Cốt truyện Silent Hill: Downpour bắt đầu khi Murphy Pendleton, một phạm nhân tại nhà tù liên bang được viên sĩ quan George Sewell dẫn tới khu nhà tắm, đồng thời chuẩn bị sẵn con dao cho Murphy tại đó. Trong nhà tắm, khi một tù nhân khác tên Patrick Napier bước vào và thấy Murphy đợi sẵn ông ta ở đó với con dao trong tay. Patrick băn khoăn không biết Murphy muốn gì thì Murphy chỉ trả lời rằng Patrick không nhớ họ từng là hàng xóm hay sao rồi xông vào tấn công. Không có gì để tự vệ trong tay, Patrick bị Murphy hành hung vô cùng dã man và dường như đã chết. Sau đó không lâu, dường như đã có vụ bạo động trong nhà tù, Murphy cùng một số phạm nhân khác được chuyển tới khu biệt giam mới với an ninh ở mức tối đa bằng xe buýt. Trong chuyến áp giải, nữ sĩ quan Anne Marie Cunningham có vẻ khá chú ý tới Murphy vì lí do nào đó, cô ta cũng đồng thời cũng ở trên xe buýt để giám sát. Khi xe buýt chở phạm nhân đi ngang qua khu phía đông của Silent Hill, bỗng trên đường xuất hiện vực thẳm khiến tài xế lao xe xuống đồi. Murphy tỉnh dậy sau vụ tai nạn, không thấy ai quanh đó nên quyết định thoát khỏi đây. Anh tình cờ chạm trán với Anne trong rừng.
Trong lúc tìm cách khống chế Murphy, Anne trượt chân và tưởng như sắp ngã xuống vực. Murphy có lựa chọn hoặc tìm cách giúp Anne hoặc mặc kệ cô, dù chọn gì thì Anne cũng sẽ rơi xuống vực sâu. Murphy tiếp tục đi sâu vào ngoại ô Silent Hill. Anh bắt gặp người đưa thư bí ẩn tên Howard Blackwood. Người đưa thư này khuyên Murphy nên dùng cáp treo để ra khỏi thị trấn. Trong lúc trò chuyện, Murphy để ý thấy hình bóng ai đó ngồi xe lăn theo dõi anh từ trong ngôi nhà gần đó. Thế nhưng khi chỉ cho Howard xem thì người ngồi xe lăn này biến mất. Howard tiếp tục làm việc của mình, để Murphy ở lại đó trong sự bối rối. Murphy vào trong nhà ăn gần đó, tại đây anh bị đưa vào Otherworld rồi bị một thực thể giống hố đen tên là Void bám đuổi. Sau màn rượt đuổi quyết liệt với thực thể bí ẩn trên, Murphy được đưa trở lại thế giới bình thường. Tiếp tục lên đường, Murphy bắt gặp cảnh Sanchez, tay phạm nhân khác trên buýt trông như đang tấn công một người phụ nữ. Murphy lao vào can ngăn để rồi nhận ra “người phụ nữ” kia thực chất là con quái vật Screamer. Tận dụng cơ hội, nó giết Sanchez và quay ra tấn công Murphy, buộc anh chống trả.
Một lúc sau, Murphy tìm thấy bộ quần áo để thay, đi kèm với đó phù hiệu cảnh sát, chiếc phù hiệu này gắn băng đen cho thấy rằng chủ nhân của nó đã qua đời. Thay quần áo xong, Murphy dùng cáp treo để tới khu mỏ Devil’s Pit. Tại Devil’s Pit, Murphy gặp John JP Sater, hướng dẫn viên du lịch của khu vực này. JP bảo với Murphy rằng có thể dùng đường ray trong mỏ để đi vào thị trấn. Trong khu vực này, Murphy tìm đọc được một số bài báo về vụ tai nạn tại đây khiến 8 trẻ em thiệt mạng, nguyên nhân là do JP đã say xỉn trong lúc làm việc. Một lúc sau, Murphy bắt gặp JP đang có ý định tự sát vì không thể sống với những gì đã xảy ra. Murphy có lựa chọn hoặc khuyên ngăn JP hoặc khiêu khích JP nhưng lựa chọn gì thì JP cũng tự sát. Trong lúc di chuyển bằng xe điện trên đường ray, Murphy bị bao vây bởi lượng lớn quái vật và bất tỉnh. Lúc tỉnh lại, Murphy thấy rằng mình đã ở bến đỗ ngay sát lối ra. Đột nhiên anh lại chạm trán với Anne lần nữa. Mặc cho đề nghị của Murphy là cùng nhau thoát khỏi đây, Anne cố bắt giữ Murphy một cách quyết liệt. Trong lúc khám người, nữ sĩ quan phát hiện ra chiếc phù hiệu gắn băng đen mà Murphy tìm thấy trước đó.
