Cốt truyện Half-Life: Episode 2 bắt đầu sau vụ nổ kinh hoàng xóa sổ cả Citadel, City 17 ở Episode 1, đoàn xe mà Gordon Freeman và Alyx Vance đang dùng để chạy trốn khỏi thành phố bị lật tung. Chúng ta khởi đầu cốt truyện Half-Life 2: Episode 2 khi Gordon tỉnh dậy trong thùng xe, trước khi được Alyx trao lại khẩu súng trọng lực quen thuộc để tìm lối thoát.
Vụ nổ này cũng tạo ra một Portal storm khởi nguồn từ phế tích của Citadel, và Alyx cho rằng họ cần phải liên lạc được với căn cứ quân kháng chiến ở Rừng Trắng để giao gói dữ liệu mà cô thu thập được từ máy tính của Citadel. Họ không biết nó chứa những gì, nhưng gói dữ liệu này đủ quan trọng để Combine chấp nhận phá hủy Citadel nhằm gửi nó về “mẫu quốc.”
Sau vụ nổ.
Sau khi vượt qua một hầm mỏ bỏ hoang là nơi sinh sống của khá nhiều Zombie và Antlion, Alyx liên lạc được với căn cứ Rừng Trắng để cho tiến sĩ Kleiner cùng cha mình biết cả hai vẫn còn sống. Cả hai biết được rằng năng lượng từ vụ nổ Citadel đang được tập hợp để cố gắng mở ra một cánh cổng mới, và cơn lốc xoáy màu trắng mà họ đang thấy chỉ là khởi đầu của một cổng không gian khổng lồ. “Nếu nó trưởng thành, Cuộc Chiến Bảy Giờ sẽ lại tái diễn, chỉ khác là lần này chúng ta sẽ không kéo dài được dù chỉ 7 phút.”
Trong khi đó, Gordon và Alyx vẫn nghe được những dấu hiệu cho thấy lực lượng Combine vẫn đang truy tìm mình nhằm lấy lại gói dữ liệu – nay đã được nhận ra là mã liên lạc với “mẫu quốc” của Combine. Với gói dữ liệu này, Arne Magnusson, chỉ huy căn cứ Rừng Trắng nghĩ ra một kế hoạch có thể thay đổi cán cân lực lượng giữa Combine với quân kháng chiến trong cốt truyện Half-Life. Tuy nhiên, tín hiệu bị cắt đứt trong khi lũ Combine tìm đến vị trí của hai người. Trong khi bỏ chạy, Alyx bị một Hunter đâm trọng thương trước khi được một Vortigaunt bí ẩn xuất hiện đưa đi cứu chữa, buộc Gordon và Alyx phải tách ra từ thời điểm này.
Alyx bị trọng thương
Gordon đi sâu hơn vào bên trong hầm mỏ bỏ hoang và gặp được một tiền đồn của quân kháng chiến. Tại đây, Alyx đang được cứu chữa, nhưng họ cần có chiết xuất của Antlion để làm điều này. Gordon tự biến mình thành mồi nhử Antlion Guardian – kẻ bảo vệ chất chiết xuất trong tổ Antlion trong khi các Vortigaunt thu hoạch những thứ cần thiết để cứu mạng Alyx.
Họ thành công trong việc hồi sinh Alyx, nhưng cũng vào lúc này, gã G-Man xuất hiện. Theo lời G-Man, các Vortigaunt đã ngăn cản hắn ta trở lại trong suốt thời gian qua, nhưng chính G-Man đã cứu Alyx ở Black Mesa mặc cho sự ngăn cản của những kẻ khác bởi cô rất quan trọng trong kế hoạch của hắn. G-Man cũng đòi Gordon phải trả “một khoản chi phí nhỏ” cho việc anh sống sót: hắn yêu cầu anh đưa Alyx an toàn đến Rừng Trắng bởi ngoài việc để mắt đến cả hai, G-Man không thể làm gì hơn do phải tuân theo khá nhiều hạn chế. Đồng thời, hắn cũng dặn Alyx rằng hãy nói với cha mình “chuẩn bị cho những hậu quả không thể đoán trước.”
Các Vortigaunt hồi sinh Alyx trong Cốt truyện Half-Life
Sau khi tỉnh lại, Gordon, Alyx cùng các Vortigaunt tìm đường trở lại bề mặt. Họ phát hiện một lực lượng Combine đông đảo đang tiến về căn cứ Rừng Trắng, với cả sự góp mặt của Combine Advisor. Các Vortigaunt rời đi để săn lùng shu’ulathoi – tức các Advisor đã thoát đi ở cuối Episode 1 trong Cốt truyện Half-Life, còn Alyx và Gordon lao về phía căn cứ Rừng Trắng. Họ cố gắng liên lạc với căn cứ bằng một trạm radio, nhưng Combine Advisor đã ngăn chặn không cho phép Alyx tiết lộ thông tin về đợt tấn công này. Họ sẽ sớm gặp gỡ một Combine Advisor, chiến đấu với nó và chỉ sự may mắn mới giúp họ sống sót qua cuộc đụng độ này.
