Nhắc lại phần trước, Bill Rizer biết được sự thật về những quái vật ngoài hành tinh (Alien) liên tục xâm chiếm Trái Đất, lý do vì sao anh luôn phải chiến đấu với chúng. Đại Chính Quyền Thế Giới, với những việc làm điên rồ của mình đã hủy diệt 80% dân số thế giới chỉ để che đậy lòng tham muốn chiếm hữu cổ vật ngoài hành tinh. Tuy nhiên, khi Bill Rizer cùng đồng sự, người máy sinh hóa Lucia đang trên đường trở về thì bị bắt nhốt bởi Đại Chính Quyền Thế Giới, vĩnh viễn bị giam giữ trong nhà tù tinh thể. Những diễn biến tiếp theo hé lộ hàng loạt sự thật trong tựa game Neo Contra ra mắt năm 2004 trên hệ máy PlayStation 2.
Contra không hẳn chỉ là một trò chơi thẳng đuột từ đầu đến cuối, nơi bạn bắn bỏ hết các màn rồi "phá đảo", mà đằng sau đó là một cốt truyện phức tạp.
Bối cảnh diễn ra vào 2000 năm sau “Shattered Soldier”, lúc này Bill vẫn đang bị giam giữ trong nhà tù tinh thể. Thế giới bước vào thời kỳ đại khủng hoảng khi Trái Đất trở thành một “hành tinh tù nhân”, nơi trú ngụ của các tổ chức tội phạm khét tiếng. Bạo loạn xảy ra ở khắp mọi nơi, trong khi Đại Chính Quyền Thế Giới không mấy quan tâm đến việc ổn định trật tự.
Lúc này, một tổ chức tội phạm với tên gọi “Neo Contra” nổi lên, đe dọa lật đổ chính quyền để thống trị thế giới. Với 4 chiến binh huyền thoại được gọi là Four Elite, tổ chức này đã tiến hành thâu tóm nhiều khu vực trọng yếu. Bốn chiến binh của nhóm Four Elite bao gồm Guerilla Contra, Plant Contra, Pheromone Contra và Animal Contra. Đứng đầu tổ chức này là kẻ có tên gọi Master Contra.
Bill Rizer đồng hành cùng người bạn mới
Đại Chính Quyền Thế Giới một lần nữa buộc phải giải phóng Bill Rizer, với điều kiện anh phải đánh bại tổ chức Neo Contra. Đồng hành cùng Bill lần này là Genbei "Jaguar" Yagyu, một chiến binh Samurai. Cả hai tiến vào sào huyệt Neo Contra, chiến đấu lần lượt với từng thành viên của nhóm Four Elite. Bill nhận ra Pheromone chính là Lucia, người máy nữ từng đồng hành với anh 2000 năm trước. Ngoài ra, họ còn giáp mặt một chiến binh bí ẩn với tên gọi Mysterious G, người tỏ ra rất quen biết Bill nhưng không hề tiết lộ danh tính.
Lucia lại chính là Pheromone Contra
Bill và Jaguar lần lượt đánh bại 4 chiến binh và tiến vào sào huyệt giáp mặt với trùm cuối: Master Contra. Thật bất ngờ, kẻ đó không ai khác, lại là… Bill Rizer. Nói cách khác, đó là trí óc của Bill lai tạo với một cơ thể máy móc. Bill Rizer "trùm cuối" nói rằng Bill hiện tại thực chất chỉ là một bản sao của chiến binh huyền thoại 2000 năm trước, còn Bill thực sự là kẻ phản diện này, đã thoát ra và thành lập nên tổ chức Neo Contra, với mục đích hủy diệt toàn nhân loại, bởi tất cả những hiểm họa cho thế giới mà con người đã làm.
Trùm cuối lại chính là Bill Rizer
Bill Rizer và Jaguar bị Master Contra nhốt vào một trường điện từ và định hủy diệt cả hai. Tuy nhiên vào giờ khắc sinh tử, Mysterious G xuất hiện, ngăn chặn Master Contra, cứu sống Bill và Jaguar. Việc này khiến G tử thương, còn Master Contra bỏ trốn lên quỹ đạo của Trái Đất. Trong giây phút hấp hối, Mysterious G nói rằng mình đã từng là một chiến binh Contra giống như Bill.
Bill và Jaguar đuổi theo Master Contra lên quỹ đạo. Họ khám phá ra rằng “Neo Contra” thực chất chỉ là một phần của “Project C”, kế hoạch hủy diệt thế giới, với vũ khí hủy diệt được đặt trên quỹ đạo. Master Contra cũng không phải là Bill Rizer, hắn chỉ là một sinh vật nửa người nửa máy, được tạo ra với DNA của Bill Rizer huyền thoại, người đã chết từ 2000 năm trước.
Master Contra chỉ là một cỗ máy mà thôi
Sau khi đã biết được toàn bộ sự thật, Bill Rizer tiêu diệt Master Contra, phá hủy vũ khí hủy diệt nhân loại và quay trở về. Vậy là cuối cùng, cả hai anh hùng trong tựa game Contra ngày xưa đều đã hi sinh. Bill Rizer hiện tại chỉ là một bản sao mà thôi, còn Lance Bean, nhiều người cho rằng anh ta chính là Mysterious G, dựa vào chi tiết anh ta từng là một chiến binh Contra, tuy nhiên Konami chưa từng xác nhận điều này.
Tới đây, cốt truyện chính của dòng game huyền thoại đã kết thúc. Konami không còn viết thêm một cốt truyện chính tuyến nào nữa mà chỉ còn một vài dự án làm lại, làm mới trên nhiều hệ máy khác nhau như Nintendo DS, Wii, điện thoại…
Trong cốt truyện mới, Bill và Jaguar thành lập tổ chức “Contra” mới với những thành viên mới, nhưng đó là một câu chuyện khác mà tôi hi vọng sẽ có dịp kể cho các bạn nghe vào một dịp nào đó.