Lúc đến ADDC để điều tra thêm, họ gặp Ryusuke Kido, giám đốc trung tâm ADDC, từ đây những ký ức vào 3 năm của Yagami lại tiếp tục ùa về. Khi đó Okubo gần như sẽ bị kết tội giết người vì bằng chứng quá rõ ràng khi chính anh ta đã chôn xác của bệnh nhân cao tuổi đó cùng với tiền án nghiện rượu và sử dụng bạo lực với bạn gái cũ cách đây 6 năm. Nhưng bạn gái hiện tại của Okubo là cô y tá Emi Terasawa luôn tin rằng anh ta vô tội. Cuối cùng Shintani tức giận bỏ đi để lại Yagami một mình Yagami xoay sở với vụ án. Sau quá trình điều tra, họ biết rằng người cuối cùng tiếp xúc với bệnh nhân chính là tiến sĩ Shono dù không rõ ông tiến sĩ muốn làm gì nhưng cùng với lời khai từ Eimi, có thể chứng tỏ Okubo không giết nạn nhân. Anh ta chỉ là quá sợ hãi khi phát hiện xác của nạn nhân trong mớ quần áo và drap giường do mình chở đi giặt ủi nên mới có hành vi dại dột là đi phi tang xác thay vì trình báo cảnh sát. Yagami cũng lập luận rằng Okubo không muốn báo cảnh sát cũng hợp lý vì anh ta đang có tiền án tiền sự nên ngại tiếp xúc với chính quyền. Sau tất cả bồi thẩm đoàn tán thành với luật sư biện hộ nên xử cho Okubo trắng án, còn vụ cái chết của bệnh nhân ADDC sẽ được tiếp tục điều tra.
Trở lại ADDC ở hiện tại, cuộc điều tra về cái chết của Shintani đang gặp khó khăn vì giám đốc Kido lẫn tiến sĩ Shono đều không muốn hợp tác. Hơn nữa nhóm nghiên cứu của ADDC đang thực hiện dự án AD-9, loại thuốc có thể chữa khỏi bệnh Alzheimer nên ngay cả bộ trưởng bộ y tế là Naohisa Kazami cũng đang ở đây để tham quan, điều này khiến nhóm Yagami không thể làm gì khác được. Tiếp họ họ bị thanh tra Kuroiwa đến để mời Yagami đến sở cảnh sát hợp tác điều tra thêm về cái chết của Shintani. Dù từ chối được gã thanh tra khó ưa nhưng kết quả điều tra tại ADDC cũng không có gì tiến triển nên cả nhóm buộc phải quay lại sảnh chính. Tại đây Yagami mạo danh là khách của tiến sĩ Shono nên được cô nhân viên Hashimoto dẫn vào khu vực Research Wing. Họ gặp được Shono để hỏi về Shintani nhưng ông ta tỏ ra vô cùng sợ hãi, lúc này thứ trưởng bộ y tế Kaoru Ichinose xuất hiện và yêu cầu tay thám tử hãy ngừng quấy rối việc nghiên cứu AD-9 vì loại thuốc này rất quan trọng với nền kinh tế Nhật Bản.
Trở về Kamuro, Hoshino cho rằng nên để Sugiura điều tra về tập đoàn Kajihira Group vì họ đang muốn mở rộng làm ăn và tăng cường quan hệ với các thành viên trong chính phủ, đặc biệt là bộ trưởng bộ y tế Kazami. Tìm hiểu về mối quan hệ mờ ám này biết đâu có thể phát hiện một vài manh mối liên quan đến AD-9 lẫn đám lợi ích tại ADDC cũng nên. Sau khi tìm hiểu, Sugiura cho biết năm ngoái tập đoàn Kajihira muốn khởi động một dự án xây dựng khu quy hoạch dân cư quy mô, mảnh đất họ nhắm đến thuộc về bộ y tế, cũng là nơi ADDC tọa lạc. Ông bộ trưởng Kazami cũng đang có ý muốn “sang tay” khu đất bởi hơn 10 năm qua trung tâm nghiên cứu y tế này không có thành quả nghiên cứu nào ra hồn. Tiền thuế của dân chúng trong suốt những năm đó cứ như đổ vào động không đáy, thậm chí nhiều tờ báo còn mỉa mai việc Bộ Y Tế đầu tư cho ADDC chẳng khác nào lãng phí tiền thuế của nhân dân. Tuy nhiên mọi chuyện đã thay đổi khi ADDC công bố thành quả ban đầu khi nghiên cứu AD-9.
