Trước khi đến với những gì diễn ra ở cốt truyện Metro Exodus, hãy cùng tóm lược qua những việc đã xảy ra trong tiểu thuyết Metro 2035 ra mắt vào năm 2016 mà Metro Exodus có thể nói là một hậu bản được dựa trên một cách không hoàn toàn trọn vẹn vì có vài chi tiết về sau đã được thay đổi lại. Quyển tiểu thuyết cũng không hẳn là một câu chuyện được đưa ra trực tiếp ngay sau Metro Last Light, mà cũng chỉ dựa trên vài chi tiết của Metro Last Light, vì giữa tiểu thuyết và game Metro chỉ dựa trên nhau là nhiều chứ không cùng diễn ra trong một dòng thời gian chính thức.
Artyom về sau đã cưới Anna, và bọn họ cùng nhau chung sống ở khu vực nhà cũ của Artyom ở Exhibition dù Miller- cha của Anna không thật sự đồng ý. Lẽ ra họ đã có thể có một cuộc sống “bình thường” như những người khác ở Metro khi mà SPARTA và Hội đồng Hansa nói chung cũng có một liên minh ổn định, còn bọn Phát Xít và Đỏ thì đang lâm vào rất nhiều khó khăn sau những sự kiện ở Last Light dẫu vẫn đối đầu nhau, nhưng Artyom vẫn còn một tham vọng lớn. Artyom nhớ rằng khi mình leo lên tòa tháp Ostankino để đặt hệ thống định vị tên lửa, anh đã nghe trong radio của mình có tín hiệu từ một nơi khác ngoài Moscow, dù như theo những gì được truyền tụng với nhau ở Metro là cả thế giới đã chết cả rồi, có khi Moscow là nơi sống sót cuối cùng.
Niềm tin này đã khiến cho Artyom với mọi người ở Metro từ một anh hùng- một huyền thoại sống với cuộc chiến với bọn Dark One trở thành một tên điên loạn, ngông cuồng khi cho rằng vẫn còn “một thế giới khác” ở ngoài kia. Artyom như để chứng minh đã liên tục đi lên mặt đất, cố gắng tìm thêm một tín hiệu nào đó khác nhưng hoàn toàn thất bại. Thậm chí, việc liên tục đi lên mặt đất đã khiến cho Artyom bị nhiễm quá nhiều phóng xạ, cơ thể trở nên yếu ớt và có một cuộc sống gia đình không hề hạnh phúc với Anna vì họ không thể có con, chưa kể Artyom còn suýt chết vài lần càng khiến cho Anna thêm nổi giận và họ xem như ly thân một thời gian. Sau đó, Artyom lại đi nghe lời những cá thể bảo rằng họ tin Artyom vì chính họ đã từng có liên lạc với thế giới bên ngoài, cụ thể là một người tên Homer đã muốn trao đổi thông tin đó với Artyom để mà viết một cuốn sách về Dark One, Artyom đồng ý kể cho Homer nghe về trải nghiệm của mình nếu như Artyom được gặp người có thông tin về thế giới bên ngoài.
Tuy nhiên, việc này đã khiến cho Artyom phải dính vào một “cuộc phiêu lưu” mới và tiếp tục dính vào mớ bòng bong giữa bọn Phát Xít và quân Đỏ. Artyom đã phải trao đổi với một tên Phát Xít là Dietmar cài bom cho một cuộc phục kích của quân Phát Xít vào quân Đỏ để có thể đến được nơi cần thiết vốn dĩ nằm trong địa phận của quân Đỏ để gặp người có tin cho mình. Tuy nhiên, người đó đã bị chính quân Đỏ bắn chết ngay khi Artyom vừa đến. Nằm giữa trận địa bị kẹt giữa quân Đỏ và quân Phát Xít, Artyom lạc mất Homer và may mắn thoát được, nhưng bị ép phải lên mặt đất mà không có đồ bảo vệ. Artyom chỉ may mắn thoát chết khi cố đi đến Polis và được chính quân Miller cấp cứu do họ đang trên đường gửi công văn đến quân Phát Xít.
Vì sự việc này, Miller bảo Artyom hãy rời bỏ Anna hoàn toàn vì hạnh phúc của con gái mình, và Artyom đồng ý, với điều kiện Artyom sẽ là người đưa công văn đó và bỏ đi hẳn. Nhưng xui thay, công văn không được gửi, còn Artyom sau khi đã “giúp” quân Phát XÍt rồi lại bị phản bội và bắt làm tù binh nô lệ, và thậm chí còn là những con tốt thí bị đem ra làm mồi cho những nô lệ đói khát của quân Đỏ.
