Câu chuyện của game bắt đầu với tóm tắt cuộc đời của bé gái mang tên Fran Bow. Cô bé sinh năm 1934, được bố mẹ đưa về sống trong một ngôi nhà cùng với người dì tên là Grace. Bố mẹ Fran đã mua cho cô bé một chú mèo đen làm bạn và cô bé đặt tên cho nó là Mr. Midnight.
Mọi việc trôi êm ả cho đến một buổi tối năm 1944. Fran phát hiện có một cái bóng to lớn ghê rợn ở ngoài cửa sổ. Cùng lúc đó có tiếng thét của mẹ, cô bé chạy vào phòng thì thấy bố mẹ đã bị ai đó giết và chặt xác ra nhiều phần. Fran vội vã dẫn Mr. Midnight chạy khỏi nhà trốn vào rừng.
Sau một lúc chạy cô bé kiệt sức và bất tỉnh. Mr. Midnight vẫn ở bên cô bé nhưng khi người ta phát hiện ra và mang cô bé đi thì chú mèo bị bỏ lại trong rừng. Fran tỉnh lại trong bệnh viện tâm thần Oswald và thấy mình đang trong buổi điều trị với bác sĩ Marcel Deern. Hóa ra những gì vừa xảy ra chính là lời kể của cô bé trong trạng thái bị thôi miên.
Bác sĩ Deern tỏ ra thất vọng vì ông cố tìm mọi cách để chữa cho Fran nhưng đều không có kết quả gì nhiều. Ông kê đơn cho cô bé uống một loại thuốc mới mang tên Duotine nhưng sau khi uống xong cô bé phản ứng dữ dội, căn phòng biến thành một nơi kinh dị đầy máu và thi thể người chết khiến cô bé bị sốc lăn ra bất tỉnh. Vị bác sĩ hoảng hốt sai y tá đưa cô bé về giường bệnh và loại bỏ ngay loại thuốc vừa sử dụng.
Trong giấc mơ, Fran vẫn thấy cái bóng kinh dị hôm trước, lần này nó hiện rõ hơn là một con quái vật trùm áo choàng đen với cái đầu mang mặt nạ hình chiếc sọ dê. Nó đe dọa rằng sẽ làm mọi cách để bắt giữ, đẩy cô bé vào sự điên loạn rồi giết chết cô. Sau đó thì Mr. Midnight xuất hiện an ủi Fran và nói rằng loại thuốc mới sẽ giúp cô bé trốn thoát, chú mèo hẹn gặp cô ở trong rừng sau khi thoát khỏi bệnh viện này.