Tương tự Far Cry phiên bản đầu, cốt truyện Far Cry 3 dẫn người chơi trở lại vùng Thái Bình Dương với những quần đảo hoang sơ cách xa đất liền. Tuy nhiên lần này thay vì những hòn đảo chơi vơi ở Nam Thái Bình Dương, cốt truyện Far Cry 3 lại đặt bối cảnh ở vùng Châu Á – Thái Bình Dương gần khu vực Đông Nam Á và New Guinea.
Cốt truyện của Far Cry 3 bắt đầu với một nhóm khách du lịch 7 người bao gồm nhân vật chính Jason Brody, anh trai Grant Brody, em trai Riley Brody, Daisy Lee (bạn gái Grant), Liza Snow (bạn gái Jason), Oliver Carswell (bạn thân của Jason), Keith Ramsay (bạn thân của nhóm). Nhóm này đi du lịch một vòng các nước Đông Nam Á để ăn mừng Riley thi đậu bằng lái máy bay.
Khi đang vui chơi tại một quán bar ở Bangkok, họ được một người giới thiệu về gói du lịch đặc biệt là nhảy dù xuống hòn đảo Rook Islands. Không ngờ đây là một cái bẫy, khi cả nhóm tiếp đất thì bị hải tặc đầy đủ súng ống ập đến bắt cóc và chia họ ra từng nhóm nhỏ nhốt ở nhiều nơi riêng.
Jason và anh lớn Grant bị nhốt cùng chỗ và họ gặp Vaas, thủ lĩnh đám hải tặc trên đảo. Tên này thể hiện nhiều dấu hiện điên khùng qua lời nói và hành động đầy đe dọa đến 2 anh em và những triết lý khó hiểu của hắn. Grant vốn là một quân sĩ dự bị được huấn luyện quân đội nên giúp Jason cùng thoát khỏi cũi nhốt tù, len lỏi qua các lều trại của bọn cướp biển hòng thoát ra ngoài.
Grant bị bắn trúng cổ và đang hấp hối
Khi đến được rìa trại thì họ bị phát hiện, Vaas nổ súng bắn chết Grant còn Jason đào thoát xuyên rừng dưới sự truy đuổi của bọn hải tặc được yểm trợ bởi trực thăng. Đến đường cùng Jason nhảy liều xuống ghềnh suối và trôi theo dòng chảy xiết.
Anh tỉnh lại trong một ngôi nhà và một người đàn ông da đen tự giới thiệu tên Dennis là người cứu anh. Dennis giải thích cho Jason tình cảnh hiện tại ở Rook Islands, những người dân địa phương thuộc bộ tộc Rakyat đang chiến đấu với bọn hải tặc giành lấy hòn đảo của họ.
Dennis mặc quân phục Mỹ là người gốc Liberia lưu lạc đến Rook Islands
Jason muốn tìm lại bạn bè của mình thì phải gia nhập các chiến binh Rakyat và nhờ đó tìm được thông tin về nơi giam giữ các bạn. Dennis xăm hình xăm Tatau lên cánh tay Jason như bước đầu tiên giúp anh trở thành một chiến binh Rakyat. Dennis cũng bắt đầu dạy Jason những kỹ năng cơ bản của một chiến binh như sử dụng súng, chế thuốc men, trang bị từ các loại hoa cỏ và thú rừng trên đảo.
Dennis xăm hình tatau căn bản nhập môn cho Jason
Sau trận chiến đầu tiên giúp người Rakyat chống bọn hải tặc, Jason nhận được tin một cô gái con tin đã chạy thoát khỏi bọn hải tặc và được bác sĩ Earnhardt cứu chữa. Sau khi tìm đến nhà bác sĩ Earnhardt, một bác sĩ người Anh lưu lạc lên đảo làm nghề chế ma túy bán cho hải tặc, anh gặp Daisy Lee.
Bác sĩ Earnhardt cho biết Daisy khi trốn chạy đã chạy băng qua cách đồng cỏ độc và bị gai cỏ độc cứa vào người, hiện cô đang bị trúng độc. Sau khi tìm giúp ông bác sĩ loại nấm đặc biệt có tác dụng giải độc, Daisy tỉnh lại nhờ thuốc giải và nhận tin dữ về cái chết của Grant.
Bác sĩ Earnhardt ám ảnh Daisy với con gái đã chết của mình nên tận tình cứu chữa
Ông bác sĩ già quyết định chuyển Daisy xuống hang động ngầm phía dưới ngôi nhà để tránh khỏi tai mắt của bọn hải tặc hay đến nhà ông mua ma túy. Tại đây, Daisy tìm ra một con tàu cũ và quyết định sẽ sửa chữa nó làm phương tiện về nhà trong khi chờ Jason tìm các cứu những người còn lại.
