Tiếp nối phần 8 cốt truyện series Yakuza. Sau khi Seishiro Munakata (một tên tham quan có tiếng trong bộ máy nhà nước Nhật Bản) đã bị tiêu diệt và mọi ân oán giang hồ đã được giải quyết, Hiroaki Arai (quản lý quán bar, được nhắc ở những phần trước) mới quyết định sẽ đầu thú với chính quyền Nhật Bản. Vài tháng sau, tại văn phòng làm việc của tay cho vay nặng lãi Shun Akiyama, Kiryu Kazuma (nhân vật chính của game) đã thuyết phục thám tử Makoto Date quay trở lại làm việc trực tiếp với lực lượng cảnh sát Tokyo, nhằm mục đích để nằm vùng và dè chừng xem có tên quan lại nào muốn nắm quyền thế giới ngầm Nhật Bản nữa không.
Cùng ngày hôm đó, Kiryu tham dự buổi lễ kết nạp thành viên mới tại trụ sở Bang Tojo cùng với Taiga Saejima (lúc này đã mãn hạn tù), anh em kết nghĩa của Goro Majima (một trong những chiến hữu cũ của Kiryu). Tại buổi lễ long trọng này, Taiga được phong lên làm Tộc trưởng và gia tộc Saejima đã chính thức được thành lập dưới sự đồng tình của tất cả vị trưởng lão thuộc các bang phái khác. Thời gian thấm thoát trôi qua, tháng 12 năm 2012, Tsubasa Kurosawa – Chủ tịch đời thứ 7 của Liên Minh Omi, đang phải đối mặt với căn bệnh ung thư phổi quái ác. Sớm muộn gì hắn ta cũng sẽ từ giã cõi đời nhưng nếu vậy thì tình hình sẽ trở nên rất chi là nghiêm trọng, bởi giao kèo đình chiến giữa Bang Tojo và Hội Omi lúc đó sẽ chấm dứt và rất có khả năng sẽ dẫn đến chiến tranh.
Lúc này các lãnh đạo của Bang Tojo mới gấp rút liên lạc với các bang phái lớn nhỏ khác trên khắp nước Nhật, nhằm mục đích củng cố sức mạnh đồng thời thành lập một liên minh mới, có tiềm lực và nhân lực mạnh ngang với Hội Omi. Thế là Daigo Dojima – chủ tịch đời thứ 6 của Bang Tojo, đích thân dẫn các phái đoàn đến đàm phán với những băng đảng Yakuza khác, bắt đầu với quận Fukuoka. Sau khi cuộc gặp mặt với Tadashi Madarame – Lãnh đạo của tộc Yamagasa (một băng đảng nắm quyền kiểm soát tại khu vực địa bàng quận Fukuoka), Daigo liền bí mật rời đi để tìm Kiryu (lúc này nam chính Yakuza đã quy ẩn giang hồ và trở thành một tài xế taxi) nhưng đột nhiên mất tích một cách bí ẩn.
Ngay tại thời điểm đó, hai vệ sĩ của Daigo là Yu Morinaga và Masato Aizawa, mới nhanh chóng tìm đến Kiryu để báo cáo toàn bộ sự việc nhưng cả ba người bất ngờ bị tấn công bởi đám đệ tử của tộc Yamagasa. Sau khi đánh bại lũ du côn, họ mới phát hiện ra rằng ngay sau khi Daigo mất tích, nhân cơ hội đó Minoru Aoyama đã “nhảy” vào ghế của anh và đảm nhận vị trí Chủ tịch lâm thời. Nam chính Yakuza ngay lập tức đi tìm Kazuhiko Serizawa – thanh tra viên nổi tiếng của lực lượng cảnh sát Nhật Bản để điều tra thêm về sự việc. Gã này mới nói rằng nếu Kiryu muốn ngăn chặn chiến tranh giữa các băng đảng, anh sẽ cần phải gặp Masaru Watase, một trong những tên thủ lĩnh của Hội Omi. Vất vả lắm mới gặp được tên này thì hắn lại bảo chẳng quan tâm đến Daigo và cũng chẳng biết anh ta đang ở đâu.
Tuy nhiên, hắn đã tiết lộ cho Kiryu rất nhiều thông tin bí mật đã bị rò rỉ bởi nội bộ Bang Tojo, một trong số đó là cuộc gặp mặt bí mật giữa Minoru và Tadashi tại một khách sạn ở gần đó. Sau khi xác nhận nguồn tin, Kiryu liền gấp rút lên đường nhưng vừa đến nơi thì thấy Tadashi đã bị đánh trọng thương bởi tên Minoru. Hoá ra tên chủ tịch đang có âm mưu độc chiếm quyền kiểm soát của toàn bộ Bang Tojo đồng thời hắn cũng đang cố hạ sát Thủ lĩnh của bang Yamagasa (Tadashi) và đổ tội giết người cho Kiryu. Không những thế, hắn còn có ý định sẽ tiêu huỷ mọi bằng chứng bằng cách cho nổ cả khách sạn. Nhận ra tình hình hình quá nguy hiểm, gã cựu Yakuza của chúng ta lúc này đã nhanh chóng trốn thoát trước khi quá trễ. Sáng hôm sau, Kiryu mới biết được cô nữ tiếp viên tên Mayumi mà anh đã kết bạn trước đó, thực chất là con gái của thủ lĩnh Tadashi. Chưa dừng lại ở đó, cô còn được Daigo Dojima giao nhiệm vụ theo dõi chặt chẽ mọi hành tung của Kiryu.