Dường như biết được chủ nhân của chiếc phù hiệu, Anne vô cùng tức giận và định bắn chết Murphy nhưng cô lại không thể và rồi gục xuống khóc. Cô xua đuổi Murphy và anh cũng không chần chừ ở lại làm gì. Vào được trong thị trấn Silent Hill, Murphy nhận ra nơi đây tràn ngập quái vật, chúng có xu hướng đông hơn và hung dữ hơn khi trời mưa. Nghe trên radio, Murphy thấy rằng DJ Bobby Ricks, người phát thanh đang “gửi tặng” mình vài bài hát theo yêu cầu, Murphy nghĩ rằng mình nên đi tìm tay DJ này. Anh tiếp tục gặp người đưa thư Howard, ông ta bảo với anh rằng trạm phát thanh nằm tại tòa nhà Centenial, hãy đến đó để tìm DJ trước khi biến mất đầy bí ẩn. Khi đến tòa nhà, bỗng Murphy nhớ lại thời gian trong tù, anh và tay sĩ quan George Sewell đang có cuộc trò chuyện riêng tư, cụ thể là về kế hoạch giúp Murphy giết Patrick Napier, nạn nhân đầu game. Lúc này một sĩ quan khác tên Frank Coleridge thấy 2 người nên và gọi Murphy ra để hỏi về cuộc trò chuyện với George nhưng anh cố tìm cách lảng tránh. Frank khuyên Murphy nên cẩn thận với George vì tay sĩ quan này “không phải là người đáng tin cậy”. Đồng thời sĩ quan Frank cũng cho biết mình đang có gắng giúp Murphy được ra tù sớm bởi tin rằng anh là người tốt và không đáng bị cầm tù ở đây.
Việc Murphy phải vào tù vì tội lấy cắp xe cảnh sát theo Frank có lẽ là sự hiểu lầm vì người thông mình đứng đắn như Murphy không tự nhiên làm điều đó. Một lúc sau, Murphy tiếp tục có trường đoạn hồi tưởng khác, lúc này là trong văn phòng của tay sĩ quan George Sewell, họ tiếp tục bàn về kế hoạch giết Patrick Napier. George nhấn mạnh rằng Murphy “nợ” hắn và sẽ phải trả ơn khi cần thiết. Đồng thời theo George thì hắn biết rõ Murphy đã “cố tình ăn cắp xe cảnh sát để bị bắt và tống giam”, mục đích là để tiếp cận được Patrick Napier trong tù. Nguyên nhân vì sao Murphy làm vậy lại không được nêu rõ. Sau cảnh hồi tưởng, Murphy gặp được DJ Bobby Ricks, người này tỏ vẻ hoang mang như thể ai đó đang nghe lén hoặc theo dõi anh ta. Theo DJ thì anh ta đã kẹt ở đây và làm việc cho đài phát thanh từ rất rất lâu để chờ đợi sự giúp đỡ. Có vẻ như Murphy cùng những người anh gặp trong thị trấn đều mặc kẹt tại đây trong vòng lặp khép kín (Circle). DJ cho biết anh có cái xuồng máy đỗ ở bến tàu, thế nhưng chìa khóa xuồng bị kẻ nào đó đánh cắp.
Murphy hỏi tại sao không thử hot-wiring (cạy khóa rồi nối dây điện, một cách để khởi động phương tiện cơ giới mà không cần chìa khóa, thường thấy trong phim ảnh) cho tiện, thế nhưng DJ từ chối, nói rằng thị trấn Silent Hill có “luật lệ” của nó, người tham gia phải tuân thủ. Trước khi cả 2 lên đường, bỗng Anne lại xuất hiện đòi bắt giữ Murphy. Đúng lúc này, một nhóm Screamer xuất hiện rồi tấn công cả nhóm, bắt DJ và Anne đi, để lại mình Murphy. Tòa nhà dần chuyển sang Otherworld và thực thể Void lại tiếp tục truy đuổi Murphy. Sau khi chạy thoát khỏi nó, anh bắt gặp Wheelman, con quái vật ngồi xe lăn mà mình nhìn thấy trước đó, đồng thời có vẻ con quái này đã theo dõi anh trong suốt chặng đường. Sau đó, Murphy ngã khỏi tháp đồng hồ và bất tỉnh. Tỉnh dậy trên ghế dài giữa thị trấn, Murphy gặp lại người đưa thư Howard. Ông ta đưa Murphy lá thư từ tu viện St. Maria yêu cầu anh có mặt tại đó. Khó chịu và bối rối, Murphy từ chối lá thư. Nhưng Howard nói rằng “muốn hay không thì anh cũng phải cầm nó” khiến Murphy phải chấp nhận lá thư và lên đường. Murphy tìm đến được tu viện và thấy nơi đây đã khá là hoang tàn và đổ nát. Tại đây có một bà sơ đón tiếp Murphy và nói với anh rằng: “anh là gia đình duy nhất mà chúng tôi có thể tìm ra”. Bà sơ bảo anh đi quanh tu viện và tới nhà xác “khi anh đã sẵn sàng”.
