Cốt truyện của Undertale bắt đầu với những truyền thuyết kể rằng ngày xửa ngày xưa, có hai chủng tộc cùng nhau thống trị thế giới, đó là Loài người và Quái vật. Nhưng vì lo sợ rằng đến một lúc nào đó lũ quái sẽ hoá điên và hút hết linh hồn của họ, nên con người đã lên kế hoạch tấn công chúng một cách bất ngờ. Họ chém, họ giết, họ tàn sát hết sinh vật này đến sinh vật khác và rồi cuối cùng thì cuộc chiến dai dẳng cũng đã kết thúc, con người đã chiến thắng và trở thành kẻ thống trị duy nhất của Trái đất. Lúc này các pháp sư hùng mạnh của tộc người mới bắt đầu sử dụng nhiều loại phép thuật để giam giữ tất cả những con quái vật còn sống vào sâu trong lòng đất. Đồng thời họ còn tạo ra một bức tường ma thuật và ngăn cách hai thế giới, nhằm mục đích không cho quái vật bất cứ cơ hội nào để quay trở lại trên mặt đất.
Nhiều năm đã trôi qua, bỗng một ngày nọ có một đứa trẻ tên Frisk (nhân vật chính của Undertale), chẳng rõ vì lí do gì đã tự mình treo lên đỉnh núi Ebott, chắc có lẽ cũng vì muốn thử thách bản thân khi nghe những lời đồn đại cho rằng đây là một nơi hắc ám, nhiều người đã cố gắng chinh phục nhưng chưa có bất cứ một ai quay trở về. Vừa lên đến đỉnh núi, Frisk trượt chân và rơi tọt vào một cái hố khổng lồ, cậu bé cứ vậy mà rơi mãi rơi mãi cho đến khi chạm đáy. Khi tỉnh dậy Frisk đã không tin vào mắt mình, trước mắt cậu bé là một thế giới huyền ảo, với quang cảnh thiên nhiên chẳng hề giống với bất cứ thứ gì mà cậu đã từng thấy trên mặt đất.
Lúc này, Frisk mới phát hiện ra một cánh cổng dẫn đến một tàn tích cổ đại dưới lòng đất và tại đây cậu bé đã gặp được một bông hoa biết nói tên là Flowey trông rất chi là dễ thương, nhưng điều mà cậu không biết rằng nó chính là một con quái vật có tính cách bệnh hoạn, vô cùng nguy hiểm. Nó thường dùng nhiều chiêu trò để đánh lừa và giết mọi sinh vật xấu số chỉ để cho vui. Vừa gặp Flowey, qua những câu chào hỏi bắt chuyện, Frisk bắt đầu nhận ra rằng dường như có điều gì đó không ổn trong thái độ của bông hoa biết nói.
Flowey nói rằng những cánh hoa trên cơ thể nó là những món quà tượng trưng cho sự thân thiện và nó muốn Frisk vui vẻ đón nhận chúng. Nhưng sau nhiều lần từ chối, tính cách của Flowey đột nhiên thay đổi 180 độ, hắn trở nên cộc cằn hơn, thậm chí còn thốt ra những lời lẽ khó nghe với cậu bé, chẳng hạn như “Mày bị bại não à thằng kia? Mày nghĩ tao đang giỡn với mày à? Tao bảo mày nhận lấy những viên đạ… những bông hoa tình bạn của tao đi!” Vừa dứt câu, khuôn mặt của Flowey bỗng dưng biến dạng thành một con quỷ ghê rợn và nó bắt đầu tấn công Frisk. Nhưng thật may mắn, nhân vật chính của Undertale đã được cứu bởi một con quái vật khác tên là Toriel – người giám hộ của khu tàn tích.
Trái ngược với Flowey - một bông hoa xinh đẹp với bản chất xấu xa, thì Toriel là một người phụ nữ, hay nói đúng hơn là một loài quái vật sở hữu ngoại hình không được đẹp cho lắm nhưng bù lại tính cách của bà ta rất hiền lành và ân cần, như một người mẹ vậy. Toriel cũng chia sẻ với Frisk rằng mỗi ngày bà đều đi ngang qua chỗ này để xem có ai vô tình rơi xuống hay không nhưng mãi chẳng thấy ai cho đến khi phát hiện được cậu bé. Hoá ra Frisk là người đầu tiên lọt vào cái hố khổng lồ trên núi Ebott, đồng thời cũng là người đầu tiên đặt chân vào khu tàn tích bí ẩn. Nhưng nếu đó là sự thật, vậy thì những người xấu số trước đó đã từng leo lên đỉnh Ebott và một đi không trở lại thì sao? Họ đã đi đâu rồi? Những câu hỏi hóc búa chưa có lời giải đáp bắt đầu xuất hiện trong đầu Frisk cũng như người chơi.
