Càng văn minh hiện đại thì con người càng ít tin vào phép thuật và thần thánh. Đó là nhờ tiến bộ khoa học, con người hiểu hơn về thế giới và giải thích được nhiều hiện tượng mà trước đây được gán cho thần vì chưa hiểu tới. Ví dụ như hô mưa gọi gió, sấm sét thiên tai… Đồng thời cũng nhờ khoa học giúp con người đạt được nhiều sức mạnh mới khiến con người tự tin rằng có thể mạnh ngang với thần thánh trong truyền thuyết.
Chính vì vậy kịch bản các thần cổ xưa sống lại và làm loạn ở thời hiện đại là một bối cảnh hấp dẫn được nhiều game và phim khai thác. Apsulov: End of Gods khai thác một chủ đề còn khó hơn, đó là nói về các thần Bắc Âu trong một thảm họa của thời tương lai gần.
Câu chuyện bắt đầu vào khoảng năm 2027, một cô gái tỉnh lại thấy mình đang nằm trên bàn mổ với các thiết bị phẫu thuật bằng máy kỳ lạ. Xa phía trên trần là những khuôn mặt bằng đá phát ra tiếng nói. Họ bình phẩm từng cử động của cô như người ta quan sát một con chuột thí nghiệm.
Cô gái bước xuống khỏi chiếc bàn đá cũng là bàn phẫu thuật của mình nhưng nhanh chóng khụy xuống vì đôi chân chưa có lực. Cô giống như một người vừa thoát khỏi trạng thái hôn mê dài ngày, cơ bắp hoàn toàn mất cảm giác, thậm chí cổ họng cũng khàn đi khi nói. Giọng nói bí ẩn đánh giá cô vẫn còn yếu, cổ họng chưa thông hẳn nên khả năng nói tạm thời chưa ổn định.
Giọng nói kia hướng dẫn cô làm vài việc cơ bản rồi cấy thêm một thứ gì đó vào đầu cô gái. Từ đây, cô có một khả năng thấu thị có thể nhìn thấy được những vật bị ẩn giấu hay nhìn xuyên bóng đêm ở một phạm vi hẹp. Giọng nói kia bảo rằng cho cô một tầm nhìn “như chúng tôi” ngầm ẩn ý họ là một dạng thần thánh cao cấp khác với loài người.
Cô gái trong tình trạng hoang mang nên luôn cố hỏi điều gì đang xảy ra trong khi giọng nói kia luôn tỏ vẻ trịch thượng. Cuối cùng khi cô được chọn một cung mệnh, cô đã chọn đúng cái mà giọng nói kia không thích. Nó quá mệt vì sự thất bại nên gào lên rằng tại sao cô không nhớ nổi lý lịch của mình, cô lại là một thí nghiệm phí công vô ích. Nó bảo rằng cô hãy ở yên đó để nó tiếp tục chỉnh sửa cho cô.
Lo sợ giọng nói kia lại mổ phanh mình ra mà cắt xẻo nên cô gái liền tìm đường chạy trốn. Cô tìm được công tắc mở lối thông gió rồi nhảy vào đó trốn đi. Bên trong lối thông gió là một máy ghi âm của một người tên Henrik Andersson, ông ta gọi cô là Alice và nhắn rằng có đánh dấu sẵn các vị trí để dẫn cô chạy thoát khỏi tay của kẻ mà hắn gọi là “spirit” kia.
Alice tiếp tục mò mẫm trong khu nhà máy rộng lớn có vẻ như thuộc về tập đoàn có tên Borr Corp. Nơi này đã bị bỏ hoang, một số chỗ bị hư hỏng và xuất hiện những người bí ẩn trần truồng đeo mặt nạ hình sọ nai. Bọn họ đuổi theo và tấn công cô ráo riết nhưng thỉnh thoảng lại bỏ mặt nạ ra và ngồi khóc rấm rứt như người điên. Giọng nói kỳ lạ kia cũng phát hiện cô bỏ trốn và sau đó nó còn ra lệnh cho một con sói khổng lồ đi tìm cô. Hình ảnh đại diện của nó là một hình người trông như làm từ những thanh gỗ khô đeo một chiếc mặt nạ và có sừng như sừng nai.
Trong các phòng nghiên cứu bị bỏ lại, Alice tìm ra một số tư liệu về việc Borr Corp tìm được đường lên 9 cõi của thần thoại Bắc Âu. Một số bảng đá cổ mang về từ Svartalfheim phát ra một làn sóng năng lượng cực mạnh và kỳ lạ. Cô cũng tìm ra một căn phòng chứa nhiều tấm khiên cổ mà theo tư liệu để lại thì đó là khiên của các Valkyrie. Một số cửa khóa bằng vân tay nên Alice nghĩ ra cách nhặt một bàn tay của xác chết gần đó mở cửa. Thật bất ngờ là cửa mở, điều đó cho thấy người bị sát hại một cách ghê rợn kia là một nhân viên nghiên cứu của Borr Corp.