Theo dự toán của Sugiura, Kajihira Group có thể đã mất hàng trăm tỷ Yên vì sự kiện oái oăm này. Yagami đã đến văn phòng Genda với ý muốn tìm tay nhà báo tự do Ko Hattori để tìm hiểu thêm về Kajihira Group nhưng không gặp thay vào đó anh gặp Mafuyu và được cô cho biết văn phòng công tố đang hướng sự nghi vấn về phía Yagami trong vụ án của Shintani. Lúc tiễn Mafuyu về, Yagami thấy đám giang hồ Kansai đang muốn bắt cóc cô nên đã cùng đám anh em tẩn cho chúng một trận, sau đó cả nhóm tìm đến đại bản doanh của lũ kia tại CLB Honmaruen để tính sổ. Tại đây họ gặp thủ lĩnh Satoshi Shioya, hắn nói rằng có một việc muốn yêu cầu nhưng lại không thích bị từ chối nên phải bắt cóc Mafuyu cho chắc ăn. Sau khi hạ gục Shioya thì cả nhóm gặp chủ tịch của Kajihira Group là Shigeru Kajihira. Ông ta cho biết mình muốn thâu tóm khu đất nên đã mua chuộc Toru Hashiki, phó giám đốc ADDC nhưng chả hiểu sao gã đã bị ai đó mưu sát một cách rất tinh vi. Vấn đề rất đáng lưu tâm hơn chính là trước khi bị mưu sát Hashiki từng hoài nghi AD-9 chỉ là một trò lừa nhằm câu giờ của ADDC. Ông ta quyết định âm thầm điều tra sự việc nhưng chưa ra ngô ra khoai gì thì đã mất mạng một cách đáng ngờ.
Kajihira cho biết đêm đó Hashiki có ẩu đả với kẻ nào đó và bị đánh trong thương, sau 3 tuần thì tay phó giám đốc thiệt mạng vì vết thương quá nặng. Rõ ràng đây là thủ pháp giết người đầy tinh vi khi ngụy trang dưới vỏ bọc một vụ say rượu ẩu đả thông thường và ông muốn tay thám tử điều tra vụ này cho mình. Yagami đồng ý tiếp nhận ủy thác và trong quá trình điều tra anh tả cảm thấy vô cùng ngạc nhiên khi cách ăn mặc của kẻ từng gây sự đánh nhau với Hashiki lại rất giống với The Mole, kẻ mà anh ta vẫn đang truy tìm bấy lâu nay. Nhờ cô công tố viên Mafuyu lấy trộm giúp hồ sơ vụ án, Yagami biết rằng đêm đó Hashiki không đến quán bar uống rượu một mình, ông ta có hẹn với tiến sĩ Shono. Không rõ hai người nói chuyện thế nào nhưng Shono bắt taxi về ADDC và có chứng cớ ngoại phạm còn Hashiki thì đánh nhau với gã giống The Mole rồi thiệt mạng. Cuối cùng họ phải nhờ cô thư ký Saori giả làm một tiếp viên đến quán bar Queen Rouge tiếp cận Mika, cô gái ngồi hầu rượu cho bàn của Hashiki và Shono đêm đó. Theo manh mối do Mika cung cấp, giờ đây gã thám tử có thể khẳng định Hashiki chết vì có ai đó muốn bịt miệng ông ta và thứ thuốc AD-9 này ngày một đáng ngờ hơn.
