Cốt truyện Sekiro: Shadows Die Twice cũng khá là rắc rối và nhiều chi tiết ẩn mà người chơi ngay lần đầu khó có thể tìm hiểu hết, chính vì vậy mà nó có tới 4 kết thúc khác nhau tùy thuộc lựa chọn cuối cùng. Sekiro không chỉ là một cái tên mà còn là danh hiệu mà nhân vật chính có được, nó đi theo tên nhẫn giả này suốt cuộc đời chìm trong chiến đấu và giết chóc, không có một kẻ thù nào đủ sức để đối đầu cùng Sekiro - kể cả là chiến sĩ mạnh nhất thời đại đó. Tuy vậy sự bất tử không phải là món quà mà nó là gánh nặng của người tiếp nhận, một cuộc sống không có hạnh phúc phải luôn luôn lo sợ và bỏ trốn, chính vì vậy mà Sekiro rất sẵn lòng giúp chủ nhân của mình từ bỏ nó.