Bởi cốt truyện của Origins lấy bối cảnh 7 năm trước các sự kiện của phần 1 và có sự liên kết chặt chẽ với phần này,vậy nên bạn đọc có thể tìm hiểu về cốt truyện của Silent Hill để hiểu Origins rõ hơn.
Travis Grady là một tài xế xe tải đang trên đường đến Brahms, do trễ chuyến giao hàng nên anh quyết định đi tắt qua Silent Hill cho nhanh. Trên đường, bỗng Travis thấy ai đó trùm áo kín người đang ngồi giữa đường nên dừng xe xuống kiểm tra. Khi xuống xe, Travis bắt gặp một cô bé mặc đồng phục học sinh bỏ chạy. Cảm thấy hiếu kỳ Travis liền đi theo cho đến khi thấy ngôi nhà đang bốc cháy dữ dội. Bên ngoài ngôi nhà có bóng dáng một người phụ nữ đang lén lén lút lút đứng nhìn ngó rồi nhanh chóng lẩn đi. Khi Travis định tiến tới hỏi thăm thì nghe tiếng hét thảm phát ra từ trong nhà. Mặc kệ người phụ nữ kia, Travis xông vào nhà và tìm thấy một cô gái bị bỏng toàn thân và trông như đang bị hiến tế. Sau khi cứu được cô bé thoát khỏi ngôi nhà, Travis kiệt sức nên gục xuống và bất tỉnh.
Ngày tiếp theo, Travis tỉnh dậy và nhận ra mình đang nằm trên băng ghế dài tại trung tâm thị trấn Silent Hill. Nhớ lại những gì xảy ra trước đó, Travis tìm đến bệnh viện Alchemilla để xem cô gái mình cứu đêm qua có ở đó không. Tại bệnh viện, Travis gặp bác sĩ Michael Kaufmann nhưng ông này lại cho biết bệnh viện không tiếp nhận thêm bệnh nhân mới nào. Trong khi Travis đi theo tay bác sĩ lên tầng 2 và đột nhiên hắn bị quái vật y tá tấn công. Hạ được Nurse, Travis tiếp tục tìm kiếm trong bệnh viện cho tới khi gặp chiếc gương lớn. Bên kia chiếc gương dường như là Otherworld, cô bé học sinh bỗng xuất hiện ở đó kiến cho Travis bị đưa vào Otherworld.
Mò mẫm tại Otherworld một lát, Travis lại phải đụng độ với con quái vật kinh tởm Straightjacket. Sau khi hạ gục được nó Travis tìm thấy vật lạ hình tam giác tên là Flauros. Cô bé học sinh kia lại tiếp tục xuất hiện khiến Travis tiếp tục bất tỉnh thêm lần nữa. Khi tỉnh dậy trở lại ở Fog World, Travis thấy bản thân đang ở sảnh chính của bệnh viện và gặp được y tá Lisa Garland. Lisa nói cho Travis biết về viện điều dưỡng, đồng thời tiết lộ rằng trong vụ cháy mới xảy ra người duy nhất thiệt mạng là cô bé Alessa. Bỏ qua thông tin đó, Travis cho rằng lũ quái vật mà anh vừa thấy thấy chắc chỉ là ác mộng nên không nói gì thêm với Lisa và tiếp tục lên đường. Tuy nhiên khi vừa ra khỏi bệnh viện, Travis nhận ra Silent Hill đã tràn ngập quái vật, chúng không hề là ác mộng hay những hình ảnh do anh tưởng tượng ra.
Dọc đường trốn chạy khỏi thành phố, Travis có ghé qua cửa hàng thịt và bắt gặp cảnh con quái vật mang tên Butcher đang “mổ xẻ” một em Nurse hết sức tàn bạo, lúc này anh ta mới biết lũ quái ở Silent Hill cũng không hòa thuận với nhau cho lắm. Tiếp tục lên đường, Travis đến viện điều dưỡng Cedar Grove và bắt gặp Dahlia Gillespi, người phụ nữ bí ẩn mà Travis nhìn thấy đang lén lén lút lút ở vụ cháy. Travis bắt đầu tra hỏi Dahlia và nhận được những câu trả lời rắc rối, khó hiểu, phần nào tiết lộ rằng cô bé Alessa kia là con gái của Dahlia trước khi bà ta bỏ đi.
