Họ đến nhà tù, Hoshino nói với Okubo về giả thuyết có thể hắn chỉ là một kẻ xui xẻo thế mạng cho tiến sĩ Shono khi ông ta đang tìm cách phi tang cái xác. Ở thời điểm đó nếu Okubo bình tĩnh hơn và trình báo với cảnh sát ngay lúc phát hiện ra cái xác chứ không phải lén đem chôn ở núi Okutama thì mọi chuyện có lẽ đã khác đi. Khi Yagami muốn rời đi, Okubo đã gào thét lên rằng thực tế hắn bị oan, hắn không giết ông lão bệnh nhân, cũng không giết cô bạn gái Emi nhưng Yagami nói rằng sau vụ đó hắn đã điều tra nhưng không có chứng cứ minh oan cho Okubo. Trở lại Kamurocho, họ muốn tìm Shono nhưng gã lẩn nhanh như chạch. Thêm vào đó, Yagami và Sugiura còn bị tay thứ trưởng bộ y tế Ichinose cảnh cáo hãy tránh xa ADDC cũng như Shono. Yagami giả vờ quay về nhưng thực tế là cố gắng đột nhập trở lại ADDC thêm lần nữa. Cuối cùng Yagami và Sugiura cũng dồn được Shono vào phòng bệnh mà trước đó từng được nạn nhân trong vụ Okubo sử dụng. Tại đây Yagami đã truy hỏi Shono về những giả thuyết mà gã thám tử cùng đồng bọn lập ra, dù gã tiến sĩ cố chối bỏ nhưng từ nét mặt sợ hãi của hắn có thể thấy suy luận Yagami đã đúng khoảng 8 phần.
Theo đó sau vụ án đầu tiên, dù được Yagami cãi trắng án nhưng kể từ ngày đó Okubo lại phải uống thuốc ngủ liên tục vì áp lực từ giới truyền thông cùng những bình luận ác ý của người dân sinh sống xung quanh. Shono biết điều đó khi Emi nói rằng cô thường xuyên phải cho hắn uống thuốc mới có thể ngủ yên được. Hôm xảy ra án mạng, Shono đã đột nhập vào căn hộ, đâm Emi chết sau đó tiêm một lượng cồn nhất định vào Okubo. Khi đó cảnh sát rất dễ dàng phán đoán tay thanh niên kia say rượu lên cơn cuồng loạn rồi giết người phóng hỏa chứ không mảy may nghi ngờ vị tiến sĩ đáng kính. Động cơ của việc này cũng dễ hiểu vì nếu Okubo vô tội, cảnh sát sẽ tiếp tục điều tra vụ án và cuối cùng Shono không giấu diếm được việc dùng bệnh nhân để làm thí nghiệm. Hắn cần một kẻ chết thay và Okubo là lựa chọn tốt nhất còn Emi Terasawa chẳng qua là nạn nhân đi kèm mà thôi. Dự tính của Shono đã thành công mỹ mãn bởi sau vụ giết người phóng hỏa, mọi người đều mặc định cái chết của ông lão bệnh nhân kia cũng là một vụ án khác do Okubo thực hiện mà thôi.
Dù mọi chuyện đã gần rõ ràng nhưng muốn giải oan cho Okubo vẫn bất khả thi vì Yagami không có chứng cứ hữu hiệu đó là còn chưa kể đến việc sau khi ngả bài cùng Shono, chắc chắn gã sát thủ The Mole sẽ nhắm trực tiếp vào Yagami lẫn người người có quan hệ với tay thám tử. Ngoài ra các thành viên trong băng đảng do Hamura chỉ huy vẫn đang tiếp tục tìm kiếm tung tích của Yagami như thường lệ. Nắm được điều này, Yagami quyết định tương kế tựu kế khi để bản thân thành mồi nhử hòng dụ được Hamura hoặc gã The Mole đang giấu mặt. Tuy nhiên kế hoạch đã thất bại và bọn họ bị Hamura phục kích tại khu Chinatown, Yagami nhờ Sugiura giúp đỡ nên chạy thoát nhưng Kaito đã bị bắn trọng thương. Sau khi tập hợp lại lực lượng họ quyết định đến cao ốc bỏ hoang Soleil để cứu người. Sau nhiều trận chiến ác liệt, cuối cùng Yagami cũng bắt được Hamura nhưng tên này quyết tâm không khai nhận ai đang đứng đằng sau. Cuối cùng họ đành đem Hamura giao cho băng giang hồ Kansai xử lý đổi lại việc đám Kyorei sẽ đồng ý cho nhóm Yagami tạm thời tị nạn tại địa bàn của chúng.
