào năm 2065, đội ngũ của Elisabet Sobeck với sự giúp đỡ của Ted Faro đã bắt đầu xây dựng GAIA, họ chọn một hẻm núi khuất sâu vào trong núi tuyết để tránh bị đàn Chariot mò ra. Elisabet Sobeck gọi dự án này là Zero Dawn, cô ta và Ted Faro cũng là người nắm quyền cao nhất và chịu trách nhiệm chính cho tất cả mọi thứ. Những người giúp đỡ Elisabet trong cốt truyện Horizon Zero Dawn được gọi chung bằng một bí danh là Alpha, bọn họ chia làm các bộ phận riêng để tạo nên các mục khác nhau.
Dự án Zero Dawn lấy GAIA làm trung tâm, phía dưới nó là 9 hệ thống con, tất cả đều có trí thông minh nhân tạo để tự nhận biết và hoàn thành nhiệm vụ. Điểm khác biệt ở đây là chỉ có một mình GAIA là đủ khả năng để tự phát triển và đưa ra các mệnh lệnh riêng, còn 9 hệ thống kia tập trung vào các nhiệm vụ chúng được lập trình từ trước. Trong quá trình phát triển GAIA, Ted Faro và Elisabet Sobeck cũng tranh cãi với nhau về việc cài đặt mã lệnh phá hủy GAIA (đề phòng trường hợp xấu nhất), cuối cùng Elisabet Sobeck cũng phải chịu nhượng bộ và tạo ra một mã lệnh riêng có thể vô hiệu hóa GAIA và 9 hệ thống con của nó.
9 hệ thống con của GAIA được đặt theo tên các vị thần trong thần thoại Hy Lạp, mỗi hệ thống con này sẽ có một đội Alpha riêng giúp lập trình và nhận biết nhiệm vụ, tất cả sẽ liên kết với nhau để thực hiện sứ mệnh cuối cùng là đem sự sống trở lại Trái Đất. Cụ thể 9 hệ thống con của GAIA trong cốt truyện Horizon Zero Dawn như sau:
- AETHER: Có nhiệm vụ thanh lọc không khí sau khi đám Chariot bị tiêu diệt, cân bằng lại lượng Oxi trên bề mặt vì cơ bản lúc đó chả còn thứ gì tồn tại trên Trái Đất cả.
- APOLLO: Là máy chủ lưu trữ toàn bộ kiến thức tự cổ chí kim của nhân loại, nó sẽ đóng vai trò như một thầy giáo giúp thế hệ con người mới biết về những gì từng xảy ra trên Trái Đất, cũng như cảnh báo họ về hậu quả mà tổ tiên từng gánh chịu với đại dịch Faro. Trong cốt truyện Horizon Zero Dawn thì APOLLO đã bị phá hủy, do đó tại sao chúng ta thấy con người lại sống theo kiểu bộ lạc nguyên thủy như vậy.
- ARTEMIS: Giúp tái tạo lại bề mặt Trái Đất bằng cách nhân bản vô tính động vật từ các nguồn trữ sẵn từ trước.
- DEMETER: Nhiệm vụ tương tự ARTEMIS nhưng DEMETER đảm nhận phần trồng lại hệ thực vật.
- POSEIDON: Làm sạch các bề mặt có nước như sông hồ và biển cả, tái tạo lại các sinh vật sống tương ứng.
- ELEUTHIA: Trước khi bắt đầu dự án GAIA, đội ngũ phát triển đã tập hợp một số lượng tế bào gốc của con người, họ trữ đông chúng và để cho ELEUTHIA phát triển rồi nhân bản lên để tạo ra thế hệ tiếp theo trên Trái Đất. Theo như chức năng chính thì ELEUTHIA sẽ chăm sóc thế hệ này qua thời ấu thơ, sau đó giao cho APOLLO giảng dạy về kiến thức nâng cao, nhưng vì APOLLO bị phá hủy nên ELEUTHIA về sau cũng bị ảnh hưởng.
- HADES: Một dạng nút “reset” thế giới, nếu trong quá trình làm việc xảy ra sự cố hoặc GAIA vì một lý do nào đó thất bại trong việc tái tạo Trái Đất, HADES sẽ phá hủy và đưa mọi thứ trở về hiện trạng ban đầu (tiêu diệt mọi sự sống trên bề mặt), để cho GAIA thực hiện lại một lần nữa.