Artyom cũng lại thoát được, và yêu một cô gái làng chơi tên là Sasha. Artyom ở bên Sasha một thời gian một phần cũng để hồi phục thể trạng của mình, không lâu sau đó lại có liên lạc với một người tên Savelij và một lính SPARTA là Lyokha để trinh sát mặt đất và tiếp tục tìm thêm các tín hiệu ngoài Moscow. Tất cả bọn họ tìm thấy những tháp tín hiệu với những thiết bị ngăn chặn sóng radio đến từ bên ngoài. Artyom cũng gặp một đồng đội cũ của mình là Letyaga, chính Letyaga ngăn cản Artyom đừng phá các thiết bị chặn sóng này để tránh rút dây động rừng vì anh biết sự thật rằng Moscow đang bị cô lập với thế giới bên ngoài. Artyom quay về với Miller để biết rằng Miller đã nói dối Artyom hoàn toàn, ông biết rất rõ thế giới vẫn còn sống, nhưng có một thế lực ngầm đã muốn SPARTA và Hansa che giấu thông tin này cốt yếu để bảo vệ Moscow khỏi phương Tây vì… cuộc chiến vẫn còn tiếp diễn. Nhưng Miller sau khi đã thừa nhận, phục chức cho Artyom đã ra lệnh cho chính quân mình giết Artyom bịt đầu mối, và Artyom cũng phát hiện ra Miller có một sự liên quân với quân Đỏ. Letyaga đã giúp Artyom trốn thoát.
Artyom thoát được, dẫu cho Savelij đã hy sinh, và Artyom tìm về với Sasha. Vì tình yêu, Artyom muốn “giải thoát” Sasha khỏi ma cô của mình là Bessolov. Và một cú twist diễn ra: Tóm tắt ngắn gọn, Bessolov thật ra là một thành viên của hội kín mang tên “Những kẻ canh gác vô hình”, vốn dĩ là những tàn dư của chính phủ Nga trước chiến tranh, và là thế lực ngầm điều khiển tất cả các hội nhóm ở Metro, tất cả những xung đột hay lệnh để khiến Metro phải chiến đấu với nhau, phải bị cô lập khỏi thế giới đều do một tay hội này sắp đặt, nhưng hội này vốn chỉ là một huyền thoại của Metro như Illuminati vậy.
Hắn đã dụ dỗ Artyom làm việc cho mình, nhưng Artyom không đồng ý, hứa sẽ vạch trần cả hội này dù Bessolov đã đe dọa rằng những điều do chính hội tuyên truyền khắp cả Moscow đã làm người ta mụ mị hoàn toàn, còn Artyom sẽ chỉ mãi là một thằng điên khi nói những điều ngược lại. Artyom cũng tìm đến Sasha để dẫn cô đi với mình, nhưng Sasha không đồng ý vì cô thuộc về Bessolov và yêu hắn. Artyom quay về Polis để đối mặt với cả hội đồng nhưng bị bắt giam cùng với Lyokha, Letyaga và Homer và bị đem ra tòa án binh. Artyom và Letyaga không quy phục, vạch trần bộ mặt của cả thế giới Metro, việc Miller đang ngầm tiếp tế cho bọn Đỏ, khiến cho cả nội bộ Polis trở nên cực kỳ hỗn loạn, và Artyom sau đó bị ép phải quy hàng khi chính quân Miller bắn chết Letyaga ngay tại tòa và bắt Anna làm con tin gây áp lực cho anh.
Artyom muốn Lyokha và Homer tiếp tục giúp mình bắt và vạch mặt Bessolov, nhưng kết quả Lyokha chính là nội gián của Bessolov, còn Homer đã được giao là phải viết về Artyom và Dark Ones vì Polis đã yêu cầu ông ta làm vậy để được sống. Polis khi ấy cũng tuyên bố chỉ cho chính nơi của mình rằng thật sự có một thế giới khác ngoài kia nhưng chúng cũng chỉ là những mối hiểm họa khác mà thôi, và Polis sẽ làm tất cả để bảo vệ và khiến mọi người đoàn kết. Cảm thấy bị phản bội, thậm chí còn thêm vài lần bị ám sát và Exhibition bị Hansa đe dọa bị cô lập, Artyom quyết định sẽ rời xa Moscow để đi tìm sự sống ngoài kia, anh kêu gọi cả cha nuôi của mình và Exhibition đi theo, nhưng ai cũng sợ hãi Artyom và chỉ còn Anna là người tin tưởng Artyom tuyệt đối dù ban đầu chính cô cũng không tin chồng mình. Câu chuyện kết thúc khi Artyom và Anna rời đi, Bessolov và Lyokha cho rằng Artyom giờ đây chẳng còn là một mối hiểm họa nữa.
