Sau khi nhìn Sam bị bắt đi như một người được chọn làm Himiko đời kế tiếp, cốt truyện Tomb Raider tiếp tục với hành trình của Lara giải thoát cho những người bạn khác và quay vào giải thoát cho Sam. Lúc này, Mathias và Sam đang ở trong đền. Khi Lara đột nhập vào trong, James Whitman cũng xuất hiện ở đó mà không chút thương tích. Cả hai gặp nhau và James đề nghị sẽ canh gác vòng ngoài cho Lara. Tiến sâu hơn vào trong, cô nàng bắt gặp Mathias và Sam đang cãi nhau rất kịch liệt. Trong khi Mathias và người của hắn tin rằng Sam là người được chọn, và cô chính là chìa khóa để tất cả cùng thoát ra khỏi hòn đảo này. Lẽ dĩ nhiên là Sam ra sức thoái thác việc đó và nói rằng mình không có gì đặc biệt.
Lợi dụng sơ hở, Lara bắn hạ tên lính, lấy lại được vũ khí và vừa đánh trả vừa hô to cho Sam chạy trước. Quá tức giận vì “người được chọn” trốn thoát, Mathias ra lệnh cho đốt sạch toàn bộ tòa lâu đài cùng với mọi thứ xung quanh đó. Cùng lúc, chiếc trực thăng cứu hộ cũng bay tới nhưng Lara có cảm giác có chuyện chẳng lành. Trực giác mách bảo cô rằng hình như có điều gì đó đang ngăn cản mọi người ở đây thoát ra khỏi hòn đảo này. Hoặc là do Lara Croft nhà ta không có số đi máy bay khi ngay sau đó chiếc trực thăng chở cô và Roth bị sét đánh trong cơn bão và rơi xuống phát nổ ngay lập tức. Roth và Lara thì không chết vì vụ nổ, nhưng kẻ thù lại không buông tha cho họ. Bọn chúng từ đâu túa ra tấn công cả hai và trong nỗ lực để bảo vệ Lara, Roth đã dính luôn một rìu vào người và ngã gục trước mặt cô. Việc mất đi ông thật sự là nỗi đau rất lớn không thể bù đắp được, một Lara Croft dũng mãnh, tả xung hữu đột thường ngày giờ chỉ bần thần một chỗ. Kể cả khi Reyes, người mà Roth yêu, trách móc và đổ lỗi cho cô về cái chết của Roth, cô cũng không nói lấy một lời.
Sau khi an táng cho Roth xong, Reyes và mọi người quyết định sẽ sửa lại con tàu vỏ thép tìm được bên trong đảo và rời khỏi đây, trong khi Lara vẫn còn thẫn thờ và hoang mang về những sự việc gần đây. Nếu chiếc thuyền là một tai nạn, thì không thể nào mà hai chiếc máy bay đều bị sét đánh một cách trùng hợp như vậy. Chắc chắn có gì đó bí ẩn, cụ thể đây hơn là một nguồn lực siêu nhiên của nữ thần Himoko đã ngăn chặn con người ta tìm cách rời khỏi nơi đây. Đây phải chăng cũng là lý do mà bọn người Mathias lại hành động như vậy và tỏ ra rất kính nể Sam khi nghĩ cô là “người được chọn”. Không còn cách nào khác, Lara lại tiếp tục chuyến phiêu lưu của mình để tìm ra lời giải, hay ít nhất là có thể tìm cách thoát khỏi đây.
Và Lara tiếp tục đi, cô tiếp tục tiến vào rừng và phát hiện ra thêm rất nhiều manh mối để củng cố cho giả thuyết của mình. Hàng tá những món đồ thuộc về Trung Hoa Đại Lục từ mấy thế kỷ trước chứng tỏ sứ giả của Trung Hoa đã từng đến đây và họ cũng mắc kẹt lại mãi trong cơn bão kỳ lạ kia. Nhiều công trình trình kiên cố còn sót lại trên đảo là của quân Nhật xây trong thời gian thế chiến II và cả bọn người kia hình như cũng là những kẻ trôi dạt lẻ tẻ lên đảo . Nhìn những công trình mà chúng xây dựng, chứng tỏ chúng cũng đã ở đây rất lâu rồi trước khi nhóm của Lara đến được đây. Đơn cử như hệ thống cáp treo đồ sộ mà Lara tìm thấy sau một hồi tìm kiếm. Lúc đó, Alex gọi cô quay lại với mọi người để cùng nhau sửa lại chiếc thuyền như kế hoạch đã bàn trước đó. Dự cảm không lành nên cô ra sức dặn dò Sam tìm cách thuyết phục mọi người đừng tìm cách rời khỏi đây trước khi mọi việc được sáng tỏ. Đương nhiên đường đi xuống của Lara không thể thiếu vài vật cản và vài kẻ phá bĩnh cho thêm phần thú vị rồi. Tính sơ sơ thì cuộc “dạo chơi” của Lara cũng kịp phá hủy một khu căn cứ của địch hoàn toàn luôn.
