Phụ Lục
Sau khi Naked Snake thất bại trong nhiệm vụ Virtuous còn The Boss “phản bội,”sự tồn vong của đơn vị đặc nhiệm FOX đang bị đe dọa, còn chính phủ Mỹ kích hoạt DEFCON 2 (tình trạng sẵn sàng phòng thủ 2) yêu cầu các đơn vị quân đội của mình sẵn sàng tham chiến trong vòng 6 giờ. Trước tình hình đó, Major Zero tìm đến với Naked Snake đang nằm trong phòng bệnh để thông báo tin dữ: CIA giao cho anh nhiệm vụ ám sát The Boss để rửa sạch các mối nghi ngờ, và nếu thất bại, cả anh lẫn Major Zero đều sẽ bị xử tử.
Và thế là 11h30 phút tối ngày 30/8/1964, Naked Snake được tình báo mỹ thả xuống Tselinoyarsk trong lãnh thổ Liên Bang bằng một máy bay không người lái Lockheed D-21. Ngoài Naked Snake là “field operator” (tạm dịch là “nhân viên tại thực địa”) cùng ba nhân vật khác là Major Zero, Mr Sigint và Para-Medic hỗ trợ qua radio, Major Zero còn điều thêm Skull Face, một sĩ quan của lực lượng đặc nhiệm XOF theo sau Snake để hỗ trợ và dọn dẹp các dấu vết mà anh để lại nếu có trong quá trình hoạt động của mình.
Nhiệm vụ đầu tiên của Naked Snake tại Tselinoyarsk là tìm đến nhà máy bỏ hoang ở Rassvet – một ngôi làng nhỏ nằm ở phía tây của căn cứ OKB-754 vừa bị phá hủy – để gặp ADAM, một mật vụ KGB cung cấp thông tin cho Mỹ. Trên đường đến mục tiêu, Naked Snake bất ngờ bị The Boss chặn đường và bị đánh bại trong một pha cận chiến bằng kỹ thuật CQC ngắn ngủi. The Boss cảnh báo cậu học trò của mình hãy bỏ qua nhiệm vụ và rời đi, nếu không bà sẽ giết anh trong lần gặp mặt kế tiếp. Để “thuyết phục” Naked Snake, bà phá hủy khẩu súng của anh, báo động cho các đơn vị quân đội canh phòng gần đó trước khi rời đi.
Mặc cho các cảnh báo của The Boss, Naked Snake vẫn tiếp tục nhiệm vụ của mình và mò được đến Rassvet để chờ đợi ADAM. Tuy nhiên lại một lần nữa “Chiến dịch Kẻ Ăn Rắn” gặp trở ngại: thay vì gặp ADAM, Naked Snake chỉ gặp EVA, một người phụ nữ tuyên bố mình là đồng nghiệp của ADAM tại KGB. Dù tự nhận là mình được ADAM gửi đến để hỗ trợ Naked Snake, EVA không nói được mật khẩu và vì thế chỉ đến khi EVA cứu anh khỏi một cuộc mai phục của GRU, Naked Snake mới chấp nhận sự hỗ trợ này.
Sau khi thoát khỏi GRU, hai người rút về nhà máy bỏ hoang và nghỉ ngơi tại đó. EVA cung cấp cho Naked Snake một bộ quần áo nghiên cứu viên để ngụy trang, một khẩu súng M1911 mới cũng như trả lại cho anh khẩu Mk22 mà anh để lại trong Nhiệm vụ Virtuous. Cô cũng khuyên anh nên chờ đợi đến sáng trước khi tiếp tục hành động vì rừng già cực kỳ nguy hiểm nếu không có người dẫn đường. Trong đêm khi Naked Snake đang ngủ, EVA âm thầm gửi một thông điệp về phía cấp trên của mình qua một chiếc radio.
Sáng sớm hôm sau khi tỉnh giấc, Naked Snake và EVA một lần nữa đụng độ GRU trong nhà máy, lần này đối thủ của họ là toán quân do “người quen cũ” đại tá Ocelot chỉ huy. Dù Naked Snake tiêu diệt được các binh sĩ GRU, Ocelot lại tóm được EVA và một lần nữa Ocelot sai sót khi quên rằng khẩu súng của mình chỉ có 6 phát đạn. Naked Snake và EVA lật ngược thế cờ, nhưng anh quyết định để cho Ocelot trốn thoát khi EVA định bắn Ocelot. Vì vậy, EVA cần phải trở về gặp Volgin trước Ocelot để bảo vệ vỏ bọc của mình, còn Naked Snake sẽ tiếp tục hành trình của mình đến Graniny Gorki, nơi Solokov đang bị giam giữ theo thông tin của EVA.