Jason tiếp tục nhận được tin từ Dennis về một trạm liên lạc của bọn hải tặc, nếu nghe trộm được thông tin từ trạm này có thể nắm được thông tin về những con tin của chúng vừa bắt cóc được, tức là nhóm của Jason. Trạm liên lạc này đặt trên một con tàu cũ mang tên Medusa được bọn hải tặc canh phòng cẩn mật.
Con tàu Medusa vốn đã hỏng nặng và các thiết bị phát sóng của nó được tận dụng để liên lạc
Jason đã lẻn được vào phòng liên lạc và trước khi bị phát hiện, anh kịp nghe thông tin về một con tin đang được giữ tại Sunset Cove trên đảo. Sau khi tìm đến khu vực này, Jason tìm ra phòng quay phim để tống tiền của bọn hải tặc, người bị quay là bạn gái Liza của anh, tuy nhiên căn phòng trống trơn chỉ còn đoạn phim được phát lại. Bất ngờ Jason bị một tên hải tặc đánh gục từ phía sau.
Jason tỉnh lại với Liza và Oliver ngồi đối diện
Sau khi tỉnh lại, Jason nhận ra mình đang ở trong một căn nhà cũ bị trói gô trên ghế và đối diện anh là Liza và Oliver cũng bị trói. Vaas xuất hiện ra lệnh cho lâu la tưới xăng khắp tòa nhà và bật quẹt đốt trước khi lôi theo Oliver và bỏ đi. Jason thoát được trói trước khi lửa lan đến và giải thoát cho Liza, cả 2 chạy ra ngoài và lấy một chiếc xe của bọn hải tặc để chạy trốn. Sau khi thoát khỏi cuộc truy đuổi nghẹt thở của bọn hải tặc, Jason dẫn Liza về hang bí mật gặp Daisy và để cô lại đây trước khi tiếp tục lên đường tìm những người khác.
Liza lái xe cho Jason rảnh tay bắn trả, đưa cả 2 bỏ chạy trước sự truy đuổi của hải tặc
Lần này, Dennis dẫn Jason đến một nơi quan trọng, một ngôi đền cổ nằm giữa đảo. Tại đây Jason được diện kiến thủ lĩnh tối cao của bộ tộc Rakyat, một cô gái trẻ xinh đẹp với tên gọi Citra. Citra tỏ ra coi thường Jason và yêu cầu anh nếu muốn chính thức được công nhận là một chiến binh Rakyat phải mang về cho cô một món. Jason được gợi ý uống một bình thuốc bí ẩn để nhận được sự hướng dẫn linh thiêng.
Trong cơn mơ màng do say thuốc, Jason nhận được các gợi ý mơ hồ về một thị trấn nhỏ, một người đàn ông mặc đồ trắng và một con dao cổ kèm theo một số hình ảnh báo trước tương lai của cốt truyện Far Cry 3 mà lúc này bạn chưa thể hiểu được. Sau khi tỉnh lại, Dennis cho biết vị trí anh mô tả khớp với Bad Town, một thị trấn nhỏ nằm ở phía Tây hòn đảo và con dao cổ đó có thể là món đồ Citra muốn Jason mang về.
Người đàn ông mặc vest trắng trong giấc mơ của Jason
Trong quán rượu của Bad Town, Jason nhận ra một người đàn ông đeo kính đen mặc bộ vest trắng. Anh theo chân người đàn ông bí ẩn đến nhà của anh ta nhưng bất ngờ khi bước vào nhà anh bị phát hiện và nhốt lại. Jason phải chứng tỏ mình là người Mỹ mới được thả ra và hướng dẫn xuống hầm bí mật dưới căn nhà gặp người đàn ông bí ẩn.
Người này tự giới thiệu là đặc vụ Willis Huntley của CIA làm việc trong vùng này. Willis cho Jason biết về Hoyt, ông trùm thực sự phía sau Vaas chiếm hữu cả hòn đảo phía nam của đảo họ đang đứng. Để có được tài liệu về những người bạn còn lại của Jason, anh phải giúo Willis làm một việc là… đập phá tài sản của Hoyt khiến hắn phải sang đảo bên này để giải quyết.
Jason cầm khẩu súng phun lửa Willis đưa cho và tấn công vào một trại của Hoyt, đốt sạch số cần sa hắn đang trồng tại đây và giết sạch đám lâu la bảo vệ trại. Nhân tiện Jason cũng đánh chìm luôn chiếc tàu đắt tiền của Hoyt neo trong bến.
