Tiếp theo phần một trong cốt truyện Days Gone, lúc này Deacon đã xác định sẽ tìm cách theo dấu trực thăng của NERO để tìm cách tiếp cận O'Brian, với hi vọng nhỏ nhoi rằng có thể Sarah vẫn còn sống đâu đó ngoài kia. Bất chấp lời khuyên của Boozer về độ nguy hiểm của vụ này, vì nhân viên NERO sẽ nổ súng vào bất kỳ người nào họ gặp bên ngoài, Deacon vẫn làm đến cùng.
Cũng trong thời gian này, Deacon nhận ra anh ta và Boozer đang bị treo thưởng bởi đám Rippers nhưng không rõ lý do tại sao. Khi đi ngang qua thị trấn bỏ hoang Marion Forks, Deacon đã bắt gặp và giải cứu cho một cô bé có tên là Lisa Jackson – một trong những người may mắn sống sót sau thảm họa Virus. Lisa chỉ là một học sinh cấp ba, nhưng bằng một cách nào đó lại có thể tự bảo vệ bản thân suốt 2 năm trời trong chính ngôi nhà của mình, với hi vọng một ngày nào đó cha và mẹ mình sẽ quay trở về.
Khi Deacon gặp Lisa, thì tâm lý của cô bé có vẻ không được ổn định cho lắm và rất sợ người lạ. Tuy Deacon là một kẻ khá là vô tâm nhưng anh ta lại muốn bảo vệ cho Lisa, một phần vì nhìn cô bé này gợi lại cho Deacon về Sarah. Sau khi thuyết phục được Lisa đi cùng với mình, Deacon đã đưa cô tới khi trại của Tucker để nhờ bà ta chăm sóc giùm.
Deacon cũng không quên theo dấu trực thăng của NERO, trong một lần như vậy cuối cùng anh ta đã gặp O'Brian đang đi thực địa để lấy mẫu Virus. Deacon kéo O'Brian ra một góc riêng và bắt đầu tra hỏi về đêm mà Sarah được đưa đi, tuy vậy bản thân O'Brian cũng không biết số phận của Sarah ra sao vì sau khi sơ cứu xong thì hai người đã bị tách ra, về sau O'Brian được chuyển sang bộ phận nghiên cứu nên mất liên lạc luôn.
Mặc dù vậy Deacon vẫn hi vọng là có thể vợ mình vẫn còn sống, vì thế anh ta đã nhờ O'Brian kiểm tra lại thông tin từ trụ sở NERO xem sau khi được sơ cứu thì Sarah đã được chuyển tới đâu. O'Brian đồng ý giúp đỡ nhưng bù lại Deacon cũng phải giúp anh ta một vài chuyện, do tính bí mật của việc này nên hai người chỉ có thể liên lạc qua Radio chứ tránh không gặp mặt trực tiếp.
Ngay khi vừa trở về thì Deacon nhận được điện đàm của Tucker báo tin chẳng lành, đó là Lisa trong một lần ra ngoài kiếm đồ tiếp tế đã bị một đám Rippers tấn công và bị bắt đi. Deacon rất tức giận về điều này khi mà Tucker đã để cho một người như Lisa đi ra ngoài, nhưng bà ta lại nói rằng đó là luật lệ của trại, ai cũng phải lao động mới có ăn được.
Deacon lần theo dấu vết của Lisa và giải cứu cô bé khỏi đám Rippers, có điều anh cũng không thể đưa Lisa trở ngược lại cho Tucker được nữa. Bản thân Deacon trong cốt truyện Days Gone lúc này cơ bản cũng khá là vô trách nhiệm, anh ta không muốn sống như một người bình thường trong những khu dân cư vì ghét bị bó buộc theo luật, nhưng lại không đủ sức để lo cho Lisa nên thành ra nó cứ dở dở ương ương chẳng đi tới đâu.