Xuống tới bãi biển, mọi người trừ Alex đang loay hoay sửa chữa máy móc và cần ròng rọc để hoàn thành vài công việc. Lara xung phong đi kiếm ròng rọc còn sót lại trên xác con tàu, nay được canh gác cực kỳ cẩn thận. Lấy về xong, lại biết được Alex đi mãi chưa thấy về, anh chàng đã đi rất lâu rồi. Bỗng có tiếng súng xen lẫn tiếng cầu cứu càng lúc càng gần. Mọi người chay ra thì thấy James Whitman lù lù xuất hiện (toàn xuất hiện lúc đáng ngờ). Lara thực sự không hề vui chút nào khi lão ta xuất hiện. Lật lại mọi chuyện, để ý một chút sẽ thấy mỗi lần có chuyện trọng đại xảy ra thì lão đều xuất hiện. Đặc biệt hơn là hắn xuất hiện ở những nơi rất sâu trong long địch mà không hề bị bắt, không chút xây xát thì quả thực rất đáng nghi ngờ. Được biết, Alex đã tìm cách xâm nhập vào một khu căn cứ của địch để có thêm vật dụng cho nhóm nên Lara ngay lập tức tiếp cận nơi đó. Anh chàng cũng có liên lạc lại nhưng khi nghe Lara đang trên đường tới hỗ trợ thì lại vô cùng ngập ngừng tựa như không muốn ai đến cả. Điều này càng làm Lara và mọi người nghi ngờ rằng anh chàng đã vướng phải một rắc rối nào rồi.
Và trong cuộc đi tìm này, Lara cũng phát hiện thêm những manh mối về nữ thần Himiko. Những món đồ chơi rất thông thường như búp bê, xe lửa bằng gỗ lại xuất hiện ở một nơi chiến sự như thế này. Hơn thế nữa, Lara còn tìm thấy vài trang nhật ký, cho thấy rằng có một đám trẻ được nuôi nấng bởi Himiko. Bề ngoài thì vị nữ thần rất yêu thương bọn trẻ, nhưng tình cảm này có đôi chút khác lạ. Như mô tả thì cách Nữ thần Mặt Trời nhìn chúng dị biệt vô cùng, như nhìn vào chính bản thân mình vậy. Chuyện gì xảy ra với bọn trẻ? Chúng đang ở đâu? Và mục đích của Himiko khi nuôi dưỡng chúng ngoài tình thương ra thì là gì? Có rất nhiều câu hỏi vẫn chưa có câu trả lời. Mà không chỉ mỗi nhóm của Lara, bọn lính ở đây cũng gần như phát điên vì không thể thoát khỏi hòn đảo này, đến mức chúng hạ sát lẫn nhau để cho lòng quân không hỗn loạn đi.
Alex tội nghiệp nhà ta bị mắc kẹt trong một đống đổ nát, và bị thương rất nặng. Khi Lara đến, anh chàng cũng biết được cả hai không thể nào thoát khỏi đây được rồi. Những gì anh chàng có thể làm là bảo vệ người con gái mình dành tình cảm, đưa hết dụng cụ cho cô rồi đẩy cô chạy đi, còn mình ở lại đoạn hậu. Chỉ đến khi Lara khóa chặt cổng lại, anh chàng mới quyết định nổ lựu đạn cùng chết với kẻ địch. Tất cả để đổi lại một nụ hôn tạm biệt.
Lại một người nữa vì cô mà bỏ mạng, Lara thẫn thờ quay lại bờ biển. Ai cũng đau buồn trước sự hy sinh của Alex. Reyes cũng không nhịn được mà giở giọng bóng gió trách móc Lara. Cũng đúng thôi, vừa mất đi người yêu, vừa mất thêm mọt người bạn thân thiết, Reyes cũng không thể không đau lòng mà làm vậy. Dù có đôi chút tranh cãi, nhưng tập trung vậy lại được là tốt rồi. Lara cũng quyết định sẽ tiếp tục tìm cách để hóa giải cơn bão này trong khi Reyes muốn sẽ sửa xong con thuyền và rời khỏi đây. Họ chia tay nhau từ đây.
Lara quyết định khám phá một lăng mộ cổ, sau khi cô tìm thấy những bản thảo của quân đội Nhật và Đức quốc xã khi bọn chúng muốn biến cơn bão này thành một loại vũ khí hủy diệt. Tiến sâu vào trong lăng, Lara phát hiện ra xác của một Samurai cao cấp. Ông có lẽ chính là vị tướng lãnh đạo bọn Oni và là cận vệ của Himiko, đã tự sát để cho quyền lực của Nữ thần Mặt trời vĩnh viễn ở lại nơi này. Từ đó, Lara biết được rằng muốn cơn bão chấm dứt, cô phải hủy diệt cái thân xác đang mục ruỗng của nữ thần đang nằm trong điện thờ kia.
