Được phát triển bởi Cogwheel và phát hành bởi Daedalic, Hidden Deep nhìn bên ngoài giống như một tựa game platform dạng 2D cũ kỹ. Tuy nhiên khi đi sâu vào các màn chơi bạn sẽ nhận ra những điểm độc đáo rất riêng của nó so với những sản phẩm 2D khác. Được giới thiệu là mang phong cách và không khí của những tựa game khoa học giả tưởng có yếu tố người ngoài hành tinh, Hidden Deep có một bối cảnh đầy u ám và lạnh lẽo.
Theo đó, vào cuối thập niên 1980, một nhóm nhà khóa học đã phát hiện những dấu hiệu bất thường tại một căn cứ khai mỏ nằm sâu dưới đáy đại dương. Họ đã quyết định lập một trạm nghiên cứu và tiếp tục đào sâu xuống đáy đại dương để tìm hiểu những tín hiệu lạ này. Khi đang tiến hành nghiên cứu thì trạm này bất ngờ bị mất liên lạc hoàn toàn với mặt đất.
Do nằm ở đáy sâu biệt lập nên đến ngày thứ 681, gần 2 năm sau khi cắt liên lạc, nhóm cứu hộ của quân đội mới được cử đến đây. Bạn sẽ là người chỉ huy của cuộc tìm kiếm bắt đầu lần mò từ những tầng trên cùng của khu khai mỏ rồi dần dần đi sâu xuống hệ thống hang động dưới đáy biển mà nhóm nghiên cứu đã đào.
Bạn sẽ khởi đầu bằng một binh sĩ tên Murphy theo các nhiệm vụ chỉ huy giao phó để đi dần từ ngày 1 ở khu phía trên đến những ngày kế tiếp khi cuộc cứu hộ dần triển khai sâu xuống các tầng dưới của khu mỏ bỏ hoang.