3 năm trôi qua sau vụ phá án gây chấn động của thám tử Yagami khiến cả bộ y tế lẫn hệ thống yakuza ở Kamurocho bị rung chuyển. Trong Lost Judgment tay thám tử Yagami cùng đồng sự Kaito của mình bất ngờ nhận lời mời từ 2 người quen cũ ở vụ trước là Sugiura và Tsukumo. Họ đang sống tại quận Ijincho, thành phố Yokohama và đang có một vụ lớn cần giúp sức.
Số là ngài Okuda, chủ tịch của trường tư thục Seiryo muốn thuê thám tử bí mật điều tra vấn nạn bắt nạt học đường ở trường ông. 4 năm trước, một học sinh ở trường Seiryo là Toshiro đã bị bắt nạt phải thắt cổ tự tử, việc này gây nhiều tai tiếng nên ông không muốn thảm kịch lại tiếp diễn.
Nhóm của Yagami bắt tay vào điều tra sau đó nhanh chóng phát hiện, ngăn chặn một vụ bắt nạt và giải cứu nữ sinh tên Koda. Họ dùng loa gián tiếp kích động những bạn khác trong lớp đứng ra trấn áp bọn bắt nạt và bảo vệ Koda. Điều này cũng gieo một ý thức chống nạn bắt nạt trong nội bộ học sinh giúp ngăn chặn sự bắt nạt tái diễn.
Khi mọi việc tưởng như xong xuôi thì Saori từ văn phòng luật sư Genda gọi điện. Cô đang theo một vụ án của người đàn ông tên Ehara, ông ta bị kết tội sàm sỡ một phụ nữ trên tàu điện. Tuy nhiên điều lạ lùng là khi bị kết án ông ta đã tiết lộ chi tiết về cái chết của một người ở tận Ijincho có tên Mikoshiba, là giáo sinh thực tập tại trường Seiryo.
Những chi tiết mà ông ta nói đi trước cả thông tin của cảnh sát nghĩa là ông ta có liên quan đến những kẻ gây ra án mạng. Hãy cùng xem video ở trên để hiểu thêm về cốt truyện của Lost Judgment nhé!