Bỗng Reyes liên lạc và thông báo họ bị tấn công. Chúng đã bắt được Sam và James đi. Nghi ngờ của Lara càng lúc càng lớn và đúng là như vậy khi cô chính mắt nhìn thấy James đang cùng Mathias đang đưa Sam vào điện thờ để thực hiện nghi lễ. Lão James Whitman đã có thông đồng từ trước với bọn người của Mathias nhằm cứu vãn danh tiếng lẫn tiền bạc của mình bằng một cuốn tiểu thuyết đầy kịch tính và hấp dẫn. Lão còn không có ý định sẽ ra khỏi đây mà còn bỏ mặc sự sống chết của các thành viên khác. Chính James đã bán đứng Sam cho Mathias, lại còn muốn trực tiếp xem nghi lễ được thực hiện như thế nào. Nhưng hắn không ngờ rằng chính hắn cũng bị Mathias bán đứng khi bị đội quân Samurai Oni băm nát như tương. Âu đó cũng là quả báo mà hắn đáng phải nhận.
Trong khi bọn Oni còn đang mải ra tay với James, Mathias và Sam đã nhanh chóng chạy thẳng vào trong điện thờ. Lara đuổi theo và đó là lần đầu tiên cô thấy một đội quân Samurai với dáng hình kỳ lạ đang tổ chức một buổi lễ gì đó. Đó là người hay những oán linh không thể thoát khỏi đây thì chưa biết, nhưng biết chắc một điều đó là chúng không phải là đồng mình của mình. Lara vừa tìm cách đuổi theo Mathias, vừa tìm cách trốn thoát khỏi tay bọn Oni đó. Trên đường, cô đã vô tình khám phá ra được lăng mộ thật sự của Himiko, Nữ Thần Mặt trời huyền thoại và là khởi nguyên của mọi chuyện. Và sự thật nằm đằng sau đó còn kinh khủng hơn nữa: Nữ thần Mặt trời qua các thế hệ thực chất chỉ có một người là Himiko mà thôi. Bà ta có phép thuật và sử dụng thân xác các nữ tu sĩ trẻ để nhập vào mỗi khi thân xác cũ đã già nua qua thời gian không còn sử dụng nữa đó chính là bí mật sự bất tử của Himiko.
Mọi thứ chỉ tạm chấm dứt khi các nữ tu sĩ đã đồng loạt tự sát ngay trong nghi lễ, làm cho linh hồn Himiko bị kẹt lại trong thân xác thối rữa kia và sự thịnh nộ của bà đã gây nên cơn bão này nhằm không cho ai có thể thoát khỏi đây. Bọn người của Mathias thực chất cũng là đi tìm kiếm người thay thế để linh hồn bà ta có thể thoát ra. Chúng áp dụng nghi lễ truyền thống là treo một cô gái lên và đốt, nếu lửa bị thổi tắt một cách thần kỳ thì đó là người được chọn, còn không thì... coi như cô gái đó xui. Chúng thất bại không biết bao nhiêu lần cho tới khi Sam xuất hiện, bằng chứng là những xác chết thiêu bị treo lên mà Lara thấy trên đường đi. Là hậu duệ chính thống của tộc Yamatai, Sam chính là một vật chủ hoàn hảo nhất để linh hồn Himiko nhập vào và tiếp tục thống trị lần nữa, cũng chính vì vậy cô đồng nghĩa với chìa khóa về nhà duy nhất của bọn Mathias.
Khi đuổi kịp Mathias thì Sam đã bị treo lên giá làm vật tế, không để cho người bạn mình bị chiếm mất thân thể, Lara lao ra đối đầu với Mathias. Hai bên lao vào quần thảo nhau một hồi trước khi lão ngã gục trước họng súng của Lara. Cô phá hủy cái xác, tạo nên một vụ nổ đẩy văng cả cô và Sam đi ngay trước khi linh hồn của Himiko kịp chiếm lấy thể xác của Sam. Himiko đã chết, lời nguyền cũng bị hủy bỏ, ánh sáng mặt trời cuối cùng cũng đã chiếu rọi lên hòn đảo đã biết bao lâu rồi không được cảm nhận. Giông bão đã tan, mối nguy hiểm cũng đã biến mất. Tất cả mọi người đều an toàn rời khỏi nơi này, để lại một bí ẩn của vùng Tam Giác Rồng này mãi chìm sâu vào dĩ vãng.
Riêng Lara, cô đã trải qua nhiều biến cố tại nơi này, lần đầu tiên giết một mạng người và chịu đủ mọi quăng quật cũng như thương tích trong điều kiện phải sống sót bằng mọi giá. Lara Croft đang dần đi theo bước chân của cah mình trở thành một nhà thám hiểm cự phách có thể sinh tồn trong mọi điều kiện. Tuy vậy, cốt truyện của Tomb Raider vẫn chưa thể gọi là đi vào nội dung chính. Phần cốt truyện đầu tiên này chỉ có thể xem như lời giải thích cho sự xuất hiện của một Lara Croft mạnh mẽ từng trải, bi kịch thực sự của cô sẽ diễn ra trong phần 2: Rise of the Tomb Raider. Mọt game sẽ tiếp tục giới thiệu đến các bạn trong bài kế tiếp, hãy tiếp tục đón xem nhé!