Tiếp theo phần trước của cốt truyện Dragon Quest XI, sau khi Mordegon bị tiêu diệt và thế giới hòa bình trở lại, Hero cùng các đồng đội có thời gian rảnh để đi du ngoạn thế giới. Họ tìm đến một phế tích cổ là hòn đảo bay của các Watcher bị rơi xuống khi Mordegon phá hủy thế giới, ở đây Hero tìm được một văn tự cổ nói về một tòa tháp cổ xưa nằm bên rìa thế giới, nơi lưu giữ và điều khiển dòng thời gian. Bản văn tự cổ này cũng có nói nếu một người sở hữu sức mạnh Luminari cùng với thanh Sword of Shadow đi tới đây, kẻ đó sẽ có khả năng can thiệp vào dòng thời gian và trở về quá khứ.
Việc có thể quay ngược thời gian khiến mọi người nảy ra ý định trở về lúc mà Mordegon tấn công tại cây thần Yggdrasil trong cốt truyện Dragon Quest XI, nhờ đó mà Hero sẽ có thể ngăn chặn được hắn ta, sẽ không có ai phải chết nữa và Veronica cũng sống lại. Cả nhóm sau đó tìm được chiếc chìa khóa để mở cánh cổng đi vào tòa tháp thời gian, đây là nơi lưu trữ dòng thời gian của mọi sinh vật trên đời, được một thực thể gọi là Timekeeper canh giữ.
Sau khi biết được ý định muốn quay về quá khứ của Hero, Timekeeper cảnh báo anh rằng có thể mọi chuyện sẽ không được như mong muốn và Hero sẽ biến mất vĩnh viễn mà không thể trở lại được. Mặc dù vậy sau đó Hero vẫn quyết định phải xoay chuyển quá khứ, cũng như cứu Veronica sống lại, tất nhiên do chỉ có Hero sở hữu sức mạnh Luminari nên anh sẽ đi một mình.
Hero quay ngược về quá khứ trong cốt truyện Dragon Quest XI
Dòng thời gian đưa Hero ngược trở về ngày trước khi cả nhóm dùng sáu viên ngọc mở đường lên cây thần Yggdrasil, thanh kiếm Sword of Light bị phá hủy trong quá trình này, chỉ còn thanh Sword of Shadow là vẫn còn nguyên vẹn. Hero sau đó gặp lại party của mình với Veronica vẫn còn sống, mọi thứ sau đó diễn ra như bình thường, nhưng khi Jasper chuẩn bị đánh lén thì Hero nhờ đã biết trước nên phản đòn lại luôn chứ không bị động nữa.
Do thanh Sword of Shadow sở hữu sức mạnh bóng tối vượt trội hơn màn chắn của Jasper, nên lần này cả nhóm đã đánh bại được hắn chứ không thất bại như trước. Khi vua Carnelian (vẫn bị Mordegon điều khiển) cùng Hendrik tới nơi và nhận ra sự phản bội của Jasper, hắn đã bị Mordegon diệt khẩu trước khi kịp nói gì thêm.
Dragon Quest XI là minh chứng rõ ràng nhất cho câu nói có những thứ không cần thay đổi, vì bản thân nó vốn đã quá hoàn hảo ngay từ khi bắt đầu rồi.
Hero sau đó lấy lại thanh Sword of Light cũ, do đó Mordegon không dám làm liều tấn công mà đành phải đón Hero trở lại Heliodor để mở tiệc ăn mừng. Tại lâu đài Heliodor, Hero cũng gặp lại những người dân ở Cobblestone vừa được thả ra. Mordegon kiên nhẫn chờ tới tối hôm đó khi mọi người đã ngủ say mới tìm cách đánh cắp thanh Sword of Light, nhưng có thứ gì đó đã ngăn cản hắn. Cuối cùng Mordegon đành phải thoát ra khỏi lốt của vua Carnelian, lần này do không còn hút được sức mạnh từ Yggdrasil nữa nên hắn cực kỳ yếu và bị đánh bại dễ dàng. Trước lúc chết, Mordegon kịp nói không phải chỉ một mình Hero biết cách thao túng thời gian đâu.
