Câu chuyện trong Death Mark bắt đầu với cảnh hai nữ sinh trung học đang đi về nhà. Vừa đi, họ vừa trò chuyện về những sự kiện bí ẩn đang diễn ra tại thành phố trong thời gian gần đây. Nổi bật nhất là những vụ mất tích và giết người hàng loạt, điển hình như việc một nữ giáo viên tên Yamaguchi đột nhiên biến mất và chỉ còn lại một cánh tay đầy máu của cô ở trên bàn, điểm chung của những vụ mất tích là nạn nhân đều có một vết sẹo hình răng chó trên cơ thể.
Nhân vật chính đi ngang qua hai nữ sinh cũng tình cờ nghe được cuộc trò chuyện của họ nhưng anh không quan tâm vì cho rằng đó là những câu chuyện bịa đặt hoang đường. Thế rồi ký ức của anh cứ mờ dần, đến khi tỉnh dậy, anh nhận ra mình đang đứng trước một ngôi biệt thự khổng lồ. Nơi đây chính là biệt thự của Saya Kujou, một chuyên gia trong việc chữa trị linh hồn, và ký ức mơ hồ của nhân vật chính mách bảo rằng anh đến đây tìm Kujou để nhờ vả điều gì đó.