Ở cuối phần trước của cốt truyện Tomb Raider, Lara và James bất ngờ phát hiện ra một cánh cổng có khắc hình được cho là nữ thần Himiko. Trong khi đang mày mò xem xét thì bất ngờ cả hai bị bao vây bởi một đám người không rõ danh tính, vũ trang đầy đủ ập đến. Ngoài vài tên biết tiếng Anh, còn lại bọn chúng sử dụng một loại ngôn ngữ như tiếng Nga khi giao tiếp. Chúng bắt Lara đem đến chỗ chung với những người khác để canh giữ, nhưng bỗng có tiếng súng và tiếng nổ lớn làm cho chúng tập trung sự chú ý đi chỗ khác. Nhân cơ hội đó, Lara tìm cách trốn thoát nhưng chỉ được một đoạn cô lại bị tên đầu sỏ bắt lại được. Hắn đẩy cô vào tường, toan làm mấy điều “tra tấn” nhưng bị cô lợi dụng lúc không chú ý mà phản công. Cả hai té ngã xuống đất, khẩu súng ngắn của hắn văng ra. Lara nhanh như chớp chộp lấy và cho hắn 1 viên vào đầu sau một hồi vật lộn, đây có thể xem là mạng người đầu tiên mà cô giết. Dù rất sốc, nhưng Lara cũng ráng tìm đường thoát khỏi tay bọn chúng và liên lạc với Roth rồi cả hai cùng tìm cách thoát.
Lara rất lo cho Roth nhưng cũng rất hy vọng vào ông vì ông là cựu lính thủy hoàng gia lại là cha đỡ đầu của cô sau khi cha ruột cô qua đời. Roth vừa là người bảo hộ vừa là thầy dạy cho Lara những kiến thức về chiến đấu cũng như sinh tồn, có ông nghĩa là có thêm một nguồn lực chiến mạnh mẽ giúp cả nhóm thoát khỏi nghịch cảnh này. Nào ngờ, khi đến thì Roth đang vật lộn với bầy sói và chân đã bị thương rất nặng, Lara đã cố hết sức để cầm máu và băng bó vết thương cho ông. Túi dụng cụ của Roth cũng bị con sói đầu đàn cướp lấy chạy mất, cô phải để Roth lại và lần vào hang đánh tay đôi với con sói dữ. Sau một trận chiến sinh tử, Lara cũng hạ được con sói to lớn và lấy lại túi hành lý quan trọng mang về cho Roth nhưng cả 2 đều biết rằng việc họ trốn thoát càng khó khăn hơn bao giờ hết khi vết thương này khiến Roth không còn khả năng chiến đấu nữa. Cực chẳng đã, cô nàng nhà ta lại phải tiếp tục lao mình vào khu rừng đen kịt kia nhằm tìm ra cách liên lạc với bên ngoài.
Nhiệm vụ lúc này là thâm nhập vào một căn cứ của địch, sử dụng tháp radio của nó phát tín hiệu S.O.S để đội cứu hộ có thể đến. Reyes và Alex cũng hướng dẫn cho Lara phải làm thế nào khi vào đó. Thêm những hồi tưởng trở về và chúng ta cũng biết thêm được Alex có kiến thức về máy móc, mối quan hệ đặc biệt bí ẩn của Roth và Reyes, sự khó hiểu của ông lão Angus Grimaldi và hình ảnh nhà thám hiểm lỗi lạc Jame Whitman nổi khùng vì không biết cách cắt con cá sao cho đúng cách, một kiểu ngôi sao truyền hình với danh tiếng giả tạo kinh điển. Liệu rằng chuyến đi này có thực sự là một chuyến thám hiểm để quay phim tài liệu thông thường hay chăng?
Sau khi một mình dọn dẹp hết đám lính ở ngoài, Lara mới phát hiện ra là không thể phát tín hiệu một cách thông thường được nữa vì máy móc có vấn đề. Alex hướng dẫn cô leo lên tháp radio sử dụng bộ điều khiển bằng tay trên đỉnh tháp tìm cách bắt sóng với nhân viên cứu hộ. Cuối cùng, tín hiệu của cô cũng được hồi đáp, họ đã ngay lập tức cử máy bay cứu hộ xuống để đón những người còn sống. Ai cũng đều vui mừng phấn khởi.