Trong khi khám phá khu điều dưỡng, Travis dần nhớ lại về quá khứ khi anh bị mẹ mình là Helen cưỡng bức, quấy rối, thậm chí tìm cách giết anh khi còn là một đứa trẻ. Cuối cùng Helen bị biệt giam trong viện. Các đoạn ghi âm của Helen trong viện điều dưỡng nói rằng bà đã thấy khá hơn và muốn được gặp con trai mình. Travis tìm đến buồm giam của mẹ mình và đối mặt với 1 con quái vật tên Momma là hiện thân của Helen. Đánh bại được Momma, Travis lại lấy thêm mảnh tam giác Flauros khác và cô bé học sinh Alessa tiếp tục xuất hiện khiến Travis bất tỉnh. Khi tỉnh lại, Travis tìm thấy chiếc vé xem kịch và nghĩ rằng mình cần tới rạp hát Artaud Theater.
Tới được rạp hát, tại khán phòng chính, Travis gặp lại Lisa và cô y tá bắt đầu nói về giấc mơ trở thành diễn viên cũng như thể hiện một chút tài năng diễn xuất của mình trước khi rời đi. Khi khám phá rạp hát, Travis phát hiện ra Alessa thường đến đây khi các diễn viên diễn tập vở kịch The Tempest của Shakespeare. Trang phục của nhân vật Caliban khiến Alessa sợ hãi và đáp trả bằng khả năng tâm linh của mình khiến diễn viên mặc đồ Caliban đau đầu và chảy máu mũi. Travis cũng phát hiện ra mình có thể thay đổi bối cảnh của vở diễn và sân khấu để tạo nên các phiên bản Otherworld khác nhau.
Cảnh cuối của vở kịch diễn ra tại nhà của nhân vật Caliban, nơi mà Travis phải chiến đấu chống lại con quái vật cùng tên và nhận được thêm mảnh tam giác Flauros khác. Lúc này có vẻ Travis đã hiểu rõ hơn về Alessa, nghĩ rằng cô bé đang giao cho anh sứ mệnh gì đó, thế nhưng vẫn còn đó nhiều câu hỏi mà Travis phải tìm lời giải đáp. Một lần nữa Alessa xuất hiện và làm Travis bất tỉnh. Tỉnh dậy tại Fog World của rạp hát, Travis phát hiện cái xác biến dạng của nhân vật Ariel trong The Tempest, trong cái xác có chìa khóa của nhà nghỉ mà Travis cùng bố mình từng ở khi đi thăm mẹ. Travis quyết định đến tìm tới nhà nghỉ Riverside.
Tại Riverside Motel, Travis đụng độ với nhiều dạng quái vật mới cũng như bị dịch chuyển nhiều lần giữa Fog World và Otherworld. Trong những lần dịch chuyển anh cũng đụng độ với Butcher và giết con quái vật bằng chính thanh đao to lớn của nó. Trên đường, Travis bắt gặp bác sĩ Michael và y tá Lisa trong căn phòng đầy ma túy mà Michael chuyên phân phối. Lisa nhanh chóng bỏ đi còn Michael dằn mặt Travis và lén khóa lại khóa lối thoát trước khi bỏ đi. Travis buộc phải dùng chiếc gương trong nhà tắm để thoát ra, đồng thời tìm thấy chìa khóa căn phòng nghỉ mà anh mình cùng bố từng ở nhiều năm trước.
Khi đến được phòng 500, Travis nhớ lại rằng bố mình là Richard đã treo cổ tự tử tại đây. Cái xác của Richard đang treo lủng lẳng giữa phòng đột nhiên cất tiếng nói với Travis rằng anh “cần dũng cảm đối mặt với những gì từng xảy ra”. Thế rồi Richard biến hình thành con quái vật Sad Daddy, buộc Travis phải chống trả để nhận được thêm mảnh Flauros tiếp theo. Một lần nữa Alessa lại xuất hiện khiến Travis tiếp tục bất tỉnh. Tỉnh dậy ở tầng hầm bệnh viện, Travis tìm thấy mảnh chính giữa của Flauros và lắp ghép chúng lại thành một tấm bùa hoàn chỉnh.
