Cốt truyện Crysis Warhead - Câu chuyện ở phía bên kia đảo Lingshan

Crysis Warhead diễn ra song song với Crysis phiên bản gốc nhưng bối cảnh lại nằm ở khu vực phía bên kia của đảo Lingshan. Câu chuyện bắt đầu sau khi Psycho và Nomad tách nhau tại bến cảng. Lúc này trung sĩ SAS Michael "Psycho" Sykes chứng kiến một tàu chiến KPA bị đánh chìm bởi máy bay Mỹ. Rời khỏi bờ biển, Psycho gia nhập vào đoàn xe đi xuyên qua rừng và bất ngờ bị tấn công bởi lực lượng quân đội KPA. Bom rơi đạn lạc khắp nơi khiến anh lính này bị bất tỉnh vì một vụ nổ lớn, khi tỉnh dậy sau trận chiến Psycho bắt đầu đi tìm những lính thủy đánh bộ còn sống sót. Tuy nhiên bộ giáp của anh lại bị tác động bởi sóng EMP từ một kiện hàng bí ẩn mà trực thăng của KPA đang cố chở đi. Sau đó, Psycho quyết định nhận nhiệm vụ truy tìm kiện hàng này, giành lấy nó khỏi tay quân KPA bởi cấp trên của anh tin rằng đó có thể là một đầu đạn hạt nhân. Trong khi thực hiện nhiệm vụ, Psycho gặp lại bạn cũ Sean O'Neill, người vốn dĩ sẽ nhận lấy vị trí của Nomad trong Raptor Team nhưng bị đánh trượt vì thất bại trong một bài kiểm tra. Vì tình đồng đội cũ Psycho đã cứu Sean khỏi chiếc máy bay rơi và đưa anh lên chiếc máy bay khác.

Trở lại với nhiệm vụ truy lùng kiện hàng, Psycho cuối cùng cũng tiếp cận được nó trong một tàu ngầm của KPA. Thay vì đầu đạn hạt nhân như các sếp dự tính, bên trong kiện hàng lại là cỗ máy chiến đấu công nghệ cao của bọn Ceph. Lúc này cỗ máy bất ngờ kích hoạt và phóng ra EMP làm Psycho bất tỉnh. Khi tỉnh dậy, anh nhận thấy bản thân đã bị bắt giữ bởi đại tá Lee cùng lính KPA và bị tra tấn dã man. Khi tàu ngầm nổi lên khỏi mặt nước, tất cả mọi thứ xung quanh đều đã bị đông cứng như trở về kỉ băng hà, cùng với đó là việc lũ Ceph tấn công tạo cơ hội để Psycho thoát ra cũng như truy sát đại tá Lee cùng thùng hàng. Trên đường, nhân vật chính gặp Eagle Team, một nhóm sử dụng Nanosuit khác của quân đội Hoa Kì. Họ cùng nhau chiến đấu chống lại các cỗ máy 4 chân khổng lồ (Red Hunter) cho tới khi bị chia tách tại hầm mỏ. Khi tiến tới được trạm tàu hỏa ngầm, Psycho được lệnh phải lên được con tàu chở kiện hàng và giành lấy kiện hành hoặc nếu không thì phải tiêu hủy nó, tránh rơi vào tay KPA. Trên đoàn tàu, Psycho với sự trợ giúp của Sean chiến đấu chống lại quân KPA cũng như binh đoàn Ceph. Đoàn tàu dừng lại giữa cây cầu, nơi mà quân Mỹ có thể lấy được kiện hàng này.

Tuy nhiên, đại tá Lee kịp thời bắt một lính thủy Mỹ làm con tin. Chàng lính trẻ kia cầu xin hãy bỏ mặc anh ta và cho nổ cây cầu để thùng hàng kia không rơi vào tay KPA, nhưng Psycho không thể làm vậy. Vì thế Lee nhanh chóng chiếm được thùng hàng và rời đi trước khi cây cầu nổ tung. Psycho sống sót sau cú rơi từ trên cao khi cây cầu phát nổ, thế nhưng người lính thủy Mỹ kia không may mắn như vậy. Tức giận vì không thể cứu được anh linh đó, Psycho trút giận lên tên lính KPA mặc Nanosuit cạnh đó bằng cách nhấn chìm hắn xuống sông cho tới khi chết đuối. Nhân vật chính lấy lại bĩnh tình và quyết tâm hoàn thành nhiệm vụ đến cùng. Sau đó Psycho tấn công sân bay trên đảo do KPA chiếm đóng. Tại đây, kiện hàng sắp sửa được đưa lên máy bay và chở về để quân KPA có thể nghiên cứu. Psycho chiến đấu chống lại lượng lớn xe thiết giáp và quân lính của KPA nhằm ngăn thùng hàng có thể rời sân bay. Cũng vào lúc này, binh đoàn Ceph tràn vào sân bay thông qua chiến hạm khổng lồ tạo nên chiến trường đầy hỗn loạn, cùng với đó là bọn Red Hunter tham chiến khiến cho mọi thứ càng thêm ác liệt.

Với sự yểm trợ của Sean ở trên không, Psycho được chỉ dẫn tới chiếc máy bay quân sự chở hàng của không quân Hoa Kì bị rơi gần đó. Trong chiếc máy bay chở hàng có chứa PAX (Plasma Accumulator Cannon), loại vũ khí thử nghiệm có sức hủy diệt vô cùng lớn. Với thứ vũ khí này trong tay, nhân vật chính tiêu diệt được Red Hunter cũng như càn quét những kẻ tấn công. Tưởng như Psycho cùng Sean đã chiếm lấy thành công thùng hàng khi cả 2 đưa nó lên máy bay thì đại tá Lee lại xuất hiện với nỗ lực giành lấy nó. Lee chĩa súng vào Sean và định kết liễu anh. Tuy nhiên Lee không biết rằng Psycho đang bật chế độ tàng hình của bộ giáp và đứng đỡ đạn cho Sean. Trong máy bay, Lee và Psycho quyết chiến tay đôi còn Sean cố gắng điều khiển chiếc phi cơ. Psycho đã tận dụng thời cơ chớp nhoáng để hất tung đại tá Lee khỏi máy bay. Lee rơi xuống đường băng, dù sống sót nhưng kết quả không tốt đẹp cho lắm khi chiến hạm khổng lồ cùng binh đoàn Ceph hùng hậu đang tràn lan khắp đảo.

Còn về phía Psycho và Sean, cả 2 bay khỏi vùng chiến với kiện hàng trong khoang máy bay. Sean điều khiển máy bay bay về phía tàu sân bay USS Constitution, còn Psycho ở phía thì ngả lưng ra và thư giãn sau trận chiến dài. Ở cuối game, Psycho cùng Nomad liên lạc với nhau. Psycho hỏi rằng Nomad có ổn không. Thú vị thay Nomad lại đáp lại bằng câu hỏi là Psycho đã vô hiệu hóa được đầu đạn hạt nhân của KPA chưa. Psycho không ngay lập tức đáp lại câu hỏi đó, thay vào đó anh nói vui rằng: "Đúng là Nomad của tôi, luôn luôn đặt nhiệm vụ lên trước tiên".