Trong tu viện, Murphy tình cờ gặp cậu bé mà anh cảm thấy rất thân quen ở trong căn phòng bị khóa. Cậu bé từ chối mở cửa cho Murphy vì tin rằng anh là Bogeyman (ông kẹ). Murphy cần chứng minh mình không phải Bogeyman bằng cách đi tìm và thuộc bài thơ mà lũ trẻ mồ côi trong tu viên dùng để xua đuổi Bogeyman. Trong lúc đi tìm các mảnh giấy của bài thơ rải rác trong tu viện, Murphy dần hồi tưởng lại về cái chết của Charlie, con trai anh. Theo đó, Patrick Napier vốn là kẻ ấu dâm đã nhét Charlie vào bao tải rồi thả xuống nước, khiến con trai Murphy chết đuối. Kể từ đó, cuộc đời của Murphy bị hủy hoại, anh mất con và người vợ cũng rồi bỏ anh. Dần dần anh nuôi lòng hận thù, quyết tâm vào tù để tự tay giết Patrick Napier, kẻ đã giết con mình. Với đầy đủ bài thơ trong tay, Murphy quay lại chỗ cậu bé, người mà Murphy cảm thấy như là hiện thân của chính con trai mình. Đúng lúc đến căn phòng đó, Bogeyman xuất hiện phía sau cậu bé, từ từ tiến lại gần. Murphy hoảng hốt la hét, sau đó cố gắng đọc bài thơ với hi vọng nó sẽ đuổi Bogeyman đi. Tuy nhiên Bogeyman giết cậu bé trước khi anh kịp đọc xong bài thơ. Bogeyman biến mất, cánh cửa mở ra, khi Murphy tiến lại gần cái xác cậu bé thì nó dần biến đổi thành xác của Charlie.
Khi đang rất đau buồn vì cái chết của đứa trẻ thì một cô bé xuất hiện. Cô bé nghĩ Murphy là Bogeyman nên bỏ chạy. Sợ rằng cô bé sẽ gặp phải Bogeyman thật trước đó, Murphy liền đuổi theo. Dần dần tu viện biến thành Otherworld, lần này cả Void lẫn Bogeyman bắt đầu truy đuổi Murphy rất quyết liệt. Cuối cùng Murphy trở lại thế giới thực và đến nhà xác như bà sơ đã yêu cầu. Bà sơ đưa Murphy tới cái xác được đắp vải liệm với hàm ý đây là người thân quen của anh. Murphy nghĩ rằng có gì đó đã sai sót vì chính tay anh chôn cất con mình nhiều năm trước, nhưng bà sơ đáp rằng mỗi người đau khổ theo cách riêng rồi kéo tấm vải phủ xuống. Đó lại là xác của con quái vật Bogeyman. Murphy tức giận nói rằng đây là kẻ sát nhân, không đời nào anh lại quen biết thứ kinh tởm như vậy. Nhưng bà sơ khẳng định rằng anh phải chấp nhận nó như chính anh, anh đã tự vạch ra lối đi cho cuộc đời của mình với ham muốn trả thù. Dù chấp nhận sự thật rằng việc giết Patrick Napier không giải quyết được gì, thế nhưng anh vẫn cố gắng hợp lí hóa hành động của mình.
