Tiếp nối phần một của cốt truyện The Last of Us Part II, sau cái chết của Joel thì Ellie cùng Dina quyết định lên đường báo thù, bắt đầu hành trình đầy máu và những hiểu lầm từ cả hai phía dẫn đến cái chết của rất nhiều người. Vài ngày sau Ellie cùng Tommy đã trở về nhà, cô quyết định sẽ đi tìm Abby cùng nhóm của cô ta để trả thù cho cái chết của Joel, với manh mối duy nhất là dòng chữ WLF trên áo khoác của chúng. WLF là viết tắt của Washington Liberation Front hay tên ngắn gọn là Wolves, một tổ chức dân quân vũ trang trong cốt truyện The Last of Us Part II đang đóng quân ở Seattle.
Trong cốt truyện của The Last of Us 2, không có nhiều giải thích về tổ chức WLF, chỉ biết đây là một nhóm phiến quân có nguồn gốc từ thành phố Seattle, qua những gì vừa thấy được thì tổ chức này được vũ trang khá đầy đủ với số lượng thành viên đông đảo. Tommy cố gắng nói chuyện với Ellie nhưng không cách nào thuyết phục cô từ bỏ ý định báo thù, tuy vậy ông ta nói rằng hãy cho mình một ngày để tìm cách khác và Ellie đồng ý. Sau đó Dina tìm gặp Ellie khi cô đang thăm mộ Joel và nói rằng mình sẵn sàng đi cùng, bất kể họ sẽ phải đối mặt với lực lượng đông như kiến của WLF.
Vào ngày hôm sau Maria (vợ của Tommy) bất ngờ tìm gặp Ellie và Dina, nói rằng Tommy đã tự mình lên đường tới Seattle đồng thời nhờ Maria tìm cách giữ chân Ellie nhưng bản thân bà lại không an tâm khi thấy ông ta đơn thương độc mã như vậy. Sau khi thuyết cuối cùng Ellie và Dina cũng được rời khỏi Jackson County để vừa báo thù cho Joel cũng như tìm kiếm Tommy. Maria không quên nhắc nhở cô bé phải hộ tống Tommy toàn mạng mà trở về.
Vài tuần sau thì mùa đông kết thúc, Ellie và Dina cũng đã đặt chân tới Seattle, giống như các thành phố lớn khác nó đã hoàn toàn đổ nát bởi thảm họa nấm độc. Khi thảm họa vừa xảy ra Seattle từng là khu cách ly lớn của Hoa Kỳ dưới sự dám sát của FERRA - Đơn Vị Phản Ứng Thảm Họa Liên Bang (Federal Disaster Response Agency). Tuy nhiên, WLF đã đánh bại được FERRA và chiếm quyền kiểm soát ở đây. Chướng ngại đầu tiên của họ là phải khôi phục hệ thống máy phát điện để có thể mở được những cánh cửa bị khóa trong khu cách ly Seattle. Ellie tìm thấy tấm bản đồ của thành phố và phát hiện rằng cả nhóm WLF họ đang truy đuổi có thể đang tập trung tại khách sạn Serevena ở khu vực phía Bắc thành phố.
Đầu tiên họ phải tìm xăng cho máy phát điện, theo một số bức thư để lại của cả nhân viên FERRA lẫn thành viên WLF thì có lẽ xăng sẽ nằm ở khu vực phân phối nhu yếu phẩm của FERRA ở trung tâm thành phố. Ellie và Dina sẽ nhân cơ hội này khám phá các tòa nhà chung quanh nhưng dường như khu vực này đã bị bỏ hoang rất lâu vì không có dấu vết của sự sống ở nơi đây. Ở phía Tây của thành phố là nhà băng của Seattle, tại đây Ellie tìm được khẩu súng săn cũng như phát hiện vào ngày dịch bệnh bùng nổ, một toáng cướp đã lên kế hoạch đột nhập vào nhà băng. Chúng đã thành công nhưng không thoát được số phận nghiệt ngã khi trở thành miếng mồi ngon của những người nhiễm bệnh. Trong hầm chứa của ngân hàng vẫn còn hàng tấn tiền của thế giới cũ, rõ ràng khi nền văn minh lụi tàn, tiền chỉ là một mớ giấy vụn không hơn không kém.
Kế đó họ tìm đến khu phân phối nhu yếu phẩm của FERRA, tại đây Ellie và Dina gặp một nhóm Infected còn sót lại, cả hai đang thắc mắc tại sao lại có nhóm Infected trong khu vực cách ly, sau khi tìm được lối vào bên trong, hóa ra đây là một nhà thờ đạo Do Thái bị FERRA trưng dụng. Ellie tìm thấy can đựng xăng, nhưng bồn chứa lại cạn khô, cả 2 còn tìm được một cuốn kinh cổ của đạo Do Thái, Dina nói cho Ellie biết rằng chị của cô đang tìm những tàn tích như thế này và cô sẽ nói chị mình biết để đến đây để thu thập các di vật văn hóa từ thế giới cũ còn sót lại.