Ra khỏi bệnh viện, Travis bắt gặp Dahlia, bà ta tức giận chửi bới Travis vì đã giải phóng linh hồn Alessa (thực tế linh hồn Alessa luôn thao túng tâm trí để Travis làm theo lệnh của mình ngay từ đầu game). Quay lại phía sau, Travis nhìn thấy Alessa đã được giải phóng toàn bộ sức mạnh nhờ tấm bùa Flauros và cô ta muốn biến toàn bộ thị trấn Silent Hill thành biển lửa địa ngục. Travis nhanh chóng thoát khỏi đó để tới “Nowhere”. Tại đây, anh phải dùng tấm bản đồ được vẽ nguệch ngoạc để thoát khỏi tầng tầng lớp lớp quái vật truy đuổi mình.
Cuối cùng Travis đến cửa hàng đồ cổ Green Lion Antiques, nơi được đánh dấu Go Here trên bản đồ. Tại cửa hàng này, Travis chứng kiến các thành viên của The Order đang thực thi nghi lễ lên thân xác cháy đen của Alessa. Travis hít phải khí gây mê của Michael và bị đưa vào thực tại kinh hoàng nơi anh phải đối mặt với con quái vật Alessa’s Dream. Đánh bại được con boss cuối, Travis sẽ được đưa trở về thực tại bình thường ở cửa hàng đồ cổ. Tại đây, ánh sáng từ là bùa Flauros chiếu vào thân xác của Alessa và tạo nên hình hài một đứa trẻ sơ sinh. Đây là lúc mà các ending của game diễn ra.
Travis thành công vượt được qua quá khứ đau buồn của mình để trở về thế giới thực. Bước chân khỏi thị trấn, Travis quay lại chiếc xe tải của mình. Qua chiếc gương chiếu hậu, Travis thấy Alessa đang ôm trên tay đứa bé (sau này chính là Cheryl Mason). Travis mỉm cười và lái xe lên đường. Đây là kết thúc chính thức khi trực tiếp kết nối với cốt truyện Silent Hill 1. Cùng với đó là việc Travis tiếp tục xuất hiện đầu Silent Hill: Homecoming cho thấy good ending là true ending.
Travis tỉnh dậy và thấy mình bị trói trên giường bệnh viện trong Otherworld. Nhiều khả năng Travis đã dùng chất ma túy PTV, thứ thuốc mà Michael Kaufmann buôn lậu. Khi còn đang cố thoát ra, những giọng nói vừa lạ vừa quen bỗng vang lên cùng với đó là tiếng la hét thất thanh. Một trong số những giọng nói còn cố gắng thanh minh rằng họ không phải cha, mẹ của anh và cầu xin Travis tha thứ. Kế đó là bóng dáng của một thành viên The Order xuất hiện.
Theo cái kết này, nhiều khả năng Travis đã phê thuốc dẫn đến bị ảo giác và tàn sát rất nhiều người vô tội. Travis sau đó có thể bị tẩy não để đưa vào hội The Order nhờ vào “thành tích” của mình. Cùng với đó là loạt ảnh Cause of Death được phát hiện trong nhà nghỉ Riverside còn cho thấy Travis vốn có thể là tên sát nhân hàng loạt từ trước.
Travis cố mở cửa phòng 502 nhưng không được. Bỗng nhiên chiếc UFO từ trên trời hạ cánh xuống. Một người ngoài hành tinh và chú chó Mira trong Silent Hill 2 bước ra chào Travis và nói với anh rằng xe tải của anh đang kẹt trên hành tinh của họ. Quá đỗi vui mừng, Travis hỏi rằng anh có thể lái UFO được không và rồi cả 3 lên phi thuyền bay đi.