Metro Exodus được xem như một hậu bản lẫn dựa trên Metro 2035 khi cũng diễn ra ở thời điểm cùng năm trong dòng thời gian của series game Metro. Tuy nhiên, có lẽ Metro Exodus chỉ lấy những sự kiện ở khoảng 1/3 đầu tiên của Metro 2035. Và khác với những âm mưu đen tối của 2035 để khiến cho con người bị mụ mị và cô lập khỏi thế giới, cái từ Exodus gợi nhớ lại từ thời xa xưa khi người Israel cổ đại đã rời khỏi Ai Cập cổ đại, mở ra cả một thế giới hoàn toàn mới.
Mọi thứ bắt đầu khi Artyom cũng trên mặt đất đang đi tìm thông tin trên radio và quay trở về nhà nhưng bị phóng xạ làm cho bất tỉnh. Miller liên tục chỉ trích Artyom do quá điên khùng đi tin vào việc còn người sống ở ngoài kia. Artyom và Anna được Miller ra lệnh cho bị tách biệt khỏi Exhibition, đến ở Polis khi làm nhiệm vụ đào tạo quân nhân mới với cuộc sống “sung sướng” hơn. Đoạn mở đầu khi Artyom tỉnh dậy và tương tác với thế giới xung quanh, một số người cũng đã nói xấu sau lưng Artyom rằng đã tiêm nhiễm thứ suy nghĩ lệch lạc vào đầu của con họ, khiến chúng tin rằng có thể lên mặt đất mà sống, thậm chí có chút muốn xa lánh Artyom dẫu cho anh là một anh hùng. Có thể thấy ít nhiều những yếu tố của Metro 2035 đã có từng diễn ra trước.
Tuy vậy, Anna vẫn tin Artyom một lần cuối cùng khi đi lên mặt đất cùng chồng để tìm thêm tín hiệu radio nhưng lại bất thành và họ thiểu não quay về, với việc Anna động viên chồng về cuộc sống bình thường và Artyom bình yên, dẫu cô cũng mơ ước được sống ở một bờ biển thơ mộng, trong lành với ánh mặt trời trên mặt đất. Tuy nhiên, bất ngờ rằng họ thấy một tàu hỏa trên mặt đất còn hoạt động, và họ cố bám theo nhưng bị quân Hansa bắt được. Trên xe đó còn có cả hai người dân tự nhận họ đến Moscow tìm người thân, khiến Anna hoàn toàn bất ngờ: Có sự sống bên ngoài Moscow, Artyom đã hoàn toàn đúng. Thế nhưng, họ bị xử tử, còn Artyom và Anna do là quân của Miller nên chỉ tạm thời bị bắt, Artyom không khuất phục đã cố cứu họ và cũng bị giết bỏ, Anna bị đem đến căn cứ của chúng.
Artyom may mắn thoát chết do viên đạn bắn trúng thẻ tên của anh, Artyom đột nhập vào căn cứ Hansa để cứu Anna với sự trợ giúp của lão thợ máy và lái tàu Yermak. Anna và Artyom vô tình đã phá nát cả hệ thống máy tính của căn cứ ấy, và phát hiện ra cả căn cứ là một máy chặn sóng khổng lồ, việc máy tính hỏng đã khiến Anna nhận thấy sự sống không chỉ còn ở Nga mà còn ở trên toàn thế giới. Trưởng đồn căn cứ đó mới chỉ trích Anna và Artyom là ngu ngốc, việc chặn sóng cô lập này là để bảo vệ cả nước Nga, vì cuộc chiến vẫn còn tiếp diễn trên phạm vi thế giới suốt 20 năm nay, và nếu kẻ thù biết thủ đô Moscow vẫn còn sống sót thì có thể một cuộc thả bom hạt nhân nữa sẽ xảy ra.