Sau khi chạm trán Combine Advisor, bộ đôi nhân vật chính tiếp tục hướng về Rừng Trắng. Họ gặp vô số kẻ thù trên đường, bao gồm cả một đợt mai phục lớn ngay trong một nhà trọ bên ngoài bìa rừng, nhưng đã thành công vượt qua tất cả để đến với căn cứ Rừng Trắng. Một điều đặc biệt là G-Man đã bước vào chính căn nhà trọ mà cả hai bị mai phục trước khi họ đến nơi đây.
G-Man bên cạnh quả tên lửa sẽ giúp con người đóng lại cánh cổng không gian
Bên trong căn cứ, cả hai gặp lại Isaac Kleiner và Eli Vance rồi giao gói dữ liệu mình thu được cho họ. Theo kế hoạch của Arne Magnusson, gói dữ liệu này sẽ được phóng lên không gian, kết hợp cùng những vệ tinh đã được phóng từ Half-Life để đóng cánh cổng không gian mới mà Combine đang muốn tạo ra từ vụ nổ Citadel. Nhưng trước khi điều đó xảy ra, cả hai phải đẩy lùi một đợt tấn công lớn của Combine và bảo vệ khu vực phóng tên lửa.
Cũng tại căn cứ Rừng Trắng, một bí mật từ Episode 1 được hé lộ: “dự án” mà tiến sĩ Judith Mossman tìm ra không gì khác ngoài Borealis, một con tàu của trung tâm nghiên cứu khoa học Aperture được cho là chở theo những công nghệ tối tân. Tiến sĩ Kleiner muốn sử dụng chúng để tạo ra những vũ khí mới chống lại lũ Combine, trong khi tiến sĩ Vance muốn phá hủy Borealis nhằm tránh một thảm họa tương tự như Black Mesa tái diễn.
Hai nhà khoa học thuộc phòng thí nghiệm của tiến sĩ Kleiner chụp hình trước tàu Borealis
Trong khi hai nhà khoa học đang “chí chóe”, Gordon và Alyx quyết định lên đường giải cứu tiến sĩ Mossman. Tuy nhiên, tiến sĩ Eli Vance chịu một cú shock khi nghe Alyx chuyển lại lời nhắn của G-Man, và ông tiết lộ rằng những gì G-Man nhắn gửi qua Alyx chính là những gì G-Man đã trực tiếp nói với ông trước khi thảm họa Black Mesa xảy ra trong quá khứ.
Nhưng ngay lúc này, Combine tổ chức một cuộc tấn công mới với vũ khí hạng nặng, trong khi Gordon có được “đồ chơi” mới nhờ sự trợ giúp của tiến sĩ Magnusson: một loại bom chuyên dùng để tiêu diệt Strider. Sau một cuộc chiến gian khổ, cả hai trở lại căn cứ để chứng kiến cảnh cánh cổng không gian đang dần được đóng lại nhờ gói dữ liệu được quả tên lửa trong căn cứ Rừng Trắng mang lên không gian. Điều này giúp Trái đất tạm thời không phải lo ngại về lực lượng chủ lực của Combine từ “mẫu quốc”, nên cả hai có thể lên đường tìm kiếm con tàu Borealis và tiến sĩ Mossman.
Tiến sĩ Eli Vance cùng con gái nhìn cánh cổng không gian đóng lại
Ngay trước khi cả hai lên đường, hai Combine Advisor đột kích Alyx, Eli cùng Gordon. Tiến sĩ Eli cảnh báo rằng họ cần phải phá hủy con tàu Borealis trước khi bị Advisor giết chết, và rất có thể tất cả những thông tin về lực lượng kháng chiến cũng như con tàu Borealis đã hoàn toàn bị tiết lộ từ bộ não của tiến sĩ Eli. Những dòng credit của Half-Life 2: Episode 2 hiện ra khi Alyx đang ôm xác cha mình, và tiếng khóc của cô là tất cả những gì chúng ta có thể nghe được.
Kể từ đây Cốt truyện Half-Life 2 kết thúc, chúng ta bắt đầu khoảng thời gian chờ đợi đã kéo dài hơn 10 năm, và vẫn chưa có dấu hiệu kết thúc. Con tàu Borealis nằm ở đâu? Nó chứa những bí mật gì? Số phận của Trái đất sẽ ra sao? Điều gì sẽ xảy ra với tiến sĩ Gordon? G-Man là ai, mục tiêu của hắn là gì? Những kẻ nào thao túng tất cả những gì đã xảy ra từ quá khứ đến hiện tại? Có lẽ chúng ta sẽ còn phải chờ rất lâu để có được đáp án trong cốt truyện Half-Life, nhưng ít ra đã có chút ánh sáng cuối đường hầm khi mới đây, “chúa tể” Gabe Newell đã xác nhận rằng Valve sẽ lại làm game.