Trong một căn phòng, Alice tìm được một mớ rễ cây khổng lồ và một trong số rễ bị bóc tung ra tạo thành một đường hầm. Khi chui qua đó cô bị đưa sang một thế giới khác đầy tối tăm. Những xác người tự dưng mọc chân biến thành những con nhện và đuổi theo cô ráo riết. Chúng tóm được Alice, đè cô xuống đất rồi xé đứt cánh tay phải, chuẩn bị ăn thịt. Một người đàn ông bất ngờ xông ra xua bọn nhện quái vật đi rồi nhanh chóng kéo cô về một nơi nào đó.
Alice tỉnh lại thấy mình đang ngồi trên một chiếc ghế, phía trước cô là một người đàn ông với 1 bên mắt tỏa sáng lân tinh như người máy. Ông ta nói rằng mình chỉ trễ 5 giây nữa là cô đã chết. Mặc dù cô bị thương nhưng ông ta sẽ giúp cô nâng cấp khả năng của mình cao hơn nữa. Ông đã gắn cho cô một cánh tay máy với những cổ ngữ được chạm khắc và ánh sáng xanh phát ra từ nó trông cực kỳ ảo diệu.
Ông ta nói rằng món cấy ghép này sẽ dần làm quen và sẽ không quá khó để thích nghi với nó, ông ta cũng khoe rằng con mắt của mình cũng là một món cấy ghép như vậy. Alice lại tiếp tục rơi vào giấc ngủ vì thuốc mê để phẫu thuật gắn cánh tay vẫn chưa tan hết.
Alice tỉnh lại và nghe được người đàn ông đang trò chuyện với một phụ nữ khác qua điện đàm. Họ nói gì đó về việc tìm ra cô và ông ta nói rằng cô không phải loài người nhưng ông đã sửa giọng cô cho giống một ai đó. Người phụ nữ cũng kinh ngạc khi nghe giọng nói của Alice và thừa nhận rằng chính là giọng nói này.
Người đàn ông tự giới thiệu mình là Henrik Andersson, CEO của Borr Corp và cũng chính là người để lại lời nhắn giúp cô trốn thoát. Người phụ nữ kia là Sara, vợ của ông đang ở trên mặt đất. Ông và Alice bị kẹt ở dưới hầm của khu nghiên cứu sau khi sự cố xảy ra. Sự cố này chính là việc Borr Corp tìm ra và nghiên cứu về cây thần Yggdrasil. Từ đó họ tìm ra cách chui qua rễ cây tới các cõi khác trong thần thoại Bắc Âu và mang về rất nhiều cổ vật. Tuy nhiên một sự cố xảy ra và cây thần liên tục vươn dài rễ của nó xâm chiếm mặt đất tạo ra hỗn loạn lớn.
Henrik giải thích rằng cánh tay ghép cho Alice có tên là Jarngreipr, một công nghệ được tìm ra bởi tri thức cổ đại chạy bằng năng lượng Eitrium được ông phục dựng dựa trên khoa học hiện đại. Nó có khả năng scan dấu vân tay và bắt chước lại giúp cô mở các cửa bảo mật với chỉ 1 lần scan dấu tay của người có quyền truy cập. Ngoài ra nó còn có thể bắn ra sóng năng lượng khi nén các pin năng lượng của nó để gây sát thương hoặc phá khóa điện mở các cửa.
Alice được hướng dẫn đến một rễ cây khác và từ đó cô được đưa sang Niflheim. Borr Corp đã dựng một trạm thám hiểm và nghiên cứu trên cõi băng giá này, họ tìm được một thứ gọi là “chìa khóa”. Henrik cần nó và nhờ Alice tìm về cho ông ta. Alice tìm được nó cùng với xác của người quản lý của trạm, họ đã tìm được chìa khóa nhưng bị kẹt lại không thể về được rồi chết tại đây. Trong cõi này còn có những người khổng lồ cực kỳ to lớn và bọn họ cũng đang săn lùng những kẻ xâm nhập.
Alice thoát trở về thế giới loài người là Midgar an toàn. Henrik hối thúc cô mang mẫu chìa khóa về cho ông trong khi ông rất bận rộn và né tránh mọi câu hỏi của Alice về chuyện gì xảy ra cũng như quá khứ của cô là gì. Henrik hướng dẫn cô về vị trí của mình ở tầng hầm, trên đường đi cô sẽ đi qua một nơi gọi là trung tâm nghiên cứu Apsulov.
