Ở phần trước trong cốt truyện Days Gone, Deacon đã gặp lại Sarah (hiện đang là một nhà khoa học của Deschutes County Militia), cô ta may mắn được cứu trước khi khu trại bị lũ Freakers tràn qua từ đó chịu ơn Đại tá Matthew Garret. Sarah bị lý tưởng của Garret thuyết phục, khi ông ta muốn mở một trận chiến tiêu diệt toàn bộ những thứ “không trong sạch” trên mặt đất (ở đây là lũ Freakers).
Sarah được bổ nhiệm làm nhân viên nghiên cứu vũ khí hóa học, cô đã những tiến triển đầu tiên và cảm thấy mình đang thực sự làm đúng hướng, vì thế khi Deacon đề nghị cả hai hãy cùng trốn khỏi trại, nếu cần thì rời tới một nơi không ai biết để làm lại từ đầu thì Sarah đã từ chối.
Tuy Deacon không rõ lý do thực sự cũng như cái nghiên cứu của Sarah quan trọng tới mức nào, nhưng vì vợ anh ta vẫn có thể làm tất cả, do đó Deacon quyết tâm sẽ gia nhập Deschutes County Militia và làm một người lính dưới quyền Đại tá Matthew Garret. Rất may là Deacon lại được bổ nhiệm là chân chạy vặt lấy nguyên liệu nghiên cứu cho Sarah, nên cả hai có cơ hội để gặp nhau nhiều hơn nhưng mối quan hệ giữa họ phải giữ kín không được để lộ ra ngoài.
Không chú trọng vào việc sinh tồn, cốt truyện Days Gone lại tập trung vào chuyện tình của nhân vật chính Deacon và vợ của anh ta nhiều hơn.
Đại tá Matthew Garret trong cốt truyện Days Gone là một con người sùng đạo tuyệt đối, ông ta cho rằng Đấng tối cao nhìn thấy và quyết định tất cả mọi thứ trên đời, đại dịch Freakers là thứ mà con người phải gánh chịu vì những tội lỗi của mình. Cách thức của Garret để bắt đầu “cuộc chiến” với Freakers cực kỳ cực đoan, đó là ngoại trừ căn cứ và các điểm canh gác, thì quân đội của Garret sẽ đốt trụi mọi thứ từ nhà cửa, cây cối và những chỗ có thể trú ẩn để Freakers không còn nơi ngủ vào ban ngày nữa, bằng cách này họ gần như dọn sạch khu vực xung quanh.
Garret chào đón bất cứ ai muốn gia nhập Deschutes County Militia, tùy thuộc vào khả năng mà người đó sẽ được nhận nhiệm vụ tương ứng. Tuy vậy khi tuyển lính kiểu này cũng có rủi ro, vì nhiều người không phải quân nhân chính thức nên rất dễ phải bội và bỏ trốn, tất nhiên hình phạt của những kẻ này là treo cổ ngay nếu bị bắt lại. Dưới quyền Garret là Đại úy Kouri, đây là người trung thành và có chủ kiến nhất trong trại.
Ngoài Sarah đang nghiên cứu vũ khí sinh học ra, thì Deschutes County Militia vẫn còn một nhà khoa học nữa có tên là Matt Weaver – chuyên nghiên cứu về chất nổ và bom mìn, ông ta có tham vọng muốn tạo ra một loại bom napalm độc nhất vô nhị, thứ có thể đốt rụi mọi thứ. Do tài nguyên ở trại có hạn, nên Sarah và Weaver luôn cạnh tranh ngầm với nhau xem ai làm ra sản phẩm trước.
Ngoài việc kiếm nguyên liệu cho Sarah, thì Deacon đôi khi tiện tay làm mấy thứ cho cả Matt Weaver, mặc dù ngoài mặt Weaver là một người có vẻ hơi tưng tửng nhưng ông ta lại khá tốt tính cũng như đối xử rất thân thiện với Deacon. Theo thời gian làm việc, tình cảm giữa Sarah và Deacon cũng dần được cải thiện lại khi họ hiểu những khó khăn của nhau trong thời gian bị chia cắt, cũng như Deacon quyết tâm ủng hộ vợ mình trong kế hoạch của cô.