- HEPHAESTUS: Nơi lắp rắp ra các Green Robot với chức năng đẩy nhanh quá trình thanh tẩy bề mặt, xóa dấu tích xác lũ Chariot còn sót lại, trong cốt truyện Horizon Zero Dawn thì hầu hết đám máy móc chúng ta thấy đều có xuất xứ từ các cơ sở sản xuất trực thuộc HEPHAESTUS.
- MINERVA: Sau khi đại dịch Faro chấm dứt và con người bị tiêu diệt hoàn toàn, GAIA sẽ bắt đầu quá trình giải mã để xâm nhập vào hệ thống điều khiển của bọn chúng, quá trình này dự kiến mất khoảng 50 năm. Sau đó mã lệnh sẽ được đưa cho MINERVA để truyền khắp mọi cá thể Chariot trên Trái Đất, vô hiệu hóa toàn bộ đám Robot này.
Khoảng năm 2066 dự án Zero Dawn hoàn thành, đây cũng là lúc đám Chariot gần như đã hủy diệt toàn bộ con người trên Trái Đất, tới năm 2068 thì chính thức xác nhận không còn bất kỳ sự sống nào tồn tại nữa, GAIA bắt đầu quá trình giải mã hệ thống điều khiển Chariot.
Sau đó vào năm 2116, GAIA cuối cùng cũng thành công và tải mã hủy hệ thống Chariot cho MINERVA để tiêu diệt hết bầy Chariot trên mặt đất. Cùng thời gian này các cơ sở chế tạo của HEPHAESTUS cũng rục rịch hoạt động, những Green Robot đầu tiên ra đời và công cuộc tái tạo bề mặt Trái Đất chính thức bắt đầu.
Quá trình này tiếp diễn đồng thời với quá trình sản sinh lại các sinh vật đã từng tồn tại trên Trái Đất, khi GAIA tính toán được Trái Đất đã ở trong trạng thái đủ để hỗ trợ các sinh vật sống thì những lò ấp của ELEUTHIA cũng bắt đầu nhân bản lại con người. Thế hệ đầu tiên của nhân loại thời kỳ hậu tận thế nằm tại một cơ sở được đánh mã ELEUTHIA-9, bọn họ được gọi là ELEUTHIA-9 Brood-1 (hoặc viết tắt thành E9B1)
Cơ sở ELEUTHIA-9 bước đầu thành công trong việc tạo ra thế hệ đầu tiên, các đứa trẻ này lớn lên với sự nuôi dưỡng và hướng dẫn bởi các hình họa lập thể mô phỏng con người do trí thông minh nhân tạo của ELEUTHIA đảm nhiệm. Nhưng một vấn đề đã xảy ra, đó là khi các đứa trẻ này dần bước vào tuổi trưởng thành, vốn dĩ ELEUTHIA sẽ chuyển chúng APOLLO để tiếp tục truyền lại các kiến thức nâng cao, nhưng vì APOLLO đã bị phá hủy nên quá trình này không thể xảy ra.
Tới năm 2326, vì hết lương thực dự trữ và thiếu khả năng dạy dỗ lứa nhân loại mới, ELEUTHIA-9 buộc phải thả hết đám “con” của nó vào tự nhiên (lúc này hầu hết khoảng độ tuổi trưởng thành). Sau đó cơ sở này đã rơi vào trạng thái ngủ đông và đóng lại vĩnh viễn, những đứa trẻ của ELEUTHIA-9 có thể tính là thủy tổ đầu tiên của con người trong hậu tận thế. Bọn họ là những lớp người đầu tiên của 2 bộ lạc Nora và Carja, với khả năng hiểu biết ở mức cơ bản và hoàn toàn không có kiến thức hiện đại.
Những người Nora coi cánh cổng dẫn vào ELEUTHIA-9 là Đấng tối cao tạo ra mình, bọn họ bắt đầu tôn sùng vật này như một tín ngưỡng riêng và gọi nó bằng cái tên “Mẹ toàn năng”. Bộ tộc Nora lấy ngọn núi nơi có ELEUTHIA-9 làm trung tâm và phát triển theo dạng quần thể bộ lạc xung quanh, đây cũng là nơi nhân vật chính Aloy ra đời trong cốt truyện Horizon Zero Dawn.
Từ những năm 2363 trở đi, con người dần dần xuất hiện và khai phá thế giới. Do thiếu kiến thức được truyền lại từ APOLLO nên mỗi vùng có nền văn minh khác nhau, tùy thuộc cách sống của họ trong thiên nhiên. Điểm chung là bọn họ đều đi săn các Green Robot lúc này vẫn đang làm nhiệm vụ tẩy độc Trái Đất để lấy nguyên liệu, hơn nữa do mã lệnh của GAIA nên các Robot đều không làm hại con người, do đó mới có chuyện một thế giới hậu tận thế kỳ lạ với hàng đống Robot khổng lồ như vậy.