Nhưng niềm vui ngắn chẳng tày gang và khi chiếc máy bay vừa xuất hiện thì bão tố cũng nổi lên và máy bay bị sét đánh và đâm sầm xuống đúng chỗ Lara đang đứng. Báo hại cô nàng chạy trối chết mới có thể bảo toàn tính mạng. Sau đó lại còn gặp cảnh tay lái phi công bị bọn tông đồ của giáo phái Solarii Brotherhood do Mathias cầm đầu đâm chết, cô nàng ngay lập tức quay lại vị trí của Roth để tránh thêm trường hợp xấu xảy ra. Cả hai đang bàn về việc chiếc máy bay xấu số thì Lara phát hiện có người đang cầu cứu. Mặc cho sự ngăn cản của Roth, Lara vẫn đang tìm cách cứu lấy người đó. Reyes cũng liên lạc sau khi tìm ra được Sam và mọi người hẹn nhau gặp nhau dưới chân núi. Loay hoay một hồi, Lara cũng tìm thấy người phi công còn lại đang nằm ở đầu bên kia chiếc cầu bắc sang một đền thờ. Kinh ngạc nhận ra người phi công đang cố ra hiệu cô dừng lại và cố nói gì đó, cô biết ngay đây là bẫy nhưng cũng không kịp chạy trốn trước đòn mai phục bằng thuốc nổ của Mathias. Mathias ra lệnh giết chết cô và Lara ngất lịm đi sau một cú đấm vào mặt, thật may trước khi bọn thủ hạ của Mathias ra tay thì đã có chuyện gì đó xảy ra. Tất cả những gì cô nhớ trước khi ngất đi là hình ảnh loáng thoáng của một cây chùy cực lớn và bóng người phi công đó đổ ập xuống đau đớn cùng cực, bọn tà giáo bỏ chạy tán loạn và thốt lên "Bọn Oni!!!"
Cảnh tượng tiếp theo mới khiến người ta nổi gai ốc… Máu thịt bầy nhầy, xác chết trộn lẫn. Đó là diễn tả đúng nhất khung cảnh khi Lara Croft tỉnh dậy. Xác chết tan nát cả, đến cả người phi công khi nãy cũng chẳng còn nguyên vẹn khi cơ thể giờ chỉ như đống thịt nát bét không hơn không kém. Xác chết chất đống cao như thế, chứng tỏ người ra tay không hề phân biệt địch ta mà ra tay thảm sát hết. Và ngay lập tức Lara được diện kiến con quái vật mang tên Oni ấy khi hắn bước vào căn phòng xác chết để tìm thêm nạn nhân. Lara nhanh trí nấp vào một góc và lần tìm trong điện thờ con đường trốn thoát, vừa may cô cũng tìm thấy được lăng mộ của Himiko, bà hoàng trong các câu chuyện tại Yamatai. Nó chứng tỏ đây chính là Yamatai, và con quái vật khổng lồ khi nãy có thể xem là người canh gác cho vùng đất linh thiêng này.
Phù điêu được khắc xung quanh lăng mộ mô tả về cuộc đời của nữ hoàng Himiko bất tử, nó cũng giải thích bí quyết để bất tử của Himiko, đó là áp dụng 2 loại nghi lễ để tìm ra kẻ kế thừa của mình. Nghi lễ lửa đầu tiên sẽ xác định được bé gái nào phù hợp để trở thành nữ hoàng Himiko và nghi lễ thứ 2 để tiếp nhận chức nữ hoàng. Như vậy Himiko có thể hiểu là danh hiệu của một loạt nữ hoàng và cái xác bên trong lăng mộ này là một trong những đời nữ hoàng như vậy. Tài liệu khắc trong lăng mộ cũng nói về một sức mạnh gì đó mà Lara còn chưa kịp giải mã thì bọn người kia lại đến, đẩy cô vào một cuộc chạy trối chết. Nhưng lần này còn có cả sinh vật quái dị kia cũng lần theo dấu những người còn sống. Sau khi phá hủy cả ngôi đền và tìm được cách thoát ra, Lara cuối cùng cũng liên lạc được với Sam khi cô nàng phát tín hiệu cầu cứu báo mình bị bắt cóc và đang trong tay bọn người kia. Không chần chừ, Lara Croft ngay lập tức chạy đi cứu bạn mình ngay.
Sam lại liên lạc một lần nữa. Đằng này khi đang nói chuyện dở thì Sam bổng la thất thanh, xen lẫn trong đó là tiếng bọn chúng đang bắt cô đi và cả hai cắt đứt liên lạc. Cô nàng Croft vì nhanh chóng muốn cứu bạn nên liều mình đi qua con thác và bị cuốn trôi đi. Đập người vào chiếc máy bay cũ, nếu không nhanh trí tóm lấy chiếc dù bay có lẽ giờ này cô nàng đã không toàn thây rồi. Sau một cú tiếp đất cực mạnh, bản thân Lara bị thương không hề nhẹ chút nào, nhưng cảnh tượng trước mặt cô nàng còn hùng vĩ hơn: Yamatai huyền thoại hiện ra trước mắt, xinh đẹp và cổ kinh như lời đồn. Duy chỉ có điều, Lara Croft không phải là người đầu tiên tới đây, bên dưới Yamatai là một khu ổ chuột rộng lớn được dựng lên bởi bọn Solarii Brotherhood. Đây là những kẻ sống sót trôi dạt vào đảo và bị kẹt lại không thể rời đi được. Chúng tập hợp lại và được lãnh đạo bởi Mathias, hắn tin rằng hòn đảo bị một lời nguyền bão tố bao quanh nên không có bất kỳ thứ gì ra hoặc vào đảo còn nguyên vẹn - tất cả đều bị những cơn bão đánh vỡ hoàn toàn. Lý do được hiểu là vì nữ hoàng Himiko đời cuối cùng không tìm được người kế vị nên đã chết mà không có người kế tục linh hồn vì thế đã dựng lên lời nguyền và phong tỏa hòn đảo này. Mathias tin rằng cách duy nhất để xóa lời nguyền là tìm ra người kế tục và thực hiện nghi lễ nối ngôi để Himiko một lần nữa sống dậy.