Mordegon tại lâu đài Heliodor
Nhưng Mordegon bị tiêu diệt không phải là đã chấm hết, sinh vật kỳ lạ mà Hero thấy tại sa mạc Gallopolis lúc trước cũng đi ngược thời gian cùng với anh, lần này nó gọi Erdwin's lantern xuống thành công và hóa thành một thực thể khổng lồ che lấp bầu trời với năng lượng bóng tối mạnh gấp nhiều lần Mordegon. Trong lúc nhóm của Hero đang phân vân không hiểu chuyện gì xảy ra thì The Seer xuất hiện, bà ta chỉ dẫn mọi người hãy lên hòn đảo của các Watcher để có lời giải đáp.
Hero dùng cây sáo của Veronica gọi lại con cá voi Cetacea và bay lên hòn đảo của các Watcher, tại thì quá khứ này thì nó vẫn chưa bị phá hủy nên những Watcher lớn tuổi vẫn còn sống. Những Watcher này giải thích thực thể khổng lồ kia gọi là Calasmos – thứ đã từng xuất hiện trên thế giới từ thời cổ đại và đe dọa Yggdrasil. Chính Calasmos mới là Chúa tể bóng tối thực sự mà Luminari đời đầu Erdwin tìm cách đánh bại chứ không phải Mordegon, tuy vậy các Watcher cũng không biết làm sao để đánh bại Calasmos trong cốt truyện Dragon Quest XI.
Calasmos trong tranh vẽ của các Watcher
Chính vào lúc này thì The Seer xuất hiện, bà ta dùng sức mạnh của mình để tạo ra một ảo ảnh quá khứ giải thích cho Hero về Calasmos. Thực ra The Seer vốn là Morcant – một trong 4 người đi cùng và bạn thân nhất của Erdwin, trong trận chiến cuối cùng khi đã đánh bại được Calasmos, tâm trí của Morcant bị tha hóa bởi sức mạnh còn lại từ Calasmos, điều này làm ông ta bất ngờ phản bội giết chết Erdwin để tìm cách độc chiếm sức mạnh bóng tối của Calasmos.
Erdwin chết đi và sau đó Morcant (lúc này gọi là Mordegon) cũng mất tích luôn, 2 người đồng đội còn lại là Serenica và Drustan đành phải phong ấn phần còn lại của Calasmos vào ngôi sao Erdwin's lantern – đó là lý do tại sao về sau Mordegon mới phá hủy Erdwin's lantern để ngăn chặn Calasmos hồi sinh. Serenica và Drustan sau đó chia tay nhau, Drustan lập nên vương quốc chiến binh Zwaardsrust và tạo ra một mê cung ẩn chứa các báu vật của mình để chờ trao lại cho Luminari kế tiếp. Ở đoạn cuối game, Hero có thể gặp lại linh hồn của Drustan và vượt qua những thử thách của ông để lấy những món vũ khí mạnh nhất trong game.
The Seer và nhóm của Hero
Về phần Serenica thì vốn cô với Erdwin là người yêu, sau đó cô tình cờ đọc được những văn tự cổ nói về việc đi ngược thời gian, vì vậy Serenica đã tìm cách đi tới ngọn tháp thời gian để quay về cứu Erdwin. Rất tiếc là chỉ có sức mạnh của Luminari mới có thể làm điều này, Serenica tuyệt vọng chết đi và hóa thành Timekeeper canh giữ dòng thời gian như những gì mà chúng ta đã thấy.
Về phần Morcant thì sau khi biến thành Mordegon, một phần thiện trong tâm hồn ông ta theo thời gian dần lấy lại lý trí và tách ra thành The Seer. Tuy vậy The Seer không đủ khả năng để đánh bại Mordegon mà chỉ có thể dẫn dắt các Luminari kế tiếp, The Seer cho nhóm của Hero biết là chìa khóa đánh bại Calasmos có thể vẫn nằm trong tay Serenica và khuyên họ nên đến đó để tìm kiếm.