Bà xơ liền cho Murphy biết câu trả lời nằm ngay trước mắt anh nếu anh nhìn vào nó. Bỗng Murphy để ý thấy chiếc chìa khóa của xuồng máy mà DJ nhắc đến đang đeo trên cổ Bogeyman. Sự tự do, thoát khỏi thị trấn ma quỷ ngay ở trước mắt Murphy, nhưng theo bà sơ thì anh phải chấp nhận mới có thể thoát ra được. Murphy chạm vào chiếc chìa khóa thì bỗng nhiên Bogeyman bật dậy tấn công. Cả 2 bị dịch chuyển tới bờ hồ, tương tự như nơi Murphy tìm thấy con mình chết đuối. Thế là 2 bên quyết chiến, Murphy chiến thắng Bogeyman khi lấy chính cái búa tạ của con quái để hạ gục nó. Sau đó Murphy được đưa trở lại hiện thực. Giờ đây, Bogeyman nằm trên cáng lúc trước hiện nguyên hình chính là Patrick Napier. Charlie thoáng hiện ra và chúc mừng cha mình vì đã chiến thắng được Bogeyman. Murphy đáp lại rằng điều đó cũng không giúp thay đổi được gì nhưng Charlie động viên bố mình, nói rằng đó không phải lỗi của anh. Murphy quay ra xác của Patrick, xin lỗi hắn vì những gì anh đã làm. Với chìa khóa xuồng máy trong tay, Murphy tìm cách thoát khỏi Silent Hill.
Đột nhiên giữa làn sương mù, theo cách nào đó Anne Cunningham lại xuất hiện sau lưng anh. Với khẩu súng chĩa vào đầu Murphy, nữ sĩ quan yêu cầu anh quay xuồng trở lại thị trấn. Theo Anne thì Silent Hill đã cho cô ấy thấy nhiều thứ, thị trấn này hiểu rõ cô và cô sẽ không để 2 người thoát khỏi đây khi mà mối ràng buộc giữa Anne và Murphy chưa kết thúc. Murphy nhất quyết không quay lại và còn thách thức Anne bắn anh. Vậy là Anne bóp cò. Murphy tỉnh dậy trong phòng giam của nhà tù Overlook Penitentiary thuộc Silent Hill, nhà tù này có vẻ khá tương đồng với nhà tù Ryall của Murphy trước đó. Bên ngoài buồng giam, Wheelman theo dõi Murphy rồi bỏ đi. Cửa phòng giam mở ra cho phép Murphy đi lại tự do trong nhà tù. Murphy tìm thấy một mảnh giấy ghi rằng anh cần gặp ai đó tại phòng tắm. Khi tới phòng tắm, Murphy thấy đây hiện trường vụ án với một vũng máu lớn, một vật thể sắc nhọn (prison shank), cùng phù hiệu cảnh sát với băng đen (cho thấy người đeo nó đã qua đời) và túi chứa bằng chứng thu thập hiện trường.
Sau đó anh tiếp tục bị đưa vào Otherworld và bị Void cùng nhiều kẻ thù khác bám đuổi. Cuối cùng, Murphy gặp được con boss Wheelman (vốn là thứ đeo bám Murphy suốt từ đầu game). Tại đây Murphy hạ gục Wheelman bằng cách rút ống thở của nó, khiến cho Wheelman không thể tiếp tục duy trì sự sống. Sau khi hạ được Wheelman, Murphy và cái xác của con quái vật bị chuyển tới nhà tắm. Anne xuất hiện và chĩa súng vào Murphy, nói rằng anh vừa gây ra chuyện gì thế này. Murphy quay lại nhìn lại cái xác của Wheelman thì phát hiện nó đã hiện nguyên hình thành xác của chính sĩ quan Frank Coleridge, kẻ duy nhất trong tù tin rằng Murphy vẫn là người tốt đồng thời còn tìm cách giúp anh minh oan. Murphy chợt nhớ lại đêm xảy ra bạo động tại nhà tù Ryall, theo như thỏa thuận với tên sĩ quan biến chất George Sewell, Murphy phải trả ơn hắn bằng cách giết một kẻ “xứng đáng” phải chết. Tại điểm hẹn là nhà tắm, Murphy gặp sĩ quan Frank tại đó và được cho biết là George hẹn gặp anh ta tại đây.
Theo đó, Frank đang tiến hành điều tra tên sĩ quan biến chất George Sewell vì có hàng loạt các hành vi phi pháp trong nhà tù mà kết quả là George bị bắt và tống giam cho những gì hắn làm suốt thời gian qua. Đúng lúc này, George Sewell vào nhà tắm và yêu cầu Murphy giữ đúng lời hứa là giết Frank. Trong khi đó Frank cố gắng thuyết phục Murphy đừng nghe theo George, ông tin Murphy luôn là người tốt. Trở về hiện tại, Anne tiết lộ rằng Frank Coleridge là bố của cô ấy. Cô rất ngưỡng mộ một sĩ quan tốt như cha mình và muốn nối nghiệp làm cảnh sát. Trong vụ bạo động tại nhà tù Ryall, Frank đã bị kẻ nào đó hành hung đến mức phải sống thực vật, suốt đời ngồi trên xe lăn và sống dựa vào máy thở cho tới lúc chết. Cô vô cùng căm thù Murphy Pendleton, kẻ mà cô cho là đã gây ra tất cả. Cô đã làm đủ những thứ bệnh hoạn, bẩn thỉu trên đời chỉ để ngày nào đó có thể tiếp cận Murphy và trả thù. Và với Anne, cô thấy những gì cô cần thấy ở một kẻ như Murphy, đó là một con quái vật. Giờ đây Murphy đột nhiên biến thành con quái vật Bogeyman và bắt đầu truy sát Anne vì cô đang cố giết anh trả thù (tương tự như trường hợp giữa Murphy và Patrick trước đó).