Tiến sâu vào hơn, cô nghe thấy tiếng chúng tra hỏi những người bị bắt và đánh đập họ để tìm thông tin về một lão già nào đó trốn thoát được. Dù biết là chúng canh gác rất cẩn mật nhưng cô không còn lựa chọn nào khác ngoài tiến lên để tìm đồ cứu thương. Nào ngờ, vừa mới cắn răng chịu đau xong, bọn chúng lại phát hiện ra Lara và ồ ạt lao đến tấn công cô. Sau khi hạ hết bọn chúng, Lara lại phát hiện thêm một buổi lễ hiến tế nữa với khung cảnh y hệt những gì mà cô nhìn thấy trong hang động đầu game. Bọn người này thật ra là ai? Và nghi thức hiến tế man rợ như vậy là tác phẩm của chúng? Hay của những người Yamatai?
Rồi cô bất ngờ gặp lại Grim, lão già được truy lùng hóa ra lại là ông. Không hiểu bằng cách nào mà Grim thoát được vụ tai nạn và đến được đây. Nhưng lúc này chính ông đang mắc kẹt với một đống lộn xộn và là mục tiêu săn đuổi của bọn lính. Dù đã cố gắng hết sức để hội quân thật nhanh, nhưng Lara đã đến chậm một bước và chúng đã bắt ông làm con tin. Bất ngờ, Grim chống trả dữ dội và đồng vu quy tận với bọn chúng trước mắt cô làm cô ngỡ ngàng. Nhìn những người bạn của mình cứ lần lượt hy sinh như thế, cô nàng càng quyết tâm chinh phục cho bằng được lâu đài huyền thoại kia.
Roth cũng đã đến hỗ trợ cho Lara rút ngắn thời gian tiến sâu vào trong. Sau khi vượt qua cây cầu, Lara phát hiện một toán người đang tụ tập, tựa hồ đang làm nghi lễ hiến tế người. Vật hiến tế chính là… Sam và kẻ chủ trì không ai khác là Mathias. Hắn cứ liên tục lải nhải về sự sùng bái Himiko với chúng sinh các thứ, kêu rằng hiến tế Sam chính là chìa khóa để đạt được tâm nguyện của mình và ra lệnh châm lửa. Lara lúc này đã không nhịn được, liền lao ra bắn chết tên cầm đuốc với nỗ lực tuyệt vọng ngăn cản Sam bị hỏa thiêu nhưng ngay lập tức bị bọn chúng khống chế. Sau khi đánh cho nhừ tử, bọn chúng châm lửa hòng đốt chết Sam trước mặt Lara. Và bằng một cách thần kỳ nào đó, một cơn gió mạnh thổi từ ngọn thác ào tới, dập tắt ngọn lửa bừng bừng đang từ từ nuốt lấy cô nàng Sam tội nghiệp. Thoát chết trong gang tấc, chưa kịp thở phào nhẹ nhõm thì bọn Mathias tỏ ra vui mừng một cách bất ngờ. Mathias bảo rằng chúng đã tìm được hiện thân thế tục của Himiko, một kẻ được chọn để kế vị Himiko theo cách mà Lara đã đọc được trong hầm mộ trước đây. Một khi tái lập được Himiko, hòn đảo sẽ được giải khỏi lời nguyền bão tố và những kẻ sống sót trôi dạt vào như Mathias và các tông đồ của lão ta sẽ có thể chèo thuyền vượt biển về nhà.
Còn Lara thì bị họ mang đi tống giam nhưng nàng đa mưu túc trí trốn thoát được sau đó lấy lại được vũ khí của mình từ tay kẻ địch. Lò mò trong hang, cô tìm thấy nhóm của Reyes đã bị bắt và giam trong một nhà tù cực kỳ đặc biệt. Sau khi phá vỡ được nhà tù cheo leo trên không, Lara bảo mọi người trốn ra ngoài còn nàng thì tiếp tục kế hoạch giải cứu Sam.
(Còn tiếp)