Alice nhận thấy nơi này là một căn phòng lớn cao nhiều tầng, chính giữa là một pho tượng khổng lồ hình thù kỳ lạ. Henrik vui mừng khi cầm trong tay chiếc chìa khóa hình đầu sọ, ông ta bảo rằng sẽ kiểm tra nó trước khi sử dụng và đây là món đồ quan trọng giúp ông ta thực hiện kế hoạch cứu lấy nhân loại.
Henrik nói rằng cả ông lẫn Alice đều không biết cô là ai, muốn tìm ra thì họ phải kết nối lại được với trung tâm dữ liệu của Borr Corp vốn bị đứt kết nối từ khi thảm họa xảy ra. Henrik sau nhiều lần đi xuyên các thế giới thì cơ thể đã bị suy yếu nghiêm trọng khiến ông không thể hoạt động bên ngoài được nữa nên Alice là hy vọng cuối cùng của ông.
Henrik hướng dẫn Alice đi vòng qua khu nghiên cứu y tế rồi đến trung tâm dữ liệu để khởi động lại kết nối. Trên đường đi, Alice tìm thấy một trung tâm thí nghiệm chứa một cây búa khổng lồ có khắc cổ ngữ rune trên thân. Đó chính là búa thần Mjolnir và Eitrium chính là năng lượng lấy ra từ chiếc búa này. Alice cũng được Henrik giải thích rằng cô đã được sinh ra từ một mẫu tế bào mà Borr Corp tìm được ở Helheim. Đặc biệt hơn là con sói khổng lồ cũng được tạo ra từ cùng mẫu tế bào nên nó phát triển một mối liên kết huyết thống với cô như anh em ruột.
Tuy nhiên Alice như một cái hố không đáy, tiếp tục nảy sinh nhiều câu hỏi nữa khiến Henrik và Sara phải dừng giải thích vì không còn thời gian. Sau khi Alice quay về, Henrik giải thích thêm về tình hình hiện tại. Ông vốn là một nhà khoa học có ước mơ tìm hiểu về thần thoại Bắc Âu. Ông đã dựng lên Borr Corp rồi từ đó nghiên cứu và tìm ra cây thần Yggdrasil. Khai thác các rễ cây Borr Corp tìm ra các cõi khác ngoài Midgar (trái đất).
Các đoàn thám hiểm mang về rất nhiều cổ vật và họ tìm ra rất nhiều công nghệ cực kỳ tinh xảo có thể giúp văn minh nhân loại nhảy vọt. Tuy nhiên họ cũng mang về một thảm họa. Một cái gì đó đã xâm nhập vào hệ thống máy tính của họ rồi bắt đầu làm loạn. Nó tạo ra sự hủy diệt và cô lập Henrik ở dưới khu thí nghiệm này. Cách duy nhất để ngăn chặn nó là bức tượng Apsulov, cổ vật cuối cùng của các thần để lại.
Nó đóng vai trò là vách ngăn giữa các thế giới, nếu họ tìm đủ 9 chìa khóa để khởi động lại, vách ngăn sẽ được khôi phục và các rễ cây sẽ rút khỏi trái đất kéo theo sự hủy diệt bị chặn đứng. Khi Alice hỏi về cái tên ông đặt cho cô thì Henrik bất chợt nổi giận rồi ra lệnh cho Alice mang chiếc chìa khóa cô vừa tìm được đi gắn lên bảng đá của Apsulov rồi tìm những chìa khác.
Alice mang chiếc đầu sọ chìa khóa đến gắn lên bảng đá, cô nhận thấy đã có 6 chìa khác được gắn sẵn trên đó. Cộng thêm cái cô vừa gắn là 7 nên họ chỉ còn thiếu 2 chìa nữa thôi. Sara liên lạc riêng với Alice và xin cô tha lỗi cho sự nóng nảy của Henrik. Bà ta nói rằng chiếc chìa khóa kế tiếp nằm ở một phần khác của Niflheim, trên đỉnh một ngọn núi.
Alice tiếp tục đi vào một khu vực khác của khu thí nghiệm khổng lồ để tìm phần rễ cây dẫn đến nơi sẽ nhặt chiếc chìa khóa. Phía bên kia là một trạm thám hiểm khác đặt tại Niflheim. Alice phải luồn lách qua sự tìm kiếm của những người khổng lồ dần dần trèo đường mòn lên đỉnh núi để nhặt chiếc chìa khóa. Nhưng không may sau khi cô vừa nhặt xong thì bị đám khổng lồ phát hiện, chúng gạt tay đẩy cô rơi khỏi đỉnh núi xuống đất. Con sói khổng lồ bất ngờ nhảy ra túm lấy cô chạy thẳng về phía cửa trở về Midgar rồi bỏ cô lại đó. Câu chuyện tiếp theo của Apsulov sẽ diễn biến thế nào, hãy xem phần cuối để biết thêm chi tiết.