Tiếp tục cốt truyện của Apsulov: End of Gods, dù vẫn chưa hiểu mục đích của con sói khi làm như vậy nhưng Alice vẫn phải trở về Midgar, Henrik tiếp tục hối thúc cô nhanh chóng gắn chìa khóa rồi xuống tầng hầm gặp ông. Có một thứ thú vị mà ông ta muốn cho cô xem. Sau khi gắn xong chìa khóa thì Alice tìm đến căn phòng quen thuộc của Henrik nhưng bất ngờ bị ông ta xông ra bóp cổ. Alice ngất đi và tỉnh lại trong một kết giới kỳ lạ. Nó bị phong tỏa bởi những vòng tròn có khắc cổ ngữ và có 3 viên ngọc cùng 3 bệ gắn tương ứng. Khi cô lắp chúng vào với nhau thì cái giếng ở giữa kết giới được khởi động. Alice nhảy xuống đó và thoát ra ngoài.
Cô tỉnh lại trên chiếc ghế quen thuộc trong phòng của Henrik còn ông ta liên tục hỏi dồn về việc cô có vào được kết giới đó không, có gặp “spirit” không và có mang theo cánh tay Jarngreipr vào trong đó không. Henrik nói rằng ông tìm ra cách để đưa Alice vào chỗ của con spirit đó bằng cách đưa cô vào tình trạng chết lâm sàn. Ông nghi ngờ rằng đó chính là Loki.
Theo những gì Borr Corp tìm ra thì ngày xưa Loki chơi khăm đánh lừa vị thần mù Hodur phóng mũi lao làm bằng cây tầm gửi vào người đứa em trai Baldur. Mũi lao giết kết kẻ được cho là bất tử khiến Odin và các thần nổi giận. Tuy nhiên thực tế rất khác so với trong thần thoại chép lại, Loki bị trừng phạt nặng nề. Tất cả con cái của Loki đều bị chư thần giết để trả thù còn Loki bị giam cầm vĩnh viễn. Có thể chính vì điều đó nên Loki đã thoát ra khi loài người vô tình mở cửa các thế giới và thừa cơ chui vào trú ngụ bên trong hệ thống máy tính trung tâm.
Alice rất tức giận vì mình suýt bị giết chỉ để chứng minh một giả thuyết của Henrik. Vợ chồng nhà Henrik phải xin lỗi một lúc lâu mới thuyết phục được cô tiếp tục công việc. Sara cho biết mảnh chìa khóa cuối cùng nằm ở đáy của cây thần Yggdrasil, ở một nơi gọi là giếng của trí tuệ và nó được đặt chung với một cổ vật khác là con mắt của Odin. Cả 2 thứ phải được mang về để hoàn tất việc vận hành Apsulov.
Alice được Sara chỉ hướng tìm đến cái rễ dẫn xuống đáy cây thần. Cô bị một con sâu đất khổng lồ tấn công và tỉnh lại bên dưới hệ thống hang đào của nó. Cô mò mẫm ở nơi tăm tối này khá lâu đồng thời phải chạy trốn lũ sâu con hung hãn. Cuối cùng Alice tìm được 2 món cổ vật trong một căn phòng nằm chung trong hệ thống hang đào của con sâu đất và mang nó trở về Midgar.
Sara liên lạc với Alice cho biết đã mất liên lạc với Henrik, tầng của ông ta cũng bị làm mờ khỏi danh sách của thang máy. Có vẻ như spirit đã chiếm được hệ thống điều khiển, giờ đây cách duy nhất là gắn chìa khóa cuối cùng vào Apsulov và khởi động nó để chặn đứng mọi việc. Alice nhanh chóng chạy đến bảng đá gắn mảnh chìa khóa cuối cùng vào, Apsulov khởi động và bắt đầu chạy. Một làn sóng năng lượng bùng nổ đẩy Alice văng vào tường và cô bị đẩy về kết giới lúc bị Henrik bóp cổ hồi trước.
Lần này có thêm sự xuất hiện của spirit hay nói cách khác chính là linh hồn của Loki. Hình dạng của hắn giống hệt như bức tượng có sừng nai ban đầu. Alice dùng con mắt của Odin kích hoạt các quả cầu trước khi lắp chúng vào vị trí dưới sự truy đuổi của Loki. Sau khi lắp xong, kết giới lại mở cửa và cô trở về thể xác của mình tại Midgar.
Lúc này thì Loki chính thức lộ diện chính là Sara. Hắn sử dụng giọng nói giả làm Sara để lừa Henrik và Alice giúp hắn thoát khỏi phong ấn ngàn năm. 9 chiếc chìa khóa kia không phải dùng để đóng Apsulov mà để mở nó ra, liên kết toàn bộ 9 cõi giới của cây thần lại như lúc trước khi nó bị các thần Bắc Âu chia cắt. Với con mắt của Odin trong tay, Loki sẽ nhanh chóng lấy lại sức mạnh và thống trị 9 cõi. Hắn cũng nói rằng mình đã giết Henrik sau khi nói ra sự thật cho ông ta biết là Sara thực ra đã chết ngay từ đầu.
