Lost Judgment kể về câu chuyện tiếp nối phần trước, Takayuki Yagami đã từ chối cơ hội trở lại với nghề luật sư bởi anh nhận ra bản tính thích tự do của mình không phù hợp với một công việc đòi hỏi sự nghiêm túc và chỉn chu trong mọi hoàn cảnh. Cùng với ông bạn Masaharu Kaito, một cựu yakuza cộm cán của nhà Matsugane, cả hai tiếp tục công việc điều hành văn phòng thám tử Yagami với các vụ án tìm mèo lạc, theo dõi ngoại tình, điều tra biến thái... để kiếm cơm qua ngày.
Nội dung chính của Lost Judgment diễn ra vào tháng 12-2021 tại tòa án Tokyo. Một bị cáo tên Akihiro Ehara đang bị xét xử vì hành quấy rối phụ nữ trên tàu điện ngầm. Vụ án kết thúc nhanh chóng khi nhân chứng vật chứng đều có đủ nên bị cáo đã bị tòa phán 6 tháng tù giam nhưng lúc này bị cáo lại nói: “Ba ngày trước, có xác chết tìm thấy ở tòa nhà bỏ hoang tại Yokohama. Nó đã được xác nhận danh tính chưa?” Sau khi điều tra, cảnh sát đã phát hiện xác chết đúng như lời khai trên tòa.
Thế nhưng điều khiến Yagami đau đầu chính là làm thế nào mà Akihiro Ehara lại có thể phạm phải hai tội ác trong cùng một thời điểm như vậy. Có khi nào vụ sàm sỡ chỉ là tình tiết nhằm thoạt tội giết người của bị cáo? Càng đào sâu vào tìm hiểu hai vụ án, Yagami càng phát hiện nhiều bí mật động trời, cùng với đó là câu hỏi khiến tay thám tử lẫn người chơi phải trăn trở: Bảo vệ luật pháp hay thực thi công lý?