“Duyên nợ” của Naked Snake và Ocelot vẫn còn tiếp diễn: trên đường tới Graniny Gorki, hai người lại gặp nhau bên một khe nứt gọi là Bolshaya Past. Họ đọ súng với nhau trước khi bị một đàn ong giận dữ bao vây tấn công, buộc Ocelot phải chạy trốn còn Naked Snake rơi xuống khe nứt và lạc vào hệ thống hang động ngầm như mê cung của nó. Sau một thời gian lần mò trong các đường ngầm này, anh may mắn tìm được đường thoát ra ngoài nhưng lại đụng độ The Pain, một chiến binh của Cobra Unit do The Boss thành lập năm xưa với khả năng điều khiển đàn ong bằng sức mạnh tâm linh của mình. Anh đánh bại The Pain, chăm sóc các vết thương trước khi rời khỏi hệ thống hang ngầm và chui lên một nhà kho tại khu đầm lầy Ponizovje.
Từ nhà kho này, anh phát hiện các mục tiêu của mình – The Boss và Volgin – cùng các nhân vật khác bao gồm The End, The Fear (hai cựu binh Cobra Unit), Sokolov và người yêu giả vờ của Sokolov là Tatyana. Naked Snake tiếp tục tiến tới để thực hiện các nhiệm vụ mình được giao trong Chiến dịch Kẻ Ăn Rắn.
Bên trong khu nghiên cứu tại Graniny Gorki, Naked Snake sử dụng bộ trang phục nghiên cứu viên mà EVA trao cho để vượt qua các chốt chặn. Tại đây, anh gặp được một đồng minh bất ngờ: tiến sĩ Aleksandr Leonovitch Granin, giám đốc khu nghiên cứu. Người đàn ông này đang tức giận trước việc Volgin dùng nguồn tiền trong Di sản của Philosopher để tiếp tục phát triển cỗ máy Shagohod của Sokolov thay vì đầu tư vào các Metal Gear do mình phát triển. Để trả thù, Granin dự định sẽ gửi các tài liệu về Metal Gear cho “một người bạn ở nước Mỹ.”
Khi gặp mặt Naked Snake, Granin nhận ra một phương thức mới để trả thù Volgin: ông ta sẽ giúp người Mỹ giải cứu Sokolov. Granin hi vọng rằng sau khi Sokolov rời đi và việc phát triển Shagohod bị dừng lại, Metal Gear sẽ chứng minh được sự vượt trội của nó và tiếp tục được đổ tiền nghiên cứu phát triển. Với mục đích này, Granin trao cho Naked Snake một thẻ từ để mở cửa một đường hầm bí mật của Groznyj Grad, pháo đài mà Volgin dùng làm căn cứ. Naked Snake cầm tấm thẻ và quay về nhưng bị chặn đường bởi The Fear. Chiến binh Cobra Unit này được trang bị một bộ quần áo tàng hình và sở hữu những năng lực phi phàm, nhưng cũng như đồng nghiệp The Pain, ông ta bị Naked Snake đánh bại.
Khi về đến nhà kho ở đầm lầy Ponizovje, Naked Snake được EVA liên lạc và cô ta nói rằng trong lần kế tiếp gặp mặt, cô sẽ cung cấp cho anh một tấm thẻ từ để mở khóa đường hầm dẫn vào Groznyj Grad – điều khiến Naked Snake bất ngờ bởi tấm thẻ từ mà Granin trao cho anh cũng có công dụng tương tự. EVA nói rằng tấm thẻ của Granin là sai, và cảnh báo rằng The End, tay bắn tỉa tài ba của Cobra Unit đang chờ đợi anh trong khu rừng Sokrovenno phía trước. Snake kết liễu The End sau một trận đọ súng đầy căng thẳng trong rừng, và con đường đến rặng núi Krasnogorje nơi Groznyj Grad tọa lạc mở rộng trước mặt anh.
(Còn tiếp)