Đi vòng quanh khu vực thành phố họ tìm được quán cà phê và cửa hàng bán đĩa nhạc, tại đây Ellie thấy một cây đàn guitar và đã biểu diễn cho Dina xem, đồng thời theo các tài liệu để lại, họ phát hiện ra tòa án thành phố cũng được FERRA trưng dụng làm kho chứa đồ, nhiều khả năng là nơi đây sẽ có xăng. Sau khi đến được khu vực này, cả hai đi sâu xuống tầng hầm và lấy được thứ họ cần, sau đó Ellie và Dina trở về khu vực mở máy phát điện để tiếp tục cuộc hành trình. Khi đặt chân tới khu vực khách sạn Serevena, họ phát hiện ra một nhóm nhỏ Infected đang chiếm cứ nơi đây, điều khả nghi là dường như có một trận ác đấu vừa diễn ra vì các vết máu rơi vãi trên sàn còn khá mới.
Dina cho rằng có thể đây là "thành tích" của Tommy, nhưng dựa vào những lá thư tìm được trên cái xác thì có vẻ như ngoài nhóm của Tommy, Ellie và Dina thì WLF vẫn đang bị truy đuổi bởi một thế lực nào đó. Khi lên tầng 2 của khách sạn Ellie thấy 2 cái xác đàn ông bị trói và chết vì tra tấn, cô nhận ra đây là tác phẩm của Tommy vì có lần Joel đã kể về cách moi thông tin từ kẻ thù theo kiểu này. Theo đó họ sẽ trói 2 người cùng một chỗ, bịt mắt một người và tra hỏi, người còn lại thì bịt miệng lại và bắt viết ra kết quả của các câu hỏi, nếu như cả 2 cùng trả lời giống nhau thì đó là sự thật. Dựa trên những thông tin viết lại trên sàn, Ellie cho rằng đây là mã số mở cổng phía Đông của thành phố nên cả hai tiếp tục lên đường truy tìm các thành viên của nhóm WLF.
Sau khi đến được cổng phía Đông thì đội của Ellie bị phục kích bởi WLF, Ellie bị bắt và đánh ngất khi cố gắng chống trả còn Dina may mắn trốn thoát. Khi tỉnh lại, đứng trước mặt Ellie là một thành viên của WLF, cô nhận ra đây là một trong những gã đi cùng nhóm người hạ sát Joel lúc trước, sở dĩ hắn không xử lý Ellie vì muốn moi thông tin từ cô. Đúng lúc này Dina xuất hiện và giải giải cứu Ellie thành công. Từ xác của gã WLF, có vẻ như hắn tên Jordan và có bạn gái tên Leah, Leah cũng nằm trong nhóm những người đã tra tấn Joel và có vẻ như chúng đang hội quân ở khu vực đài truyền hình gần đó. Đúng lúc này các thành viên khác của WLF nghe thấy tiếng súng và xông vào để xử lý cả hai, bằng khả năng của mình, Ellie và Dina đã vượt qua được những kẻ địch để tiếp tục di chuyển đến khu vực đài truyền hình.
Dina nhận ra đường đi được đặt mìn rất nhiều, sau đó cả hai còn thấy xác con ngựa mà Tommy thường cưỡi. Lo lắng cho an nguy của Tommy, hai cô gái vội vã tiến vào đài truyền hình. Trên đường đi cả hai nhìn thấy có một vài tấm băng rôn tuyên truyền với các biểu ngữ về một đấng cứu thế nào đó. Thâm nhập vào trong, một cảnh tượng cực kỳ kinh hãi đập vào mắt hai cô gái, toàn bộ đội ngũ WLF ở đây bị tiêu diệt sạch sẽ, ai đó còn moi ruột và treo xác của chúng lên như một nghi thức tôn giáo nào đó. Từ các tài liệu rơi vãi xung quanh dường như WLF đang phải chiến đấu với một tổ chức gọi là "Con dấu hay Vết Sẹo" (Scars). Bản thân Leah cũng không thoát khỏi số phận khi bị xử lý sạch sẽ với nhiều mũi tên ghim vào cơ thể. Từ cái xác của của Leah, Ellie đã tìm được toàn bộ thông tin của nhóm người đã giết Joel, chúng có tổng cộng 6 người, hiện tại thì 3 người trong bọn chúng đã chết. Đúng lúc này nhóm hỗ trợ WLF tràn vào khu vực đài truyền hình và bố ráp cả hai. Bị dồn vào chân tường, Ellie và Dina phải tháo chạy xuống khu vực cống ngầm, tuy nhiên kẻ địch vẫn không buông tha cho họ.