Hoyt lập tức ngồi máy bay sang đảo bên này ra lệnh thanh trừng cả một làng trên đảo để thị uy. Jason phải xông vào làng để cứu một đầu mối thông tin của Willis cài trong này, đầu mối này sau đó đã cung cấp một bản danh sách vận chuyển trong đó có một con tin tên Oliver.
Đầu mối thông tin giữ bản danh sách vận chuyển của Hoyt
Jason nhanh chóng đến địa điểm ghi trên tài liệu và dùng súng bắn tỉa hạ đám cướp biển mở đường cho Oliver chạy thoát khỏi căn cứ. Cả 2 cùng leo lên một chiếc xuồng máy trong bến và chạy khỏi sự truy đuổi trên biển của bọn hải tặc. Jason tiếp tục dẫn Oliver về hang bí mật gặp gỡ những người được giải thoát và anh tiếp tục ra đi tìm những người khác.
Đặc vụ Willis tiếp tục liên lạc và gợi ý một người tên Buck, đang làm sát thủ cho Hoyt, đã “mua” lại Keith về để “chơi”. Jason tìm đến Buck xin thả bạn mình nhưng Buck cho biết anh phải giúp hắn tìm ra một con dao cổ được giấu trên đảo.
Buck và thỏa thuận tìm được con dao để đổi lấy Keith
Buck gợi ý Jason lấy thông tin từ món đồ được giấu trên một con tàu của Vaas đậu ngoài khơi. Tuy nhiên khi vừa lấy được thông tin thì con tàu được kích hoạt tự hủy và chìm. Jason thoát được lên bờ và theo thông tin đó bắt đầu cùng Buck tìm đến các di tích cổ bí mật được giấu khắp nơi trên đảo.
Qua mỗi di tích anh lại tìm được một mảnh chìa khóa để mở đường vào nơi cất giấu con dao, nhưng cũng qua mỗi di tích anh lại cảm thấy Buck luôn đến trước anh một bước và đang đùa cợt với anh. Buck đe dọa sẽ tra tấn và hành hình Keith đủ kiểu nếu Jason không nghe lời hoặc bỏ cuộc chơi khiến anh rất hậm hực.
Buck hiện rõ bộ mặt tráo trở khi nuốt lời
Sau khi vượt qua được thử thách cuối cùng trong lăng mộ cổ, Jason lấy được con dao và trở về nhà Buck đổi lấy Keith. Buck mở cửa cho Jason xuống hầm gặp Keith nhưng trở mặt và không cho cả 2 rời đi. Sau trận đấu dao nghẹt thở, Jason hạ được Buck đoạt cả con dao và cứu được Keith.
Sau khi dẫn Keith về hang bí mật gặp lại mọi người, Keith nói với Jason rằng em trai anh, Riley có thể đã chết vì anh thấy bọn hải tặc đã bắn Riley. Keith cũng xin Jason đừng tiết lộ quãng thời gian đen tối khi anh nằm trong tay của Buck. Jason thề sẽ trả thù cho em trai và mang con dao quay về nộp cho Citra.
Citra vui mừng khi nhận được con dao báu vật
Citra vui mừng vì có lại được con dao bảo vật của bộ tộc, cô công nhận Jason là chiến binh chính thức của Rakyat và phân công anh đi giải cứu một tù binh quan trọng, nếu thành công anh sẽ được ban cho một sức mạnh đủ để hẹ Vaas lẫn Hoyt. Jason hợp tác cùng các chiến binh Rakyat thực hiện cuộc giải cứu nhưng nhận ra những kẻ hộ tống tù binh được ăn mặc và trang bị tốt hơn bọn hải tặc nhiều.
Lính hộ tống lần này được trang bị cả thiết giáp, khác hẳn bọn hải tặc nghèo nàn
Sau khi phục kích và truy đuổi chiếc xe chở tù binh, Jason cuối cùng cũng chiếm được chiếc xe tù nhưng khi mở cửa thì đó lại lại Vaas. Đây là một cái bẫy mà Vaas dựng lên để dẫn dụ phe Rakyat đến giải cứu, tất cả đội giải cứu đều bị bắt kể cả Jason.
Vaas tiến hành hành quyết những người trong đội tại một hố nước khổng lồ bằng cách cột đá vào chân và đẩy xuống hố. Jason vùng thoát được và bơi vào bờ, anh vượt qua được trại cướp biển gần đó để cướp chiếc trực thăng và đào thoát nhưng không may trực thăng bị cướp biển bắn rơi bằng RPG.