Với sự giúp đỡ từ Deacon thì công trình nghiên cứu của Sarah diễn ra nhanh hơn rất nhiều, nhưng cô vẫn còn thiếu một thứ là bộ mã DNA gốc của sinh vật, thứ này ngặt nỗi lại gần như đã biến mất khỏi thế giới sau thảm họa. Sarah quyết định sẽ đi tới trung tâm Cloverdale – nơi làm việc cũ của cô, để xem có thể kiếm được thứ gì còn sót lại hay không.
Một điều bất ngờ là mặc dù bị cách biệt với bên ngoài sau thảm họa ở cốt truyện Days Gone, nhưng tổ hợp Cloverdale vẫn có điện từ những tấm năng lượng mặt trời riêng của nó. Hơn nữa nơi đây còn đủ cả nước lẫn thức ăn được vận hành độc lập từ trí thông minh nhân tạo bên trong, khi Deacon và Sarah tới đây thì nhận ra Cloverdale vẫn đang có người ở và bọn họ không chào đón người lạ mặt cho lắm.
Hóa ra sau khi thảm họa Freakers xảy ra, những nhân viên an ninh tại Cloverdale đã tự cách biệt mình với thế giới, bọn họ khóa cổng và giết bất kỳ ai có ý định bỏ trốn ra ngoài, sau đó tự mình vận hành hệ thống để lấy thức ăn và nước uống suốt 2 năm qua. Mặc dù Sarah có quen biết với một vài người trong đây nhưng mọi nỗ lực nói chuyện của cô đều không có tác dụng, cuối cùng Deacon phải giết chết hết toàn bộ để mở đường vào phòng nghiên cứu chính.
Điều đáng ngạc nhiên là các dữ liệu quang trọng tại Cloverdale đều còn nguyên vẹn, lúc này Sarah mới biết trụ sở nghiên cứu này là một trung tâm phát triển vũ khí sinh học trá hình, chính các nhà khoa học ở đây đã tạo ra Virus Freakers. Lý do mà đại dịch này lây lan ra khắp thế giới là đã có một nghiên cứu sinh có tên David Gorman lén lấy cắp một mẫu thử, sau đó người này tới dự một hội thảo khoa học lớn và vô tình lây nhiễm cho tất cả quan khách tại đó.
Mọi thứ sau đó bùng lên rất nhanh khi Virus Freakers trong cốt truyện Days Gone phát tác, hơn 2,5 tỉ người đã chết chỉ trong vòng 2 tuần và cuộc thảm họa bắt đầu. Điều làm Sarah dằn vặt nhất là chính những nghiên cứu của mình lúc đó đã vô tình phát triển nên Virus Freakers, nó khiến cho cô ta tự trách bản thân rất nhiều nhưng Deacon đã an ủi vợ vì vốn bản thân Sarah cũng không hề biết mình bị lợi dụng. Sau đó cả hai lấy mẫu thử DNA quay trở về, còn Deacon gọi điện cho Boozer báo tin Sarah vẫn còn sống, cũng như bảo người tại Lost Lake tới tiếp quản trang trại ở Cloverdale.
Nhờ có mẫu DNA vừa lấy được, Sarah cuối cùng đã hoàn thành nghiên cứu của mình, cô nhờ Deacon việc cuối là bắt giùm mình một con Newt về để làm vật thí nghiệm. Tuy Deacon không hiểu lý do tại sao nhưng vẫn đi làm ngay, khi Sarah tiêm loại hợp chất mà mình vừa tạo ra vào trong người con Newt bắt được, nó ngay lập tức phá hủy toàn bộ tế bào và giết chết vật chủ chỉ sau vài giây, nhưng trái với vẻ mặt vui mừng của Deacon thì Sarah lại vô cùng thất bại với kết quả này.
Hóa ra Sarah muốn đảo ngược quá trình xâm thực của Virus từ bản mẫu, từ đó tạo ra một loại thuốc chữa cho những ai đã biến thành Freakers chứ không phải là tiêu diệt chúng. Đáng tiếc là Virus trong cốt truyện Days Gone đã phát triển tới mức độ đồng hóa hoàn toàn với vật chủ, bất kỳ nỗ lực nào nhằm thay đổi bộ mã gene của chúng cũng sẽ dẫn đến kết quả là toàn bộ tế bào sẽ bị phá hủy, đồng nghĩa là gần như không có cách nào để chữa khỏi được.