Loki ấn Alice vào một cọc nhọn trên tường, cướp lấy mắt của Odin. Đúng lúc đó con sói lao đến định giải vây cũng bị Loki giết chết. Alice định dùng Jarngreipr bắn Loki thì bị hắn chặn lại và giật đứt cánh tay vứt xuống đất. Hắn nói rằng cô đã thua và không có bất cứ con bài tẩy nào để bật lại được hắn nữa. Hắn bứt đầu Alice ra rồi vứt xuống đất và nói rằng lần này cô sẽ không trở lại kết giới kia được nữa.
Alice tỉnh dậy thấy mình được đưa về Helheim trong một cơ thể mới. Giờ đây cô trở thành một kẻ đã chết và lang thang trong cõi của người chết. Cửa địa ngục bị khóa chặt nên cô và những linh hồn khác không thể bước vào, chịu cảnh kẹt lại ở bên ngoài.
Alice trèo lên vách đá tìm được một rễ cây thần trổ ra ở đó. Cô chui theo đó quay lại Midgar rồi tìm xuống phòng của Henrik. Alice bắt gặp Henrik đang hấp hối với cơ thể bị Loki cắt ra làm đôi. Ông ta nhờ cô đi sang phòng đối diện lấy một viên đá hồn mà ông tìm được từ các cõi khác. Khi đặt tay lên viên đá này cũng là lúc Henrik trút hơi thở cuối cùng. Linh hồn ông ta được truyền vào viên đá và tiếp tục trò chuyện cùng Alice.
Ông hướng dẫn cô nhặt con mắt cấy ghép của mình và trở lên trên nhặt lại cánh tay Jarngreipr. Alice nhìn thấy bản thể cũ của mình bị mất 1 cánh tay và đầu bị chặt xuống đất vẫn còn treo ở đó. Henrik cũng có một phòng phẫu thuật tương tự cái đã tạo ra Alice lúc đầu và ông hướng dẫn cô nằm lên đó để lắp lại các thứ lên người. Chiếc máy phẫu thuật cắt bỏ cánh tay phải của cơ thể mới rồi lắp Jarngreipr trở lại đồng thời gắn con mắt của Henrik vào giúp Alice có lại tầm nhìn mà trước đó Loki đã gắn cho cô.
Theo Henrik, Loki lúc này quá mạnh còn 2 người họ chỉ là người phàm không thể thắng nổi hắn ta. Theo nguồn gốc thì Alice vốn được làm từ mẫu tế bào lấy từ Helheim vì vậy Henrik cho rằng nên tìm về nơi đó hy vọng sẽ có nguồn sức mạnh đủ để đánh bại Loki. Alice nhớ lại rễ cây giúp mình thoát khỏi Helheim lúc nãy nên đi ngược đường trở lại đó và quay lại cõi địa ngục.
Trên đường đi, Henrik giải thích về cái tên của cô. Henrik và Sara vốn có một đứa con gái đặt tên là Alice. Cả hai vùi đầu vào công việc nên ít chăm sóc đứa con này. Khi sự cố xảy ra, Alice gia nhập đoàn người đi sang các cõi giới tìm chìa khóa giúp Henrik khởi động Apsulov nhưng cô đã mất tích không trở về được nữa. Henrik tìm thấy Alice ở Helheim ban đầu tưởng rằng đó là con gái mình nhưng sau đó nhận ra là không phải nhưng khi phục hồi thanh quản cho cô, ông cố ý chỉnh sửa để giọng nói của cô cho giống với Alice.
Tại Helheim, Henrik dựa theo kiến thức của mình về thần thoại Bắc Âu đã chỉ cho Alice cách mở cửa địa ngục là hiến tế 9 linh hồn. Alice liền dùng Jarngreipr của mình bắn chết các con quỷ nhện vốn là linh hồn tội lỗi của con người bị đày xuống địa ngục. Sau khi tiêu diệt đủ 9 con, họ dùng các linh hồn này mở cửa đi vào tòa thành chính của Helheim, nơi con gái của Loki là Hel từng là thần cai quản.
Alice tìm được xác của Hel với chiếc lưỡi hái vẫn còn ánh lên nguồn sáng tím đầy thu hút. Điều này chứng thực việc các thần trả thù Loki sau khi hắn chơi khăm làm chết Baldur. Hel đã bị giết rồi bỏ xác lại đây, Borr Corp sau đó đã thu thập mẫu tế bào từ cái xác này để tạo ra Alice. Còn Loki thì bị nhốt trong kết giới, bị đóng một chiếc mặt nạ dính mãi mãi lên mặt khiến hắn không còn biến hình lừa đảo ai được nữa. Thân xác của hắn bị cho nhỏ axit từ từ khiến nó bị thối rữa chỉ còn lại bộ xương.