Cuối cùng thì Deacon cũng phải nhờ tới các mối quan hệ cũ, anh ta lái xe xuống phía Nam gần một khu dân cư khác có tên là Lost Lake, sau đó gọi điện cho một người bạn cũ từng trong băng của mình là Rikki để nhờ cô ta trông nom giùm Lisa. Ban đầu thì Rikki không đồng ý vì cho rằng đây là trách nhiệm của Deacon, nhưng khi thấy Lisa bị thương đầy mình như vậy thì cô ta cũng đành phải chấp nhận. Nhưng mà rồi Lisa cũng chẳng thể ở lại Lost Lake lâu dài, khi chỉ vài ngày sau đó Rikki đã gọi điện báo lại với Deacon rằng cô bé đã tự ý bỏ trốn mất.
Khi quay trở về chỗ trú ẩn để theo dõi tình hình Boozer, thì Deacon nhận ra nó đã xấu tới mức không thể kiểm soát được. Phần vết thương trên tay Boozer từ đầu đã mưng mủ và có dấu hiệu bị nhiễm trùng, nhưng do không được chữa trị đúng cách nên giờ đây nó đã chuyển thành hoại tử và nhiễm độc máu. Boozer bị sốt rất cao, mê sảng cũng như có dấu hiệu hôn mê thường trực, lựa chọn duy nhất của Deacon là phải kiếm được thuốc đặc trị và chỉ có một nơi duy nhất sở hữu thứ đó là ở khu dân cư Lost Lake.
Nếu như là một trại bình thường ở cốt truyện Days Gone, thì Deacon có thể tới đó và làm những nhiệm vụ để đổi đồ, nhưng Lost Lake thì khác vì nó đã cấm cửa anh ta vĩnh viễn. Lý do là lúc trước Deacon đã có những xích mích gần như không thể hòa giải nổi với người đứng đầu tại đây là Iron Mike, ông ta thậm chí đã dọa sẽ bắn vỡ sọ Deacon nếu còn thấy anh ta dám bén mảng tới Lost Lake, nhưng vì tính mạng Boozer thì cũng chẳng còn cách nào khác.
Sau đó Deacon đã tống Boozer lên xe rồi lái tới một địa điểm kín đáo gần Lost Lake, từ đây anh ta đã lẻn đi bộ vào khu trạm xá bên trong để tìm cách lấy thuốc chữa nhiễm trùng máu, nhưng trên đường trở ra thì bị Rikki và bác sĩ Addison Walker bắt gặp. Sau khi biết lý do Deacon tới để tìm thuốc chữa cho bạn mình, bác sĩ Addison đã đồng ý để anh Boozer vào trong trại, còn vấn đề xích mích giữa Deacon và Iron Mike thì để sau giải quyết.
Mặc dù Boozer đã được đưa vào trạm xá của Lost Lake nhưng tình hình của anh ta vẫn rất xấu, trong khi đó thì Deacon phải lên cầu xin sự chấp nhận của Iron Mike để mình có thể được ở lại. Lúc này khu dân cư Lost Lake đang có một hiệp ước không xâm phạm lẫn nhau với lũ Rippers, cái này do chính Iron Mike đề ra với thủ lĩnh của Rippers là Carlos với mục đích giữ cho trại của mình an toàn. Tuy vậy người phụ trách bảo an của Lost Lake là Skizzo lại không đồng ý với việc này, anh ta cho rằng Rippers là một lũ không thể tin tưởng được và sớm muộn gì chúng cũng sẽ phản bội Lost Lake mà thôi.
Skizzo cũng không thích thú lắm khi Deacon được ở lại, nhưng Iron Mike đã nói rằng ai cũng có sai lầm trong quá khứ và Lost Lake thì luôn luôn cần người, với điều kiện Deacon sẽ phải làm việc để giúp bọn họ. Lúc này bác sĩ Addison thông báo rằng mặc dù thuốc chống nhiễm trùng có thể tạm thời giúp cho Boozer ổn định, nhưng do cánh tay của anh ta đã bị hoại tử quá nặng nên cách duy nhất để cứu mạng anh ta là phải cắt phăng nó đi, vấn đề là trong trạm xá Lost Lake không có đủ vật dụng chuyên môn cũng như thiếu cả dao mổ.