Qua cuộc trò chuyện vói cô con gái, nam chính Yakuza mới phần nào hiểu được ngọn ngành câu chuyện, chủ tịch Daigo thực chất không mất tích hay bị các bang phái khác bắt cóc, mà anh đã cố tình trốn đi vì nghi ngờ có người đang muốn ám sát mình. Ngoài ra, Mayumi cũng chia sẻ với Kiryu về nguyện vọng cuối cùng của cha mình là muốn giải thể gia tộc Yamagasa để giữ cho mọi người an toàn nhưng Kiryu đã nhẹ nhàng từ chối và giải thích rằng nếu không có tộc Yamagasa, thì các băng xã hội đen lớn nhỏ khác sẽ khơi màu chiến tranh, khi đó người dân của quận Fukuoka sẽ lâm vào cảnh khốn cùng, cực kỳ nguy hiểm.
Sau khi dàn xếp mọi thứ ổn thoả với Mayumi, Kiryu liền lên đường tìm Minoru để tính sổ. Bại trận dưới tay gã cựu Yakuza, gã chủ tịch mới thú nhận rằng hắn được giao nhiệm vụ làm đủ mọi cách để “dụ” cho Kiryu quay trở lại với cuộc đời của một tay anh chị. Không những thế, hắn còn trực tiếp làm việc với một tên trùm cực kỳ nguy hiểm tuy nhiên, trước khi kịp khai thêm nhiều thông tin, hắn đã bất ngờ bị Morinaga kết liễu bằng một phát súng vào đầu. Tên này quay sang Kiryu và hé lộ rằng vì cộng sự của mình - Masato Aizawa - đã biết quá nhiều về những âm mưu thâm độc của hắn và đồng bọn, nên hắn đã thẳng tay giết chết anh ta.
Ngoài ra, tất cả mọi chuyện đã và đang diễn ra đều theo đúng như kế hoạch mà tất cả bọn chúng đã định. Quá tức giận trước sự phản bội trắng đến từ một tay anh chị được Daigo trọng dụng trong suốt nhiều năm qua, Kiryu liền tấn công nhưng đã bị Morinaga bắn vào chân. Trước khi rời khỏi hiện trường, hắn mới nói với Kiryu rằng: “Hãy đến Tokyo, và anh sẽ hiểu được tất cả mọi chuyện. Đến lúc đó, tôi sẽ chờ anh, Kiryu ạ.” Hai ngày sau, trong lúc đang chuẩn bị lên đường, nam chính Yakuza chợt nghe trên đài phát thanh thông báo về một vụ xả súng vừa xảy ra ngay tại thành phố Sapporo thuộc tỉnh Hokkaido, khiến cho một người tử vong. Theo báo cáo của lực lượng chức năng, nạn nhân là một thành viên cấp cao thuộc Bang Tojo, tên là Goro Majima.
Sự việc này đã khiến cho Kiryu cảm thấy vô cùng tức giận nhưng cũng vì tình thế quá nguy cấp, nếu anh không đến Tokyo để ngăn chặn mưu đồ nham hiểm của Morinaga và đồng bọn, thì rất nhiều bạn bè và thậm chí là cả người thân của anh sẽ gặp nguy hiểm. Thế nên dù rất muốn nhưng Kiryu không thể đến Sapporo để đòi lại sự công bằng cho người anh em Goro. Về phần Taiga Seajima, sau khi hay tin Goro bị sát hại, anh đã cùng với chiến hữu Shigeki Baba đến Sapporo để điều tra danh tính thực sự của kẻ chủ mưu vụ ám sát. Bằng cách tận dụng những mối quan hệ của mình, họ đã tóm được một kẻ tình nghi tên là Daizo Kitakata – thủ lĩnh của gia tộc Kitakata. Cả hai liền bắt cóc Daizo và tra khảo hắn.