Alice sử dụng Jarngreipr hút lấy phần năng lượng trong chiếc lưỡi hái của Hel. Henrik tỏ ra kinh ngạc vì người bình thường không thể hút được sức mạnh của thần. Trừ khi phần ADN lấy từ Hel tồn tại trong người của Alice khiến cô trở thành một á thần, một người mang dòng máu lai giữa thần và người. Điều đó cũng có nghĩa là Alice hoàn toàn có đủ sức mạnh để đánh bại Loki. Năng lượng Etrium từ Mjolnir của Thor kết hợp với năng lượng từ lưỡi hái của Hel tạo ra một loại năng lượng phối hợp cực kỳ mạnh mẽ. Nó khiến Jarngreipr trở thành một vũ khí thần mới.
Alice trở về Midgar đến tượng Apsulov tìm Loki. Hắn vẫn còn tự tin cho đến khi bị một phát bắn từ Jarngreipr. Nhận ra mình đang bị tấn công bởi một sức mạnh cực lớn có dấu ấn của đứa con gái Hel, Loki vừa vui mừng lại vừa phải bỏ chạy. Hắn đã nỗ lực “dựng” lại đứa con gái đã chết từ lúc thâm nhập vào hệ thống của Borr Corp. Alice từ đầu được tạo ra vì mục đích đó nhưng ADN của Hel vẫn không đủ vì nó không thể kích lại ký ức cũng như hồi sinh cô ta trên cơ thể mới. Nhưng giờ đây Loki đã tìm ra một Alice mang đầy đủ sức mạnh của thần lại có dòng máu lẫn sức mạnh của Hel trong người.
Alice đuổi theo Loki chạy dọc khu thí nghiệm rộng lớn và bắn thêm vài phát đến khi hắn gục xuống. Loki trước khi sụp đổ đã kịp ra một đòn chém trúng Alice. Một lần nữa cô bị đưa xuống Helheim nhưng với đầy đủ trang bị và Loki đón sẵn bên dưới. Hắn biến thành dạng quái vật tiếp tục chiến đấu nhưng lại bị Alice hạ gục. Không còn sức chống cự, Loki đưa ra một đề nghị là hãy tha chết cho hắn. Đổi lại cả 2 sẽ chinh phục 9 cõi và chia đôi quyền cai trụ vũ trụ. Hắn cũng hứa sẽ tuyệt đối không đụng đến cô. Henrik thì liên tục khuyên Alice đừng nghe những lời dụ dỗ xảo trá của hắn, Loki vốn là thần lừa gạt nên không thể tin được.
Hai phần kết đầy gợi mở
Phần kết của game sẽ được quyết định dựa trên việc Alice tha hay giết Loki.
Phần kết độc tôn vũ trụ: Alice giết chết Loki theo lời Henrik. Cô bước vào lâu đài địa ngục và cai quản Helheim. Henrik nói rằng Loki phá bỏ bức tường khiến 9 cõi hòa làm 1, nhân loại sẽ phải chống đỡ với những kẻ đến từ cõi khác nhưng sẽ sống sót. Bản thân ông đã trả thù xong coi như không còn gì luyến tiếc. Chỉ còn Alice, cô không rõ tương lai của mình thế nào nhưng có thể cô sẽ làm gì đó. Khi mà 9 cõi hòa làm 1 mà cô là người mang sức mạnh của thần hiếm hoi còn sống, việc bình định tất cả lấy lại hòa bình cũng có thể suy xét.
Từ đây chúng ta có thể thấy Alice bắt đầu kế hoạch chinh phạt 9 cõi và làm thần tối cao thay thế cho các cựu thần.
Phần kết hợp tác cùng Loki: Alice tha chết cho Loki, hắn lập tức giật lấy viên đá hồn của Henrik và bóp nát giết chết ông ta ngay lập tức. Loki liền mở một cổng dịch chuyển và nắm tay Alice kéo vào. Hắn nói rằng hãy đi cùng hắn, có rất nhiều thứ để giải thích về thế giới này. Hai người họ bắt đầu kế hoạch chinh phạt 9 cõi.
Trong bóng tối có một giọng nữ gọi cha của cô dậy, cô nói rằng cõi Helheim đang trỗi dậy mạnh mẽ. Người cha giọng ngáy ngủ nói rằng bọn đó lại thức dậy rồi, chờ ông ta đi lấy cái búa rồi sẽ cùng nhau quay lại Helheim một lần nữa. Đó chính là Thor và đứa con gái Thrud của mình. Ông ta sẽ xuống cõi của người chết để trừng phạt đứa em Loki một lần nữa.