Vì lý do này mà Deacon phải đi kiếm một chiếc dao mổ thủ công còn sót lại ở khu di tích lịch sử gần đó đem về cho Addison, anh ta cũng nhận được điện đàm của O'Brian về tọa độ mới, nhiệm vụ của Deacon là thu thập các thông tin từ những đội NERO đi ra ngoài thực địa, vì các thông tin này được giấu quá kín khiến không ai có thể tiếp cận được, đổi lại O'Brian sẽ giúp tìm tông tích của Sarah.
Mặc dù đã có được dao mổ, nhưng số lượng thuốc chống nhiễm trùng trong trạm xá quá ít để có thể tiến hành phẫu thuật. Đang lúc không biết phải làm sao thì Skizzo tìm tới Deacon, cho biết rằng có một xác máy bay mới được tìm thấy chứa đầy dụng cụ y tế nằm cách trại Lost Lake không xa, vấn đề duy nhất là nơi này lại ở trong địa phận của lũ Rippers nên chẳng ai có thể tới đó mà lấy đồ được.
Do Lost Lake và Rippers đang có hiệp định hòa bình, nên ở mỗi đầu sẽ có một trạm gác nhằm ngăn không cho bất kỳ ai tiến vào lãnh địa đối phương. Kế hoạch của Skizzo là sẽ rút người của mình đi trong buổi tối đó và mở đường cho Deacon vào lấy đồ, thực ra Skizzo cũng chỉ là muốn mượn dao giết người mà thôi, vì nếu Deacon có bị Rippers bắt gặp rồi sát hại cũng không có liên quan tới mình.
Tuy kế hoạch này có đầy nguy hiểm nhưng vì tính mạng của Boozer mà Deacon vẫn chấp nhận thực hiện, anh ta thuận lợi đi qua chốt gác đúng như lời Skizzo nói và tiếp cận chỗ xác máy bay. Ngay khi vừa tìm ra chỗ thuốc mà mình cần thì Deacon nhận ra điều cực kỳ kinh dị, đó là nguyên một con Freakers khổng lồ (trong cốt truyện Days Gone gọi là Breaker) không biết từ đâu lao ra tấn công anh ta. Nó có kích thước to gấp đôi thông thường đi cùng sức mạnh và độ bền đáng nể, Deacon bị đánh cho lên bờ xuống ruộng và phải dùng sạch cả đạn mới có thể giết được con quái vật này.
Trở về trại với số thuốc vừa lấy được, bác sĩ Addison ngay lập tức tiến hành cắt phần hoại tử trên tay phải của Boozer. Iron Mike cũng được báo về chuyện này và vô cùng tức giận khi biết Deacon đã tự ý chạy sang lãnh địa Rippers, ông ta cho rằng nếu Carlos biết được thì trại Lost Lake sẽ gặp nguy hiểm lớn vì tự ý phá vỡ hiệp ước. Tuy vậy Deacon không quan tâm và tỏ ra hoàn toàn bất cần, lúc này anh ta chỉ quan tâm tới tính mạng của Boozer mà thôi.
Khi báo lại những gì thu thập được từ các nghiên cứu thực địa của NERO trong cốt truyện Days Gone, O'Brian đã cảnh báo những con Freakers đang tiến hóa liên tục với một tốc độ ngày càng lớn theo thời gian, những con Freakers đột biến như Breaker sẽ xuất hiện nhiều hơn đến một lúc nào đó không kiểm soát được. Đáng tiếc là Deacon không quan tâm tới lời nói của O'Brian, cơ bản là do anh ta đã sống cùng Freakers quá lâu tới mức chủ quan luôn.
Trong cốt truyện Days Gone, Virus Freakers được mô tả là một thứ gì đó giúp sinh vật đạt được hàng triệu năm tiến hóa chỉ trong thoáng chốc ngắn ngủi.
