Vậy là chúng ta đã dõi theo bước chân của Lara Croft trong hành trình ngăn chặn bè lũ Trinity từ 2013 đến giờ. Và giờ đây, cuộc chiến đang bước vào giai đoạn gay cấn nhất khi mục tiêu của cả hai đang rất gần nhau rồi. Liệu rằng nữ thám hiểm Croft có thể ngăn chặn Trinity một lần và mãi mãi?
Shadow of the Tomb Raider bắt đầu với khung cảnh kinh hoàng (nhưng thường thấy với nữ thám hiểm): Lara và Jonah mắc kẹt trên một chiếc máy bay dân dụng đang vỡ ra từng mảnh. Phi công đầu đầy máu, gục mặt lên vô lăng như càng đẩy nhanh qua trình lao đầu xuống đất của chiếc máy bay nhanh hơn. Lara rướn người, ráng nắm quyền điều khiển thì bất ngờ thân máy bay vỡ ra làm đôi, kéo theo Jonah phiá sau. Bản thân Lara thì sắp sửa lao vào ngọn núi phía trước. Dĩ nhiên, bay trong điều kiện thời tiết xấu như bão tố thế này chả bao giờ được khuyến khích, nhưng tất cả đều có lý do của nó.
Hai ngày trước…
Lara Croft tỉnh dậy giữa khe núi, chân cô bị kẹt trong khe đá. Jonah muốn cô ở yên để anh đến giúp, nhưng cô từ chối vì cô đang rất gần Trinity. Việc gây ra quá nhiều sự chú ý là không cần thiết vào lúc này. Cũng không tốn quá nhiều thời gian để cô nàng thoát khỏi đó và đi đến nơi cần đến. Một kiến trúc được thiết kế của người Maya, với rất nhiều thông tin được khắc họa tại đây: Cá Hồng, Núi Bạc,… Jonah rất lo cho vết thương của cô, nhưng khám phá này làm cô hứng thú hơn nhiều so với cơn đau. Thế nhưng, nữ thám hiểm không phải là người đầu tiên đến đây. Trinity dến trước và chuẩn bị sẵn một số cái bẫy để hủy diệt tạo tác này cùng những kẻ đến sau như Lara khiến cô chỉ kịp chụp lại một số bức ảnh quan trọng trước khi mọi thứ đổ sụp. Điều đó càng chứng tỏ Trinity không muốn ai biết về khám phá này, đặc biệt là Lara.
Thoát chết trở về Cozumel (Mexico), cô nàng chả nghỉ ngơi lấy một chút mà tiếp tục nghiên cứu những khám phá mà mình tìm được, trong khi Jonah thì đi thám thính về Tiến sĩ Dominguez. Cha cô, Richard đã hơn một lần nhắc về cái tên này, đủ thấy tầm quan trọng của lão trong hàng ngũ Trinity. Nhưng mà ở tại đây, ngay tại Mexico này, Dominguez lại là một ành hùng và được người dân vô cùng yêu mến. Cô cũng phát hiện ra rằng nơi mình cần nhắm đến tiếp theo chính là Peru, chứ không phải là Brazil như bọn Trinity. Sự nhầm lẫn này đến từ hệ thống lịch của người Maya có sự chênh lệch lớn với lịch của thế giới. Cô còn biết được thêm Dominguez hoàn toàn không giống một con tốt thí như Konstantin hay Anna, mà hắn là thủ lĩnh của Trinity bấy lâu nay.
Không vào hang cọp sao bắt được cọp con, Lara một mình tiến sâu vào khu vực đào bới của Trinity. Cô tìm thấy một bức phù điêu ngay tại cổng vào lăng mộ. Nó nói về Rương Bạc của Ix Chel, thứ xuất hiện trong những truyền thuyết của người Maya. Nó nói rằng chiếc hộp có quyền năng triệu hồi một vị thần Kukulkan, vị thần Sáng tạo trong văn hóa Maya. Có thể chiếc Rương này ẩn chứ quyền năng để thay đổi cả thế giới nên Trinity mới ráo riết săn lùng như vậy. Nhưng Kukulkan không chỉ là thần Sáng tạo, mà còn là vị thần Hủy diệt trong tín ngưỡng Maya. Bức phù điêu phái dưới cũng khắc họa một chuỗi thiên tai ập đến nếu con người tìm cách triệu hồi vị thần: Sóng thần, bão tố động đất và núi lửa. Một thứ nguy hiểm như vậy nhưng lại làm con người ta thèm muốn đến bất chấp thủ đoạn.
Nhưng điều mà Lara không ngờ, cô chính là người đã khởi động chuỗi thiên tai khi tự tay lấy đi con dao găm. Và trớ trêu hơn là chính Dominguez là người nói cho cô biết rằng cô đã quá non nớt khi lấy đi con dao mà chưa chuẩn bị cái hộp đi đôi với nó, cô phải chịu trách nhiệm về ngày tận thế sắp tới. Nói xong hắn cướp đi con dao trên tay cô và bỏ cô lại cùng với thị trấn bị nhấm chìm trong những cơn sóng. Ngay thời điểm đó, cô với Jonah bùng nổ thêm một cuộc cãi vã vì cô cứ muốn phải đuổi theo Trinity càng sớm càng tốt trong khi Jonah muốn ở lại giúp đỡ những nạn nhân sau thiên tai.