Sau đó khi đến địa bàn của băng Kansai, Hamura vẫn tiếp tục cứng đầu nhưng khi thấy đồ chơi tra tấn của đám kia thì hắn ngoan ngoãn khai hết. Theo đó The Mole ban đầu chỉ là một gã cảnh sát quèn chuyên giúp sư phụ của mình mua bán tin tức với xã đoàn Tojo, giống như việc mà Ayabe đang làm hiện tại. Nhưng một ngày nọ thầy của The Mole bị một đồng nghiệp tố cáo việc đi đêm với xã hội đen nên bị kỷ luật, không chịu nổi áp lực nên ông ta tự sát. The Mole điên tiết nên đã giết viên cảnh sát tố cáo thầy mình để trả thù và thay thế vai trò của ông ta để buôn bán tin tức với đám Tojo cũng như có cơ hội quen biết với Hamura. Sau nhiều năm hợp tác với nhau làm việc xấu để trục lợi, The Mole trở thành thanh tra cao cấp, còn Hamura cũng thuận lợi trở thành chỉ huy tối cao của băng Matsugane. Sau đó bọn chúng thăng cấp hoạt động phạm pháp khi nhận luôn cả những đơn hàng yêu cầu giết người. Rất nhanh nạn nhân của The Mole và Hamura đã xuất hiện, không ai khác chính là phó giám đốc Hashiki của ADDC. Hoàn thành vụ này cả hai nhận được 10 triệu Yên tiền mặt, Hamura cho biết ban đầu hắn không biết AD-9 mà chỉ nghĩ đơn thuần đây là tranh giành địa vị rồi thuê sát thủ khử nhau.
Nhưng sau đó vài tháng, khách hàng quay trở lại với vali tiền trị giá 100 triệu Yên với yêu cầu một vài tên yakuza còn sống để tham gia vào cuộc thử nghiệm “thứ gì đó” cũng như xử lý gọn gàng “hậu quả” của cuộc thí nghiệm. Hamura cảm thấy không ổn và muốn từ chối vụ làm ăn nhưng giám đốc Kido, tiến sĩ Shono, thậm chí cả thứ trưởng Ichinose cũng lộ mặt và cho biết dù muốn hay không thì Hamura cũng phải hoàn thành đơn hàng này. Trở lại với cuộc thẩm vấn, Hamura cho Yagami biết thuốc AD-9 có thể thu về vài chục tỷ Yên nếu được chế tạo thành công, tập đoàn Kajihira Group có thể là một đơn vị tài phiệt mạnh mẽ nhưng so với các tập đoàn dính líu đến AD-9 và ADDC thì cũng chẳng thấm vào đâu cả. Còn lý do chọn yakuza thì quá dễ đoán vì dân thường mất tích liên tục có thể gây hoang mang trong dư luận, còn đổi lại vài tên yakuza thì chẳng ai quan tâm làm gì. Còn tạo sao các nạn nhân của The Mole đều bị móc mắt thì ngay cả Hamura cũng không rõ ràng cho lắm, hắn cho rằng có thể đó là một thú vui nhàn nhã nào đó của tên sát thủ. Cuối cùng cái chết của Shintani thì đơn giản là do Hamura muốn đề phòng bị thủ tiêu nên cố ý để lại một chút manh mối về Shono và ADDC cho tay luật sư, không ngờ Shintani quá nóng lòng điều tra nên đã bỏ mạng oan uổng.