Để có thể giúp trại Lost Lake cũng như cải thiện mối quan hệ với Iron Mike, Deacon đã đề ra một kế hoạch vô cùng tham vọng. Những con Freakers trong cốt truyện Days Gone luôn đi thành những bầy lớn vào ban đêm, nhưng ban ngày thì chúng rúc vào các hang núi xung quanh để “ngủ”. Do vùng đất này lúc trước từng là một nơi khai thác quặng, nên có rất nhiều thuốc nổ còn sót lại ở những khu mỏ bỏ hoang, Deacon muốn Iron Mike giúp mình lấy lại và dùng chúng để chôn sống lũ Freakers vào ban ngày, như vậy thì số lượng các đàn lớn sẽ giảm đi đáng kể, rất có lợi cho trại Lost Lake.
Ban đầu Iron Mike coi ý tưởng này của Deacon chẳng khác gì một kế hoạch mất trí, nhưng dần dần ông ta cũng bị thuyết phục và quyết định sẽ nghe theo anh ta. Nhưng việc kiếm thuốc nổ không phải là dễ vì để có quyền sử dụng chúng thì người chủ phải đăng ký với chính quyền bang, khi đại dịch trong cốt truyện Days Gone nổ ra thì bản danh sách này đã bị thất lạc và chẳng ai quan tâm tới cả. Rất may là Iron Mike còn nhớ một chỗ có thể chứa thông tin mà họ cần, do đó ông ta cùng với Deacon lập tức lên đường ngay.
Iron Mike đưa Deacon tới khu trại Sherman nằm sát gần Lost Lake, đây từng là một cộng đồng dân cư lớn lúc trước nhưng vì một lý do nào đó mà nó đã bị hủy diệt trước cốt truyện Days Gone. Deacon thấy hơi lại khi tại sao Iron Mike lại dẫn mình tới đây, vì bình thường ông ta rất tránh né đề tài này. Khi cả hai tới chỗ lấy danh sách vị trí thuốc nổ thì đã gặp một cảnh tượng kinh hoàng, với một sảnh lớn la liệt xác chết khô với dấu viết giao tranh bằng súng rất rõ rệt.
Lúc này Iron Mike mới kể cho Deacon về sự diệt vong của trại Sherman, vốn nó được hình thành nên từ hai nhóm cư dân khác nhau, nhưng trong quá trình hoạt động đã xảy ra những bất đồng to lớn, dần dần lớn tới mức không thể hòa giải nổi. Cuối cùng cả hai bên đã hẹn nhau ra để bàn bạc với điều kiện là không ai được mang vũ khí, nhưng vào giờ chót thì lại có kẻ trái lời cố tình giấu súng theo người. Buổi họp đó nhanh chóng biến thành một trận đồ sát diện rộng, khi hai phe lao vào giết nhau tới mức chẳng ai còn sống cả. Iron Mike là người biết được chuyện này, do đó khi lập ra Lost Lake ông ta luôn muốn tránh phải dùng bạo lực nhiều nhất có thể.
Deacon sau đó tìm được bản đồ địa điểm các khu mỏ vẫn còn trữ thuốc nổ, việc còn lại chỉ là tìm ra chúng mà thôi. Trong thời gian này Boozer cũng đã tỉnh lại với cánh tay phải đã bị cắt cụt, mặc dù không còn nguy hiểm tới tính mạng nhưng tinh thần anh ta rất kém vì từ nay không thể nào lái xe được nữa, bản thân Deacon cũng không biết làm thế nào để giúp đỡ bạn mình.
Cũng trong lúc giúp đỡ tìm cách khởi động lại nhà máy thủy điện nhằm cung cấp năng lượng cho Lost Lake, Deacon đã được Rikki bày tỏ tình cảm (hai người từng đi chung một băng trong thời gian ngắn), nhưng do Deacon vẫn không thể quên được Sarah nên đã chủ động từ chối.
(còn tiếp...)