Dưới cống ngầm họ lợi dụng bóng tối cũng như đám Infected còn sót lại để cắt đuôi kẻ địch. Có sự bất ngờ ở đây khi nhóm Ellie đụng độ với một chủng Infected mới tên Shambler, con quái vật này bị mù nhưng sở hữu một lớp giáp cực dày quanh người cùng khả năng phun ra bào tử nấm chứa acid đốt cháy da thịt, hơn nữa khi chết nó còn phát nổ như bom. Tiếng động từ việc chiến đấu với Shambler đã đánh động toàn bộ đám Infected xung quanh, chúng bu lại đông như kiến săn đuổi con mồi. Ellie cùng Dina may mắn chạy thoát lên phía trên, lúc này mặt nạ phòng độc của Ellie bị vỡ ra trong quá trình chạy trốn nên Dina sợ hãi định đưa cái của mình cho bạn (trong cốt truyện The Last of Us Part II nếu hít phải bào tử nấm sẽ bị lây nhiễm). Nhưng Ellie đã ngay lập tức cản lại và cho thấy rằng mình là người hoàn toàn miễn nhiễm, Dina lúc này mới vỡ lẽ ra lúc trước bạn mình không nói đùa.
Do Dina hoàn toàn kiệt sức sau cuộc rượt đuổi lúc nãy nên cả hai trú tạm trong một nhà hát bỏ hoang, sau khi đã an toàn thì Dina mới thú nhận mình đang có thai, điều này khiến Ellie rất tức giận vì nếu biết trước thì cô ta đã không cho Dina đi theo mình. Dù bực mình nhưng Ellie vẫn để Dina nghỉ ngơi, còn mình thì đi thám thính xung quanh. Về cơ bản đây là một nhà hát lớn, trong quá khứ từng có nhiều hoạt động giải trí diễn ra ở đây. Sau khi lên sân thượng khởi động được máy phát điện, Ellie tìm ra chìa khóa vào khu vực biểu diễn, đằng sau cánh gà, cô phát hiện một cây đàn ghi-ta gần như hoàn hảo. Mỏi mệt với những gì đã trải qua, cô ngồi xuống và đánh một khúc đàn. Thanh âm vang lên, khiến Ellie nhớ về quá khứ tươi đẹp lúc Joel còn sống.
Flash back tầm 3 năm về trước, như thường lệ Ellie ra ngoài chơi cùng Joel và đang tập đàn. Hôm đó Joel hứa sẽ mang đến cho Ellie một món quà bất ngờ. Trên đường đi Joel cố tình đẩy Ellie rớt xuống suối để tập cho cô cách lặn sâu. Những ai chơi qua phần đầu tiên đều hiểu Ellie vốn không biết bơi, có thể những năm tháng sống ở Jackson County, cô bé đã học kỹ năng này. Hóa ra món quà mà Joel nhắc tới không phải là những chiếc đĩa phim hay nhạc như thường lệ, mà đó là một viện bảo tàng. Choáng ngợp trước sự hùng vĩ của nó, Ellie chạy dọc hết khu trưng bày để tìm hiểu về những gì mà nhân loại đã mất. Tầng 1 và tầng 2 là khu vực trưng bày các mẫu hóa thạch khủng long, sau đó là những khu trưng bày về các phát minh của nhân loại cùng kiến thức khoa học như thiên hà, tàu con thoi. Đi sâu vào bên trong là những cổ vật thời tiền sử.
Bất chợt cô phát hiện ra trên tường có những dòng chữ do ai đó để lại, kế tiếp Ellie gặp phải một cái xác và biết về sự dằn vặt khi phải sống trong thời hậu tận thế, hóa ra nơi đây đã từng được tổ chức Fireflies ghé qua bằng việc họ để lại các ký hiệu trên tường. Quay trở lại với hiện tại, dường như Ellie đã ngủ quên, tuy nhiên tin tức là họ dò được tần số liên lạc của WTL thông qua sóng radio, bọn họ nhận được tin có một người đàn ông đã đột nhập vào và nghĩ ngay tới Tommy, do Dina không được khỏe nên Ellie quyết định lên đường một mình còn Dina thì tạm thời ở lại khu vực nhà hát để tiếp tục dưỡng sức.
[box background="banana" border="dark"]
Shambler là một chủng Infected mới trong The Last of Us 2, có giả thuyết cho rằng Shambler là hình thái tiến hóa lưng chừng từ Clicker sang Bloater. Kích thước của Shambler tương tự Bloater nhưng các bào tử nấm chưa tiến hóa thành dạng giáp mà còn phủ đầy trên thân đồng thời liên tục phun ra khí độc. Chính vì vậy khi bị tiêu diệt, các bào tử nấm vỡ ra tạo thành dạng bom độc trong bán kính từ 2 đến 3m. Shambler cũng dễ bị tiêu diệt bằng lửa hoặc 3-4 phát đạn shotgun.
[/box]
Còn tiếp...