Mặc dù vậy thì Deacon vẫn ủng hộ Sarah và nói rằng bọn họ có thể quay trở lại Cloverdale để tìm kiếm thêm thông tin, các thiết bị cần thiết để thử lại lần nữa. Nhưng Sarah lại có ý tưởng tốt hơn là cả hai sẽ cùng bỏ trốn cùng nhau, vì cô biết rằng với việc thí nghiệm của mình đã thất bại, chắc chắn Đại tá Garret sẽ rút lại nguồn lực cho bộ phận này và việc rời khỏi trại về sau sẽ vô cùng khó khăn.
Cùng lúc này thì Matt Weaver cũng đã thành công trong việc chế tạo ra bom napalm của mình trong cốt truyện Days Gone, nó cực kỳ có hiệu quả khi chỉ cần một vài quả thôi cũng đủ nướng chín hàng trăm con Freakers cùng lúc. Nhưng trái với tưởng tượng của Matt Weaver là người có tiến triển trong khâu nghiên cứu sẽ được đãi ngộ tốt hơn, thì cả ông ta lẫn Sarah đều bị thu lại phần lớn thiết bị và chuyển chỗ tới các hang núi nằm sâu bên trong trại, cũng như bị canh gác 24/7 – một kiểu gần như là giam lỏng. Về phần Đại tá Matthew Garret, với những quả bom naplm mới này ông ta tuyên bố đã đến lúc để bắt đầu chiến tranh toàn diện.
Deacon biết rằng chỉ dựa vào sức của bản thân thì không thể cứu Sarah ra khỏi trại toàn lính canh như vậy, anh ta đành phải gọi điện cho O'Brian một lần nữa với hi vọng anh ta có thể làm gì đó cho mình. O'Brian đồng ý nhưng với điều kiện Deacon phải giúp NERO đi tìm kiếm đội nghiên cứu của họ, những người này đang theo dấu một con Freakers bí ẩn nhưng đã bị mất liên lạc mấy hôm trước.
Deacon lần theo tín hiệu còn sót lại và đi vào trong một hang núi lớn, tại đây anh đã tìm được xác của những người trong đội nghiên cứu, họ bị một con Freakers kỳ lạ với thể hình đặc dị đi cùng tốc độ chạy có thể lên tới 72km/giờ giết chết. NERO gọi thứ này là Reacher và Deacon rất nhanh đụng mặt với nó, anh phải vừa bắn vừa chạy lên trên mới có thể giết được Reacher. Sau khi trao trả lại mẫu thông tin mà O'Brian cần, hai bên đã đạt được thỏa thuận là nếu lúc nào Deacon muốn đi thì chỉ cần phát tín hiệu, NERO sẽ cho trực thăng tới đón.
Deacon sau đó trở về trại và cùng Sarah bí mật đi ra ngoài để đón trực thăng từ NERO, xui xẻo cho họ là đúng lúc đó đại tá Matthew Garret cũng đang dắt những tân binh vừa gia nhập đi tham quan trại. Trong khi Deacon đang tìm cớ để giải thích thì bất ngờ một trong những tân binh đó lại có mặt Skizzo, hắn ta lao tới giằng co với Deacon cùng lúc với trực thăng NERO bay ngang qua đó, vì thế mà cả Deacon lẫn Sarah đều bị bắt lại vì nghi ngờ phản bội.
Tại cuộc tra hỏi, Deacon đã chủ động nhận mọi tội lỗi về mình, rằng anh ta là gián điệp của NERO cài vào để dụ dỗ Sarah chứ vốn dĩ cô ta không hề biết gì cả. Garret đồng ý với lý do này nên tạm thời tha cho Sarah còn Deacon thì bị nhốt lại để chờ xử tội phản bội, riêng Skizzo thì do hắn đã có công nhận ra gián điệp nên được thăng chức luôn và trở thành người được Garret tin tưởng.
Nhiệm vụ xử lý Deacon được giao cho Kouri, nhưng thay vì nhốt tù nhân lại thì Kouri lại thả cho anh được tự do. Vốn dĩ ông ta đã biết Deacon và Sarah có quan hệ với nhau, nhờ vào chiếc nhẫn mà Sarah giao lại khi mới gia nhập vào trại – nó rất giống những thứ mà Deacon đeo trên người. Kouri lúc này trong cốt truyện Days Gone cũng đã lên ý định rời bỏ trại, vì cái “trận chiến” mà Garret theo đuổi thực tế là một kiểu diệt chủng, khi ông ta sẽ đi lên phía Bắc tiêu diệt tất cả các khu dân cư lẫn Freakers mình bắt gặp.