700 năm tiếp theo vào khoảng thế kỷ 31 sau công nguyên (năm 3020), một sự kiện lớn diễn ra đánh dấu mốc bắt đầu cốt truyện Horizon Zero Dawn, một luồng tín hiệu bí ẩn đột nhiên thâm nhập vào GAIA, tuy không ảnh hưởng tới GAIA như nó khiến cho 8 hệ thống con (không tính APOLLO đã bị hủy diệt) phát triển trí thông minh nhân tạo độc lập, thoát khỏi lệnh khống chế của GAIA và bắt đầu có những hành động riêng.
Trong số 8 hệ thống bị ảnh hưởng thì HADES và HEPHAESTUS nổi trội nhất, chúng bắt đầu phân tích và đưa ra những mệnh lệnh theo chức năng mà bản thân đang thực hiện. HEPHAESTUS nhận thấy các Green Robot đang bị con người săn đuổi để lấy nguyên liệu, nên nó đã coi đó là mối nguy hiểm cho tiến trình tẩy độc bề mặt.
Do đó HEPHAESTUS đã lấy lại quyền điều khiển các khu chế tạo, nó bắt đầu sản xuất các Robot có vũ khí và biết tấn công, với vai trò như những kẻ bảo vệ đám Green Robot. Nhân loại gọi sự kiện này là Derangement, khi các cỗ máy mà họ vẫn săn đột nhiên hung hăng hơn, cũng như sự xuất hiện của rất nhiều loại “thú” với hình dạng, vũ khí và chỉ tập trung tấn công con người.
Về phần HADES thì nó có ý định nguy hiểm hơn, vốn dĩ nhiệm vụ của HADES là nút reset thế giới phòng khi GAIA thất bại, nhưng vì cái tín hiệu bí hiệu kia ảnh hưởng khiến cho hệ thống này đột ngột muốn tái khởi động quá trình “reset bề mặt thế giới” (nói gọn là tiêu diệt tất cả sự sống trên Trái Đất). Để làm được điều này, HADES đã cố gắng chiếm quyền điều khiển từ GAIA, nhưng trí thông minh nhân tạo của GAIA đã tự cho nổ tung khu vực máy chủ của mình là GAIA Prime nhằm chết chung với HADES.
Đáng tiếc là trước lúc bị tiêu diệt, HADES đã tự động phát ra một lệnh mới giải phóng bản thân khỏi sự liên kết với GAIA, nó tự biến mình thành một loại Virus rồi sau đó bay thẳng ra khỏi cơ sở GAIA Prime và mất dạng vào thế giới con người. HADES có thể coi là nhân vật phản diện chính trong cốt truyện Horizon Zero Dawn, khi nó tiếp tục tìm cách thực hiện mục đích của mình là tiêu diệt mọi sự sống trên Trái Đất.
Sau đó một ít lâu vào năm 3021, nhân vật chính của chúng ta – Aloy chính thức được sinh ra từ cơ sở ELEUTHIA-9 vốn dĩ đã ngủ đông hàng thế kỷ. Vì người Nora coi ELEUTHIA-9 trong cốt truyện Horizon Zero Dawn như thủy tổ tín ngưỡng của mình, nên sự xuất hiện của Aloy giống như một dạng điềm báo từ thần thánh.
Vì một vài lý do nào đó mà họ không dám nuôi dưỡng Aloy, thay vào đó các tư tế trên điện thờ đã giao đứa bé này cho Rost – một thợ săn đã bị đuổi khỏi bộ tộc gọi là Outcast. Trong văn hóa Nora thì Outcast là những thành viên từng phạm lỗi lầm lớn, sau khi xét xử nếu hội đồng thấy đó là điều không thể tha thứ thì bọn họ sẽ bị tách khỏi cộng đồng và không được gia nhập lại bộ tộc, không được phép giao du cùng mọi người nữa – hiểu nôm na thì Outcast coi như là bị tước quyền công dân Nora cũng được.
Những năm tiếp theo Aloy sống trong sự dạy dỗ của Rost, cho tới khi cô đủ 18 tuổi và bắt đầu tham gia vào lễ hội trưởng thành của tộc Nora, từ đây chính thức bắt đầu hành trình phiêu lưu của Aloy trong cốt truyện Horizon Zero Dawn.