Sáng hôm sau Yagami đến trình diện tại văn phòng công tố để hợp tác về vụ án mạng của Shintani theo giấy triệu tập, tay thám tử kể hết mọi chuyện mình biết được với hai công tố viên Izumida và Morita, cấp trên của Mafuyu và yêu cầu họ hãy mở cuộc điều tra ngay lập tức. Sau khi nghe xong phần trình bày, Izumida nhắc nhở Yagami hãy xem lại thái độ của mình còn Morita lại nhận được một cú điện thoại quan trọng. Nghe xong cuộc gọi Morita nói rằng sau tất cả những gì họ đã điều tra Yagami không phải là người họ muốn bắt và hung thủ của vụ Shintani có thể chính là Ayabe bởi viên đạn thu được ở hiện trường cho thấy nó hoàn toàn trùng khớp với khẩu súng của tay cớm bẩn. Rõ ràng Ayabe đã bị ai đó cố tình gài bẫy nhưng Yagami không thể thuyết phục được các công tố viên nên đành tìm cách khác. Trong cuộc họp mặt tại Kamurocho, Hoshino cho rằng có rất ít cơ hội để gỡ tội cho Ayabe khi mà mọi chứng cứ đều rất bất lợi. Yagami nói mọi chuyện đều có cái bóng của The Mole và chỉ cần tìm ra hắn thì mọi gút mắc đều có thể tháo gỡ. Manh mối duy nhất đến The Mole lúc này chính là Kyohei Hamura và gã đang trốn rất kỹ trước sự truy sát của đám yakuza Kansai.
Nhờ ông bố nuôi Matsugane, Yagami biết Hamura vẫn điều hành đám đàn em qua điện thoại nên đã gắn máy nghe trộm tại trụ sở của chúng. Tuy nhiên khi xong việc gã thám tử lại bị bọn xã hội đen phát hiện, nhờ Sugiura ở ngoài cúp cầu dao điện tiếp ứng nên Yagami mới có thể thoát thân được. Thông qua đoạn băng nghe trộm, có vẻ Hamura đang trốn ở sòng bạc nào đó để điều hành công việc. Đến sòng bạc, Yagami gặp Hamura và gã đàn em thân tín Ozaki đang ngồi đó chơi xí ngầu hăng say. Sau vài câu qua lại họ liền dùng nắm đấm để tiếp tục nói chuyện. Trong khi đang tra hỏi Hamura thì đàn em của gã đã kịp thời đến ném lựu đạn và phóng hỏa để giúp hắn trốn thoát. Sau vụ lộn xộn tại sòng bạc ngầm, giờ đây Yagami đã biết tiến sĩ Shono mới là có nhiều nghi vấn nhất trong toàn bộ vụ án. Nhờ thông tin từ Ko Hattori, họ biết AD-9 là hy vọng sống còn cho rất nhiều bệnh nhân Alzheimer bởi hầu hết các thứ thuốc trước đây chỉ có thể làm chậm quá trình diễn biến chứ không có khả năng trị dứt điểm căn bệnh. Với lợi ích quá lớn mà thứ thuốc thần kỳ này mang lại không khó hiểu khi tay ký giả cảm thấy tiến độ nghiên cứu của ADDC là quá chậm chạp và hắn nghĩ Kido nên bắt đầu giai đoạn thử nghiệm lâm sàng trên các bệnh nhân đi là vừa.
Lúc này Yagami lại liên tưởng đến thứ thuốc AD-9 và 3 gã yakuza Kansai lẫn Shintani bị giết và móc mắt. Trở lại văn phòng thám tử, Yagami thấy rằng cả 4 đồng đội trong nhóm gồm Kaito, Sugiura và Hoshino đã tập hợp đầy đủ. Lúc này tay thám tử mới nêu ra một giả thuyết chấn động rằng Shono, kẻ vì quá nóng lòng nghiên cứu AD-9, từng dùng người sống làm vật thí nghiệm. Cả Shintani và 3 tên yakuza chết không minh bạch của băng Kyorei vùng Kansai có thể là các đối tượng thí nghiệm trong thời gian gần đây. thế nhưng tội ác man rợ này có thể đã bắt đầu từ 3 năm về trước bởi vì nạn nhân đầu tiên trong vụ án của Okubo vốn là một người bị Alzheimer đang điều trị tại bệnh viện của ADDC. Nếu giả thuyết này thành lập thì nhiều sự khúc mắc có thể trở nên hợp lý chẳng hạn như Shono chính là kẻ đứng sau sai khiến The Mole đi tìm các nạn nhân về để lão thử thuốc. Sau cùng Hoshino đã làm bản tóm tắt sơ bộ về tất cả sự việc xảy ra từ ba năm trước nhưng Sugiura lại cho rằng khi nào vẫn chưa giải quyết được các khúc mắc trong vụ Okubo giết Emi rồi phóng hỏa thì giả thuyết này vẫn chưa hoàn chỉnh. Cuối cùng Sugiura cũng thuyết phục được Yagami đến gặp Okubo, kẻ đang bị giam giữ chờ xử tử hình, để nói chuyện trực tiếp.