Deacon cám ơn Kouri và sau đó họ chia tay, tuy rất lo lắng cho số phận của Sarah nhưng việc quan trọng hơn lúc này là phải ngay lập tức quay về cảnh báo cho trại Lost Lake vì họ nằm gần chỗ này nhất, cũng như rất có thể Skizzo sẽ trả thù việc mình từng bị trục xuất. Đúng như những gì mà Deacon lo sợ, trại Lost Lake đã bị tấn công và Iron Mike đã bị trúng đạn rất nặng rồi chết sau đó không lâu. Để tránh tình trạng hỗn loạn trong trại, Deacon cuối cùng đã phải từ bỏ cái tôi tự do của mình để trở thành người đứng đầu tạm thời của Lost Lake.
Biết rằng Skizzo sẽ không bỏ cuộc cho tới khi nào tiêu diệt được Lost Lake, do đó Deacon đã có một kế hoạch táo bạo là thay vì chờ đợi thì hãy tấn công thẳng vào tổng hành dinh của Deschutes County Militia trong cốt truyện Days Gone. Kế hoạch của Deacon là dùng một chiếc xe tải chứa đầy thuốc nổ tông thẳng vào cổng chính, sau đó tấn công xuống phía dưới nhằm gây bất ngờ cho đối thủ.
Tất cả những trại ở xung quanh đó bao gồm cả Cope và Tucker đều cử người tới giúp đỡ Deacon, người nhận trách nhiệm lái chiếc xe tải là Boozer và anh ta đã làm một nhiệm vụ cảm tử xông thẳng vào phía cổng chính. Deacon chỉ huy mọi người tấn công mãnh liệt và đè bẹp đối thủ, trước khi giết chết cả Skizzo lẫn đại tá Matthew Garret và giải cứu Sarah thành công, Boozer cũng may mắn thoát chết khi nhảy ra khỏi chiếc xe tải trước khi nó phát nổ.
Tới đây thì cũng là đoạn kết của cốt truyện Days Gone, khi Deacon, Sarah và Boozer cuối cùng cũng đoàn tụ với nhau, tất cả mọi người đều hài lòng với kết quả này. Deacon trở thành người lãnh đạo mới của Lost Lake, trong khi Boozer hài lòng với cuộc sống nông dân toàn thời gian còn Sarah thì dùng kiến thức của mình giúp đỡ những người bị thương.
Những tưởng mọi việc tới đây là kết thúc, thì một vài ngày sau đó Deacon bất ngờ nhận được điện đàm khi O'Brian gọi anh ta ra gặp mặt lần cuối. Mặc dù nghĩ là không còn liên quan gì tới nhau nhưng Deacon vẫn đi tới địa điểm hẹn, tại đây O'Brian để lộ một sự thật khác kinh hoàng hơn, đó là Virus Freakers đã phát triển tới mức độ có thể đồng hóa nhưng vẫn giữ được trí thông minh cho vật chủ. Chính O'Brian là người bị nhiễm đầu tiên khi anh ta có sức mạnh to lớn, khuôn mặt bị biến đổi nặng nề nhưng vẫn hoàn toàn tỉnh táo chứ không điên cuồng như lũ Freakres còn lại.
Trước khi lên máy bay ra rời đi, O'Brian cảnh báo rằng NERO đã có một kế hoạch thanh lọc toàn diện tất cả mọi thứ bên ngoài nhằm triệt tiêu hoàn toàn các vật chủ của Virus, lần này họ sẽ làm thẳng tay cho tới khi không còn thứ gì tồn tại nữa. Deacon thực sự hoang mang với thông tin này, khi không biết sẽ phải đối phó như thế nào trước đối thủ quá mạnh là NERO.
Và đó là tất cả những gì mà chúng ta cần biết trong cốt truyện Days Gone, có thể thấy nó vẫn để một cái kết mở và nhiều khả năng mọi thứ sẽ được giải quyết trong các bản DLC tiếp theo.