Nhưng cũng vì nhận ra rằng mình còn cả một chặng đường dài ở phía trước, cậu bé mới gạt bỏ những suy nghĩ đó qua một bên và cùng với người bạn quái vật mới của mình phiêu lưu vào vùng đất sâu thẳm chưa được khám phá. Toriel tiết lộ cho Frisk biết rằng, đây không phải đơn thuần là một khu tàn tích bình thường, mà nó như kiểu một mê cung gồm nhiều căn phòng khác nhau. Trong mỗi một căn phòng sẽ có một hoặc nhiều câu đố, cũng như đủ các thể loại quái vật đáng sợ. Để có thể mở khoá và di chuyển từ phòng này sang phòng khác, Frisk (game thủ Undertale) sẽ cần phải đưa ra những quyết định mà cậu cho là cần thiết hoặc thậm chí là sáng suốt nhất, nhằm mục đích để tìm ra cách giải mã hiệu quả nhất cho những câu đố nói trên.
Trước khi rời đi để giải quyết những việc cá nhân, Toriel cũng không quên hướng dẫn cho Frisk một số kiến thức cần biết trước khi cậu chạm trán với quái vật cũng như trước khi bắt đầu giải đố. Bà hi vọng rằng đứa trẻ sẽ có thể tự mình đối mặt và vượt qua những thử thách phía trước mà không cần phải giết bất cứ sinh vật nào. Không những thế, bà còn nhận Frisk làm con nuôi và sẵn sàng làm mọi thứ để bảo vệ đứa trẻ này khỏi Asgore Dreemurr – Chúa tể của Lòng đất, Lãnh chúa của Quân đoàn Quái Vật, đồng thời cũng là phản diện chính của Undertale.
Bà đưa cho Frisk một chiếc điện thoại di động và dặn rằng: “Nếu có vô tình chạm mặt với quái vật mà không biết phải giải quyết như thế nào cho hợp lý, thì cháu hãy gọi ngay cho ta và cố gắng câu giờ đợi ta đến để giải quyết nhé. Còn bây giờ thì ta cần phải đi giải quyết một số công việc cá nhân, cháu hãy cẩn thận nhé, bởi trong khu tàn tích này vẫn còn khá nhiều khu vực mà ta chưa khám phá và rất có thể đó sẽ là những nơi cực kỳ nguy hiểm.”
Đến đây Mọt tui cũng xin được nói sơ một chút về Undertale, đây là một tựa game khai thác sâu vào những quyết định của người chơi xuyên suốt quá trình trải nghiệm. Nói một cách dễ hiểu, mọi sự lựa chọn mà chúng ta đưa ra, bất kể đó là giết, tha mạng hoặc là kết thân với kẻ thù, đều sẽ mang đến nhiều kết thúc khác nhau ở cuối game. Trò chơi sẽ chia ra làm 3 mạch truyện chính, bao gồm Genocide Route (Kẻ Diệt Chủng), True Pacifist Route (Người gìn giữ Hòa bình Chân chính) và cuối cùng là Neutral Route (Người Trung Lập).
Để giải thích rõ hơn, nếu như các bạn thích tiêu diệt tất cả các quái vật trong game, thì Genocide Route sẽ được kích hoạt. Ngược lại với True Pacifist Route, người chơi sẽ cần phải giải quyết mọi mâu thuẫn bằng những cách nhẹ nhàng và ôn hòa nhất có thể nhưng điều quan trọng nhất, đó chính là không được nhẫn tâm giết bất kỳ ai. Tuy nhiên nếu ta đi theo đường diệt chủng mà vô tình tha cho một con quái vật, hoặc là nếu đi theo đường hoà bình mà lỡ ra tay với bất kỳ con quái nào, thì trò chơi sẽ mặc định đưa game thủ theo con đường trung lập (Neutral Route). Thế nên người chơi cần phải sáng suốt cân nhắc xem đâu mới thực sự là con đường mà họ sẽ chọn.
Quay trở lại với Frisk. Chẳng biết bao giờ Toriel sẽ quay trở lại nên cậu bé đã quyết định sẽ tự mình phiêu lưu và tìm đường đến tòa lâu đài của Asgore, đây được cho là nơi thế giới quái vật tiếp nối với thế giới loài người bằng một bức tường ma thuật bí ẩn. Đồng thời có vẻ như tại đây cũng có một con đường bí mật có thể giúp cho đứa trẻ quay trở lại trên mặt đất. Trong suốt những chuyến đi của mình, nhân vật chính của Undertale sẽ không chỉ có cơ hội được khám phá nhiều khu vực mới lạ, mà còn đã chạm trán với rất nhiều loài quái vật có hình thù dị hợm, đáng sợ.
Chẳng hạn như Sans và Papyrus – anh em bộ xương có nhiệm vụ canh gác khu rừng Snowdin, Undyne – một hiệp sĩ có diện mạo trông như loài cá, đồng thời cũng là thủ lĩnh của cận vệ Hoàng gia, hết lòng phụng sự và nguyện hi sinh thân mình để bảo vệ lãnh chúa Asgore và cuối cùng là nhà khoa học đại tài Alphys, cùng với sản phẩm của cô là Mettaton, một con robot kiêm luôn ngôi sao truyền hình nổi tiếng của Vương quốc Quái vật.
Những cuộc phiêu lưu của Undertale sẽ còn được tiếp tục...