Lúc này The Mole chỉ huy đám đàn em của Hamura tấn công vào trụ sở của băng Kansai để chi viện cho thủ lĩnh. Thực tế đám đàn em thì muốn cứu Hamura còn The Mole thì muốn âm thầm đi theo để thủ tiêu gã hòng bịt đầu mối. Trong lúc hỗn loạn, ông Matsugane đã bị The Mole bắn chết khi cố gắng đỡ đạn cứu Hamura. Trước lúc lâm chung ông nói mình không giận Hamura dù bị gã lật đổ bởi vì ông biết bản thân là một tay quản lý tồi nhưng lại có giấc mơ quá xa vời, chính điều này đã khiến Hamura phải phá luật để giữ cho nhà nhà Matsugane tiếp tục tồn tại. Đây có lẽ lần hiếm hoi Yagami thấy được bộ mặt khác của Hamura, hóa ra hắn làm tất cả cũng chỉ vì duy trì tiếng tăm cho băng đảng đồng thời thực hiện giấc mơ của ông Matsugane, đó là đưa bang hội lên một vị trí cao hơn trong xã đoàn Tojo. Khi ông Matsugane chết, Hamura đã thật sự rơi lệ và trước khi bỏ đi cùng đám đàn em, hắn đã tiết lộ sự thật The Mole chính là thanh tra cao cấp Mitsuru Kuroiwa. Cảnh sát nhanh chóng đến hiện trường, thậm chí Kuroiwa cũng có mặt, dù rất căm tức nhưng Yagami chẳng làm gì được vì không có chứng cứ. Kuroiwa còn ngạo nghễ thách thức Yagami có giỏi thì hãy đi điều tra bởi nguồn lợi kếch xù từ AD-9 bảo đảm cho hắn được an toàn trước sự phán xét của luật pháp.
Sáng hôm sau, Yagami nhận được điện thoại từ Mafuyu báo rằng The Mole lại tiếp tục ra tay và yêu cầu tay thám tử hãy ngay lập tức đến trụ sở của nhà Matsugane ngay. Khi đến nơi, Yagami đã nhận ra nạn nhân mới nhất chính là phó thủ lĩnh của băng yakuza Kyorei, Satoshi Shioya kẻ mà Yagami còn nói chuyện và sát cánh chiến đấu vào đêm qua. Trước những nghi vấn của Mafuyu về cách cư xử kỳ lạ của Kuroiwa tối hôm trước, Yagami đã nói thật về thân phận The Mole của tay thanh tra cho cô biết. Đồng thời tay thám tử cũng nhắc nhở nữ công tố viên từ giờ nên cẩn thận hơn bởi lợi ích, vinh dự và nhiều thứ khác do AD-9 mang lại có thể biến bất cứ ai thành quỷ dữ, khiến họ bất chấp thủ đoạn để đạt được mục đích cuối cùng. Điển hình nhất của vai phản diện này không ai khác chính là tiến sĩ Shono, một người hiền lành nhút nhát nhưng vì AD-9 có thể biến thành kẻ giết người, thậm chí sau đó còn thuê kẻ khác giết nhiều người hơn nhằm đạt được mục đích đê hèn.
Yagami và các bạn giờ đã có mục tiêu rõ ràng nhưng cuộc điều tra của họ không có nhiều tiến triển bởi một thanh tra giàu kinh nghiệm như Kuroiwa không để bị theo dõi. Thời gian mà Okubo phải chấp hành án tử hình lẫn việc Ayabe bị kết án mưu sát vẫn cứ thế trôi dần đi trong khi mọi manh mối đều bế tắc. Lúc này chủ tịch Kajihira có cảnh báo rằng thủ lĩnh tối cao của băng Kyorei đang phát điên về việc Shioya bị người ta sát hại rồi móc mắt tại Kamurocho. Cuộc chiến giữa băng Kansai cùng các thế lực yakuza tại Tokyo có thể nổ ra bất cứ lúc nào. Ngoài ra ông ta cũng mang đến một tin rất không vui khi “tổ chức nào đó rất lớn, có vẻ là chính phủ” muốn mọi việc ở ADDC chìm xuồng bằng cách rút ngắn thời gian chờ thi hành án tử hình đối với Okubo. Có lẽ vì vụ của Okubo gián tiếp dính líu đến thuốc AD-9 nên đã có ai đó hoặc tổ chức nào đó nhúng tay thúc đẩy việc rút ngắn thời gian thi hành án. Mọi việc quá gấp rút nên Yagami chỉ còn cách sử dụng mỹ nhân kế khi nhờ cô thư ký Saori giả làm phóng viên để dụ dỗ gã giám đốc háo sắc Kido của ADDC. Công việc hoàn thành mỹ mãn khi máy quay lén đã ghi được cảnh Kido sờ soạng mông Saori trong sự tức tối của Hoshino.