Quay lại với cảnh đầu game, khi mà cả hai di chuyển đến Peru như tính toán của nữ thám hiểm. Cơn bão cả hai gặp phải chính là thiên tai thứ hai mà bức phù điêu nhắc đến. Đương nhiên ba cái vụ rơi máy bay bé nhỏ này chả thể giết chết nữ thám hiểm của chúng ta. Cô sống nhăn, tái ngộ với Jonah và lên đường tiếp tục hành trình đến Kuwaq Yaku, thành phố của hai vị thần Ix Chel và Chak Chel. Đây là hai vị thần sinh đôi của người Maya: Ix Chel đại diện cho sinh sôi và sức khỏe với hình tượng là trăng tròn thì Chak Chel lại đại diện cho cái chết và bệnh tật với hình ảnh trăng non. Khi màn đêm buông xuống, Lara bỗng nhớ về cha mình, nhớ về những cuộc cãi vã của bố và mẹ về những ám ảnh của ông… và cái chết của Richard.
Sáng hôm sau, cả hai tiếp tục lên đường. Họ tìm thấy được khu vực đang bị Trinity phong tỏa, với xe tăng thiết giáp và hàng đống vũ trang khác. Lúc này chính là lúc Lara Croft hốt được thêm mấy khẩu súng bổ sung, thiếu mỗi cây Shotgun nữa là đủ bộ. Cả hai cuối cùng cũng tìm tới được Kuwaq Yaku và gặp gỡ Abby, một người bản xứ tốt bụng. Cô nói mới có một đám người vừa đến tìm kiếm, và muốn chắc chắn xem nhóm Lara với đám đó có chung một giuộc hay không? Jonah coi bộ khá là “kết mô-đen” cô nàng trong khi Lara muốn đi xem thử khu vực mà Abby nói có những điêu khắc y chang như những gì nữ thám hiểm tìm thấy ở Mexico. Kuwaq Yaku từng là một nơi trù phú, xinh đẹp, đầy ắp tiếng cười, cho tới khi những công ty khai thác dầu đến và lấy đi của họ tất cả. Sau đó lại còn bị đám khảo cổ học xới tung mảnh đất này lên vì mục đích “khoa học” nên cũng không có gì ngạc nhiên khi những người như Lara lại không được chào đón tại đây.
Tìm đến khu vực xuất hiện những điêu khắc như Abby đã chỉ, Lara và Jonah tìm thấy một điêu khắc ẩn bị lớp trát tường che lấp phía sau. Có người đang cố tình che giấu một thứ gì đó. Khi đập vỡ phần vỏ ngoài đi, Lara tìm thấy một dòng chữ nói về Ix Chel và Chak Chel. Cô tin rằng đó chính là manh mối tiếp theo cho cuộc tìm kiếm. Nữ thám hiểm còn tìm thấy cả ngôi đền nhưng Trinity đã đến trước và bọn chúng đang tìm cách phá hủy lối vào ngôi đền. Cô phải nhanh chân lên nếu không muốn manh mối kế tiếp thuộc về bọn chúng. Lại gần ngôi đền, cô nghe bọn lâu la rỉ tai nhau về tên chỉ huy Rourke, kẻ mà cô từng đụng độ tại Cozumel. Một trong những tay sai đắc lực của Dominguaez xuất hiện cho thấy bọn chúng đã nắm được manh mối nào đó dẫn tới Thành phố Ẩn. Bọn chúng cũng đã cử một nhóm đi trước điều tra, nhưng tất cả đã bỏ mạng trước khi chạm mặt cổng vào của ngôi đền.
Có một bức điêu khắc khác miêu tả về một hành trình khá kỳ lạ: Đi qua mồm báo đốm, dưới con rắn Mắt bạc. Trên đường có Nhện và Đại bàng án ngữ đường vào. Khi đem điều này hỏi Abby, cô chả hiểu gì sát, nhưng cô biết miệng báo đốm đang ở đâu vì Jonah và cô vừa tìm ra nó khi xem xét phần cửa vào có lớp trát tường kia. Trên đường trở ra, Lara lạnh người trước hình ảnh mình chứng kiến: một sinh vật kỳ lạ lao đến tấn công và giết bọn Trinity. Sinh vật với hình dáng kỳ dị, hành động cực nhanh nên không ai có thể nhìn rõ đó là gì. Chỉ có tiêng kêu ré ớn lạnh cả sống lưng. Cả một đám người trang bị vũ trang đẩy đủ giờ nằm la liệt giữa rừng, máu loang lổ khắp nơi. Không phải chỉ có mình Lara Croft đuổi theo chúng, mà chính bản thân bọn chúng cũng đang bị một thế lực nào đó săn đuổi, phải chăng vì những tham vọng của chúng đối với quyền năng này?