Tên trùm khai rằng gia tộc của hắn và bang Tojo đang cùng nhau tạo ra rất nhiều lợi ích trong các mối quan hệ hợp tác đối nội đối ngoại, nên hắn chẳng có lí do gì để giết Goro cả. Không những thế, cách đây không lâu, Goro bí mật liên lạc với hắn và nói rằng anh đang nghi ngờ trong Bang Tojo đang có nội gián tuy nhiên, chưa kịp tiết lộ thêm thông tin khác thì hắn đã bị bắn bởi Shigeki để bịt đầu mối. May mắn thay, vết thương không quá nặng và tên trùm yakuza đã tai qua nạn khỏi. Quá phẫn nộ trước sự phản bội của một người mà Taiga từng xem là huynh đệ tốt, anh mới “tẩn” cho hắn một trận tơi bời nhưng sau đó, thay vì bắt hắn phải khai hết toàn bộ sự thật, thì Taiga lại chẳng quan tâm. Khi được Shigeki gặn hỏi thì anh mới nói rằng: “Dù cho bây giờ có biết được sự thật đi chăng nữa, thì cũng chẳng thể hồi sinh được Goro. Hơn nữa, kể từ khi gặp Daizo, tôi đã có linh cảm rằng người anh em của mình vẫn còn sống…”
Sau khi thả cho Shigeki đi, Taiga ngay lập tức bị thanh tra Kazuhiko Serizawa bắt giữ vì tội tàng trữ vũ khí bất hợp pháp (ám chỉ khẩu súng mà Shigeki dùng để bắn ông trùm Daizo). Serizawa lúc này mới đe doạ sẽ tống giam anh nếu không làm theo những yêu cầu mà hắn đã đề ra. Hắn muốn Taiga trở thành tình báo cho lực lượng cảnh sát Tokyo, đồng thời trà trộn vào Bang Tojo để khai thác thêm thông tin xoay quanh cái chết của Goro, cũng như những mưu đồ bất chính của Morinaga và bè lũ yakuza đang phục vụ hắn.
Quay trở lại với Kiryu, ngay sau khi đặt chân xuống thành phố Tokyo sầm uất, anh mới phát hiện ra rằng Shigeki đang thông đồng với Hội Omi nhằm mục đích dụ cho anh và Taiga Saejima ra mặt. Chúng xem hai người đàn ông này là những trụ cột cực kỳ quan trọng của Bang Tojo và nếu tiêu diệt được cả hai, chúng sẽ nắm trong tay quyền kiểm soát toàn bộ các băng đảng ở khắp các tỉnh của Nhật Bản và đến lúc đó sẽ không ai có thể đủ mạnh để chống lại chúng. Chưa dừng lại ở đó, cũng bởi vì Daigo đang biệt tích, còn Minoru lại bị ám sát, nên rất nhiều băng đảng Yakuza khét tiếng khác đang chờ cơ hội để giành cho bằng được Chiếc ghế Chủ tịch Bang Tojo.
Trong khi đó, Taiga Saejima bắt đầu truy lùng hành tung của Morinaga theo lệnh của thanh tra Serizawa. Lần theo dấu vết, anh bất ngờ gặp lại The Florist of Sai (một trong những huynh đệ tốt kiêm cả vai trò tình báo của Kiryu), gã này mới tiết lộ rằng Morinaga thực sự đã chết rồi, còn cộng sự của hắn là Masato Aizawa thì vẫn còn sống. Taiga hội ngộ với Kiryu và cả hai bắt đầu lần theo dấu vết dẫn đến nhà của Naoki Katsuya – Giám đốc của Tập đoàn Osaka, kiêm giám đốc điều hành tại Tổng hành dinh của Hội Omi, đồng thời cũng là một thủ lĩnh đáng kính của gia tộc Katsuya.
Tại đây họ đã chạm trán với Masato và sau những trận chiến nảy lửa, Naoki mới hé lộ rằng tất cả những gì mà ông đang làm chính là để dụ kẻ chủ mưu thật sự ra. Lúc này tên thanh tra Kazuhiko đột nhiên xuất hiện rồi dùng súng bắn hạ mọi người. Trước tình thế khó khăn, Daigo Dojima và Goro Majima đã kịp thời đến ứng cứu và đánh bại được Kazuhiko. Bây giờ hắn mới chịu hé lộ thân phận thật của mình, hắn chính là Tsubasa Kurosawa – Chủ tịch đời thứ 7 của Liên Minh Omi và Masato chính là con trai ruột của gã. Hoá ra vì căn bệnh ung thư phổi cấp tính, tên trùm biết rằng mình chẳng sống được bao lâu nữa, nên hắn đã bày mưu tính kế và sẵn sàng dùng mọi thủ đoạn để đảm bảo cho di sản của mình tiếp tục được kế thừa bởi đứa con quý tử.
Về phần Masato, hắn lại chỉ quan tâm đến duy nhất một việc, đó chính là tiêu diệt Kiryu để trở thành Yakuza mạnh nhất trong thế giới ngầm Nhật Bản. Sau một hồi đánh đấm túi bụi, tuy Masato hoàn toàn bị đánh bại nhưng anh chàng Kiryu của chúng ta cũng đã bị trọng thương. Anh cô gắng rời khỏi toà nhà và gục ngã trong một con hẻm của quận Kamurocho… Tưởng chừng như mọi thứ đã kết thúc, đã đến lúc anh từ giã cõi đời. Thế nhưng phép màu đã bất ngờ xảy ra, một giọng nói quen thuộc đã khiến cho Kiryu bừng tỉnh và điều tuyệt vời đầu tiên mà anh có thể nhìn thấy được, đó chính là khuôn mặt đáng yêu của cô con gái nuôi – Haruka Sawamura.
Những cuộc phiêu lưu của Yakuza – Kiryu Kazuma sẽ còn được tiếp tục…