Trường đoạn truy đuổi này có 2 hướng nếu Bogeyman của Murphy đánh hạ Anne, Murphy có lựa chọn hoặc tha cho Anne hoặc hành quyết cô. Nếu Bogeyman của Murphy để cho Anne hạ gục thì sẽ có cái kết riêng cho trường hợp này. Tựa game có nhiều kết thúc khác nhau, dựa theo điểm moral. Loại điểm này được quyết định thông qua các lựa chọn của người chơi trong game, cùng với đó là việc người chơi chọn giết hoặc tha cho bao nhiêu con quái vật.
Ending A, Forgiveness (chọn tha cho Anne, điểm moral tích cực)
Cảnh hồi tưởng quá khứ cho thấy Murphy không thể giết Frank, buộc George tự tay tấn công Frank rồi vu khống cho Murphy. Quay về hiện tại, Murphy xin lỗi vì những gì đã gây ra cho Frank. Anne tha thứ cho anh rồi báo cáo qua radio vị trí của cô và nói rằng Murphy đã chết trong vụ tai nạn, gián tiếp cho phép anh được tự do.
Ending B, Truth and Justice (chọn tha cho Anne, điểm moral tiêu cực)
Khá giống với Ending A, có chút thay đổi về địa điểm. Sau đó, Anne tìm gặp George Sewell trong văn phòng của hắn. Cô chuẩn bị sẵn một khẩu súng với ý định giết Sewell để trả thù.
Ending C, Full Circle (chọn hành quyết Anne, điểm moral tích cực)
Cảnh hồi tưởng lại quá khứ cho thấy Murphy đã tuân lệnh George và thẳng tay tấn công Frank. Quay trở về hiện tại, Murphy thấy xác của 2 cha con Frank trước mặt nên hét lên rồi lây súng của Anne tự sát. Bỗng Murphy tỉnh dậy trong buồng giam nhà tù Overlook Penitentiary lần nữa. Wheelman tiếp tục theo dõi anh bên ngoài song sắt. Cửa buồng giam lại mở, Murphy giờ đây nhận ra mình kẹt lại ở Silent Hill cùng nhiều người khác mà anh gặp và phải chờ đợi ai đó đến cứu (tương tự như DJ Bobby Ricks cùng nhiều người mà anh gặp trong thị trấn)
Ending D, Execution (chọn hành quyết Anne, điểm moral tiêu cực)
Ngay sau khi hành quyết Anne, game cắt sang cảnh Murphy bị lĩnh án tử hình vì đã giết chính con trai mình là Charlie như cách đáp trả người vợ cũ sau vụ li dị, cùng với đó anh cũng bị cáo buộc đã giết hại dã man sĩ quan Frank Coleridge. George giám sát buổi hành hình hỏi Murphy còn lời gì muốn nói không và anh đáp là hẹn gặp lại hắn dưới địa ngục. Murphy bị tiêm thuốc độc dưới sự chứng kiến của vợ cũ và Anne.
Ending E, Reversal (để Anne hạ gục Bogeyman của Murphy)
Anne tỉnh dậy trong phòng giam của nhà tù Ryall với vai trò là tù nhân. Murphy lúc này lại là sĩ quan cảnh sát tiến đến buồm giam của Anne để thông báo rằng cô sẽ bị chuyển sang nơi giam giữ mới.
Ending F, Surprise! (hoàn thành nhiệm vụ phụ Digging Up the Past ở lần chơi thứ 2 trở đi)
Murphy cố gắng dùng thìa để đào hầm trốn thoát khỏi nhà tù. Đường hầm anh đào dẫn đến một căn phòng tối. Bỗng nhiên phòng sáng đèn, mọi người trong phòng nói to “Ngạc nhiên chưa!” rồi chúc mừng anh với pháo bông và bánh sinh nhật. Những người xuất hiện tại đó bao gồm các nhân vật trong Downpour lẫn nhân vật từ các phiên bản Silent Hill khác, trong đó có cả quái vật như Nurse và Pyramid Head.