Vaas rất tức giận vì luôn giết hụt Jason
Vaas một lần nữa nhận ra mình giết hụt Jason, lần này hắn bắn thẳng vào ngực anh một phát để chắc ăn. Jason lịm đi nhưng sau đó bừng tỉnh nhận ra mình nằm bên dưới một núi xác chết, sau khi bò ra khỏi đống xác người khổng lồ anh nhận ra viên đạn của Vaas được che bởi chiếc bật lửa mà hắn đã bỏ vào túi áo anh trước đó.
Jason lẻn vào trại cướp biển gần đó lấy lại vũ khí của mình và quay về đền tìm Citra. Citra đưa cho Jason một bình thuốc khác và nói nó sẽ mở ra sức mạnh của Jason. Sau khi uống, Jason mê man và trong cơ mơ anh đấu với quái vật mực xăm để thể hiện sức mạnh tinh thần nội tại của mình. Tỉnh dậy với Citra cưỡi trên người, Jason nhận ra mình bị cô gái trẻ “hiếp râm” khi đang mê man.
Quái vật mực xăm trong cơn mơ của Jason
Citra thuyết phục Jason hãy ở lại hòn đảo với bộ tộc Rakyat, anh quay lại hang bí mật trong khi mọi người đã sửa xong tàu chuẩn bị rời đi. Jason cho biết anh sẽ ở lại để giải quyết ân oán với Vaas và anh cũng quyết định ở lại đi sau những biến cố đã xảy ra. Mặc cho bạn bè phản ứng, anh rời khỏi hang tiến về căn cứ của Vaas.
Lúc này, Vaas tưởng anh đã chết nên mở tiệc lớn ăn mừng trong căn cứ nhưng sau khi Jason đột nhập vào bên trong anh rơi trúng bẫy. Lúc này Vaas lộ rõ là biết anh còn sống và đang chờ anh đến để đối mặt. Sau khi hạ thủ các lâu la bảo vệ kẻ địch, Jason đối mặt với Vaas và rơi vào trạng thái ảo giác. Anh đã đấu với Vaas trong ảo giác này và sau đó giết được hắn ngoài đời thật.
Giây phút cuối cùng của Vaas
Jason tỉnh lại trong đền cổ cạnh Citra, lần này anh chỉ còn một mục tiêu cuối cùng: Hoyt. Jason liên hệ với Willis để tìm cách tiêu diệt Hoyt nhưng Willis cho biết anh sẽ kết thúc nhiệm vụ và rời đảo ngay lập tức. Sau khi Jason giúp Willis sửa chiếc máy bay và cất cánh, Willis cho biết sẽ cho Jason “đi ké” sang đảo phía nam tìm Hoyt.
Willis cho Jason một bộ wing suit và thả anh từ máy bay xuống không phận hòn đảo phía nam cùng thông tin về một người của phe ta được cài vào đội quân đánh thuê của Hoyt. Jason tìm đến quán bar trên đảo và gặp mặt đầu mối Sam Becker, sau những dấu hiệu mật, Sam nhận ra người phe ta và bắt đầu nói chuyện.
Sam Becker được Willis cài lên đảo nhưng bị mất liên lạc nhiều năm
Sam khuyên Jason nên tìm và cướp một bộ quân phục của các lính đánh thuê mới gia nhập sau đó trà trộn vào đội lính với danh tính giả và tìm cái gì đó che hình xăm tatau trên cánh tay. Jason lẻn vào một điểm tuyển quân của Hoyt và “hốt hàng” một tên lính mới cướp bộ trang phục có ao tay dài để che hình xăm và chứng kiến màn tự giới thiệu độc đáo của Hoyt. Tại đây anh cũng có manh mối về một nhóm lính đánh thuê đang muốn tạo phản.
Trở về với Sam, Jason kể lại việc làm phản và Sam nảy ra ý tiếp cận Hoyt bằng cách lập công. Cả hai trải qua nhiều trận chiến từng bước bóc gỡ những kẻ nằm trong nhóm mưu phản và loại bỏ chúng. Hoyt rất vui mừng khi nghe công trạng của 2 người và quyết định mời lính mới lên gặp mặt.
Lập công và được đặc ân gặp mặt ông trùm Hoyt
Trong cuộc gặp mặt, Jason được Hoyt nhờ vả đi tra khảo một tên tù binh cứng đầu. Khi xuống phòng giam anh nhận ra đó chính là cậu em Riley Brody. Sam cố giúp họ bằng cách phá hỏng camera trong 30 giây để họ nói chuyện và khi camera hoạt động trở lại Jason bắt đầu đánh đập Riley thật sự đến khi cậu em bất tỉnh.