Morcant phản bội Erdwin trong cốt truyện Dragon Quest XI
Sau đó nhóm của Hero đến tòa tháp thời gian để gặp lại Timekeeper (Serenica), tuy cô ta không còn nhớ được bản thân là ai nhưng vẫn có thể truyền lại sức mạnh của mình vào cây sáo của Veronica. Nhờ đó mà hai chị em sinh đôi có thể đàn được bài nhạc tối thượng của các keeper, nó phủ lên người con cá voi Cetacea một lớp giáp để có thể xuyên thủng màn chắn của Calasmo – như cái cách mà Erdwin đã làm năm xưa trong cốt truyện Dragon Quest XI.
Tới đây thì mọi việc còn lại chỉ là cưỡi lên Cetecea và tiến tới đối đầu với Calasmo, nhưng do Hero đã quay ngược thời gian nên có một số chuyện buồn anh ta có thể thay đổi được, những thứ này chỉ là nhiệm vụ phụ không liên quan tới cốt truyện Dragon Quest XI chính nhưng Motgame cũng liệt kê ra đây luôn:
- Còn nhớ anh chàng Kai ở Lonalulu chứ, trong dòng thời gian này thì anh ta gặp được cô nàng Michelle trong một lần bị đắm tàu và yêu luôn ngay cái nhìn đầu tiên.
- Miko ở Hotto cứu được con trai mình thành công nhờ sự giúp đỡ của Hero, cả 2 mẹ con đều không ai bị sao.
- Cobblestone được xây dựng lại, Hero về sau lấy Gemma.
- Sylvando trở về Puerto Valor gặp cha mình, lần này thì anh ta cùng Hendrik đi làm thử thách của một hiệp sĩ và được cha mình công nhận.
- Hero dùng sức mạnh Luminari cứu Mia (em của Erik) thoát khỏi lời nguyền vàng.
Cetacea sau khi được phủ giáp
Với sức mạnh mới từ Cetacea, nhóm của Hero xuyên thủng qua lớp bảo vệ và đối mặt Calasmo. Trải qua một trận chiến dài hơi cuối cùng họ cũng đánh bại hắn và lần này đem lại hòa bình thực sự cho thế giới, Hero sau đó đã quay trở lại tòa tháp thời gian dùng sức mạnh Luminari biến Serenica trở lại nguyên trạng, sau đó anh truyền cho cô ta quyền năng Luminari cũng như thanh kiếm Sword of Light để Serenica có thể quay ngược thời gian tìm người yêu của mình – Erdwin.
Ở đoạn kết của cốt truyện Dragon Quest XI, Hero trở lại cây thần Yggdrasil để trao trả thanh kiếm Sword of Light, tại đây anh biết được hóa ra cây thần Yggdrasil nguyên bản là một con rồng thần – nó vốn đã từng đánh nhau với Calasmos nhưng thất bại. Khi con rồng thần này rơi xuống đất, thế giới mất đi ánh sáng và chìm trong bóng tối, về sau các Watcher đã dùng quyền năng của mình trao trả sức mạnh cho con rồng này và nó biến thành cây thần Yggdrasil, mãi mãi đứng đó bảo tồn sinh mệnh vạn vật.
Về phần Serenica thì cô ta cuối cùng cũng trở về quá khứ thành công và gặp lại Erdwin (còn chuyện có sống hạnh phúc mãi mãi hay không thì chưa biết), coi như mọi người trong cốt truyện Dragon Quest XI đều có kết thúc tốt đẹp, khép lại một tựa game đỉnh cao của dòng JRPG.
Serenica gặp lại Erdwin
Và đó là toàn bộ những gì trong cốt truyện Dragon Quest XI, nhưng dù sao nếu đọc tới dòng này thì hi vọng bạn đã hoàn thành xong tựa game nhập vai tuyệt hảo này, chứ nếu không thì coi như phí cả thời gian tận hưởng cốt truyện.