Nhờ đoạn băng đó họ buộc Kido nói ra sự thật, cách đây 3 năm, sau buổi họp báo giới thiệu về tác dụng cũng như khả năng thành công của AD-9 khi thử nghiệm trên động vật, Kido đã tức điên khi nghe Shono báo rằng thứ thuốc này đã thất bại khi thử nghiệm lên con người, nạn nhân không ai khác là ông già đang chữa Alzheimer tại bệnh viện ADDC, người mà Okubo bị tố cáo mưu sát. Thoạt đầu Kido còn muốn từ chức và công bố sự việc thế nhưng khi bị Shono dụ dỗ rằng nếu hợp tác che dấu vụ này và tiếp tục thí nghiệm biết đâu AD-9 sẽ thành công. Lúc này thì không chỉ có Shono hoàn toàn lạc lối, trước sự mê hoặc quá lớn của tiền tài và danh vọng, cuối cùng Kido cũng chấp nhận làm ngơ vụ tai nạn thử nghiệm làm chết người. Thậm chí về sau để chắc chắn đổ được mọi tội lỗi cho Okubo, mặc dù biết Shono sẽ giết Emi Terasawa thế nhưng Kido vẫn lặng im mặc kệ. Đến khi phó giám đốc Hashiki phát hiện ra những điều khuất tất đằng sau AD-9, chính Kido liên lạc với Ichinose nhờ gã thứ trưởng giúp bưng bít mọi đầu mối. Bọn họ là một liên minh ma quỷ khi Ichinose nắm vai trò đứng đầu, điều phối tiền bạc từ phía bộ y tế cũng như mọi nguồn nhân lực mà Shono cần cho công cuộc nghiên cứu. Kido đảm nhận vai trò người đứng đầu dự án, chịu trách nhiệm luân chuyển dòng tiền đến nơi cần thiết. The Mole và Hamura nhận tiền để phối hợp lùng bắt những tên yakuza cho Shono làm thí nghiệm.
Kido cho biết Shono có một phòng nghiên cứu bí mật nằm đâu đó tại Kamurocho và có thể tìm đến thông qua Ishimatsu, gã tay chân chạy việc cho thứ trưởng Ichinose. Khi tìm đến phòng nghiên cứu tại một cao ốc bỏ hoang họ phải đối phó với khá nhiều tên côn đồ tại đây. Đến tầng cao nhất, Sugiura rút dao muốn đâm Shono để trả thù cho chị của mình thì cảnh sát cùng các công tố viên đã đến, thoạt đầu Izumida muốn bắt giam Sugiura về tội cố ý giết người nhưng Chánh văn phòng công tố Kunihiko Morita nói hãy để chuyện này trôi qua và sẽ không có ai bị bắt cả. Trước thái độ có phần kỳ lạ của Morita, Yagami nói rằng đây là hiện trường xảy ra nhiều vụ án mạng trong thời gian gần đây và yêu cầu cầu hãy phong tỏa điều tra. Nhưng hóa ra Morita vốn cùng một giuộc với thứ trưởng Ichinose và cả bọn đã có những thỏa thuận ma quỷ để dàn xếp cho việc này trôi qua êm thấm. Giờ đây nhóm Yagami gần như thất thế trên mọi mặt trận khi cả cảnh sát, văn phòng công tố, bộ y tế… đều đồng lòng ủng hộ và dùng mọi thủ đoạn để dự án nghiên cứu AD-9 được tiếp diễn. Trước sức hút khủng khiếp của tiền tài và danh vọng, bọn họ sẵn sàng bất chấp mọi giá để thứ thuốc này ra mắt, với khẩu hiệu “vì lợi ích lớn lao hơn”.