Hoyt hài lòng với thể hiện của Jason và mời anh cùng Sam đến chơi Poker vào lần sau. Nhân lúc này Sam và Jason tiến hành thực hiện phá hoại quân đội đánh thuê của Hoyt bằng hàng loạt cuộc tấn công giấu mặt phá hủy trạm thông tinh vệ tinh trên đảo cũng như trại xăng dầu dự trữ.
Tấn công phá hủy các công trình quan trọng của Hoyt
Vào ngày hẹn, Sam và Jason đến nhà riêng của Hoyt ngồi vào bàn Poker. Sau ván đầu tiên Hoyt rút dao đâm chết Sam và cho biết hắn biết Jason trà trộn vào đội quân của hắn từ lâu. Jason bị buộc phải chơi tiếp và sau vài ván thua Hoyt chặt một ngón tay của Jason.
Hoyt cố tình mang Riley ra để khiến Jason phân tâm
Cuối cùng hắn buộc Jason phải đấu dao cùng với hắn và cho biết hắn sẽ bán Riley sang Yemen cho một ông chủ có “sở thích đặc biệt” với các cậu trai trẻ. Trong tình trạng ảo giác Jason giết được Hoyt và tỉnh lại giữa căn phòng với xác của Hoyt và đám cận vệ nằm là liệt xung quanh.
Trong cơ điền cuồng Jason "làm cỏ" hết đám lính trong phòng lúc nào không hay
Jason chạy nhanh ra sân bay để dừng ngay chuyến bay chuyển Riley đi “giao hàng”, cả 2 thoát ra đường băng và Riley lấy được một trực thăng điều khiển nó chở Jason trở lại nhà của bác sĩ Earnhardt trên hòn đảo cũ. Tuy nhiên khi đến nơi ngôi nhà đã bị đốt cháy, ông bác sĩ nằm trên mặt đất với vết thương trí mạng. Trong hơi thở cuối cùng ông nói rằng người Rakyat đã tấn công và bắt tất cả đi.
Những lời cuối cùng của ông bác sĩ già tội nghiệp
Riley cùng Jason bay đến đền của Citra. Tại đây, Citra cho bắt giữ Riley và “thổi” cho Jason một liều bụi thuốc. Trong cơn mơ anh bước lên một con đường ảo giác bằng lửa và nghe những lời mắng mỏ từ các bóng ma mang hình Liza. Citra dâng cho anh con dao báu vật và anh tỉnh lại thấy mình đang kề dao vào cổ của Liza.
Tại đây người chơi sẽ có 2 lựa chọn là thả Liza và tất cả cùng trở về nhà hoặc giết Liza và tất cả bạn bè để đoạn tuyệt quá khứ cùng ở lại đảo với Citra.
+ Thả Liza: Jason quyết định cắt dây và thả Liza cùng mọi người. Citra thất vọng và trách anh tại sao từ bỏ con đường của một chiến binh mà chọn quay về với cuộc sống nhàm chán và tầm thường. Jason nói anh chán ghét tất cả những trò giết chóc này rồi. Dennis chạy từ dưới sân lên cho rằng Jason đã phụ lòng Citra và lao vào đâm anh nhưng Citra lao đến che một dao cho Jason. Citra trong hơi thở cuối vẫn van xin Jason ở lại, trong khi đó Dennis suy sụp vì lỡ tay giết chết Citra. Khung cảnh cuối cùng là con dao báu vật cắm lại trên bãi biển và con tàu chở nhóm Jason rời đi ở phía xa cùng những lời tự sự của Jason, tuy anh giết nhiều người nhưng đâu đó bên trong anh vẫn còn lại nhân tính.
+ Giết Liza: Jason cứa cổ Liza và nhận được hình xăm tatau cuối cùng thể hiện anh là chiến binh truyền thuyết của bộ tộc Rakyat. Cảnh kết diễn ra với màn Jason “nện” Citra một cách tích cực nhưng sau đó Citra bất ngờ đâm con dao vào ngực Jason. Cô nói rằng anh là chiến binh mạnh mẽ nhất và đứa con anh để lại sẽ thống lĩnh bộ tộc Rakyat. Còn Jason đã hoàn tất cuộc sống của một chiến binh và anh sẽ chết như một chiến binh. Jason trút hơi thở cuối cùng và khung cảnh con dao báu vật cắm trên bờ biển yên bình sóng vỗ kết thúc cốt truyện Far Cry 3.