Artyom, Anna và Yermak tính dùng đầu tàu hỏa kia để trốn khỏi căn cứ, và họ phải chiến đấu dữ dội để thoát vòng vây. Mỉa mai thay Anna và Artyom bị đuổi theo bắt lại bởi… chính Miller. Miller khi nhận ra đó là gia đình mình, cũng như bị vạch mặt nói dối, ông đã giúp tất cả cùng quân mình tẩu thoát khỏi quân Hansa đang đuổi theo bằng một con tàu thiết giáp mạnh mẽ hơn rất nhiều khiến Artyom phải nhảy qua và đặt bom vào đầu máy để khiến nó dừng lại để tất cả cùng chạy thoát khỏi Moscow. Anna cực kỳ giận dữ đối mặt với Miller vì chồng mình suýt chết bao lần vì sự thật mà Miller và cả Hội đồng đã che giấu, Miller giải thích cho biết chính ông cũng mới biết về sự thật về thế giới và phải nhận lệnh che giấu từ Hansa ít lâu mà thôi, và ông biết Artyom đã đúng nên ông cũng muốn Artyom không phải tự hành hạ bản thân. Nhưng rồi thì tất cả cũng đã ở phía sau, muốn quay trở lại Moscow mà không bị trừng phạt gì cũng không được, thôi thì cả gia đình cùng nhau đi tìm miền đất hứa mới, tìm nơi để người dân Moscow có thể được sống thật sự, thoát khỏi những phóng xạ và cả những hiểm nguy tiềm tàng từ những đường hầm cũ kỹ.
Cả đội bao gồm các thành viên như sau: Artyom, Anna, Miller, Yermak lái tàu, Tokarev người quản lý vũ khí, Sam là người Mỹ nhưng vốn là người của sứ quán Mỹ tại Nga, Damir là quân y người gốc Á, Idiot mỉa mai thay là người có học thức nhất cả đội, Duke trẻ trung hăng máu muốn chứng minh bản thân muốn về với hôn thê của mình, Stepan đầy chất nghệ sĩ, Alyosha với tinh thần phiêu lưu để tìm những cô gái xinh đẹp. Họ cùng nhau uống mừng đặt tên con tàu của mình là Aurora- Dựa trên tên một chiến hạm trong Cách Mạng tháng 10 Nga, và cũng là tên của nữ thần bình minh Aurora của La Mã như thể họ sẽ ra đi tìm thấy một khởi đầu sáng sủa hơn trong tương lai.
Nhưng rồi chặng dừng đầu tiên cũng chẳng hề gọi là tốt đẹp. Họ đến được bên bờ sông Volga, nhưng con tàu bị người dân địa phương dùng rào chắn lại khiến nó lao vào và bị hư hỏng. Artyom và Anna được lệnh đi dọ thám vì tất cả phát hiện có một nhà thờ vẫn đang hoạt động ở một cồn đất giữa lòng sông. Artyom chèo thuyền đến đó, được “chào đón” nhưng rồi bị giam lại. Thì ra nơi đó thuộc về một hội cuồng tín của một gã tên Silantius với niềm tin rằng những đồ vật công nghệ điện là thứ tà thuật của quỷ dữ vì nó đã khiến thế giới sụp đổ, khiến các sinh vật đột biến- với “thần linh” của chúng là con Tsar Fish- nhìn có vẻ là một con cá trê đột biến khổng lồ hùng cứ tại lòng sông Volga, đồ dùng điện là đồ vật của quỷ dữ và bất cứ ai sử dụng đều bị cho là ngoại đạo, những nhười từ phương khác đến đây cũng bị bắt nhốt, trong đó có hai mẹ con là Katya và Natsya đã bị giam giữ cả năm. Artyom đã cố gắng cứu được hai mẹ con và tìm cách thoát khỏi nhà thờ, dù bị truy lùng bởi đội quân vũ trang của Silantius và vô tình bị con Tsar Fish tấn công trên bè khi cố trở về tàu.
Katya đã báo cho cả đội biết về việc Silantius cũng đã chiếm được cây cầu bắt qua sông để rời khỏi khu vực này, có đoàn tàu cũng chỉ vô dụng. Katya cũng cho biết thêm có một kỹ sư khác tên là Krest bất đồng với Silantius cũng đang ở gần đấy, có thể sẽ giúp được họ sửa tàu. Artyom thuyết phục được Krest giúp đỡ cho mình, nhưng lại hay tin rằng Anna đi dọ thám gần đó đã bị mất liên lạc, Miller vô cùng lo lắng và Artyom cũng tức tốc đi tìm vợ mình. Anna đã bị rớt xuống một boong-ke đầy khí độc và là ổ của một bọn mutant. Artyom giải thoát cho vợ mình, nhưng Anna vẫn có vẻ không ổn vì đã hít một lượng khí độc quá nhiều.
Artyom quay lại tàu cùng vợ thì được Miller kêu gọi lên bàn bạc việc có nên đưa Katya và Natsya đi cùng theo cả đoàn hay không, vì thức ăn cũng không quá nhiều và đầu tàu cũng quá chật chội, với Stepan là người phản ứng dữ dội nhất. Krest khi ấy mới nhớ đến những toa hành khách bị kẹt lại ở trạm đốc tàu bị một băng cướp địa phương chiếm được. Tệ hơn, trước đó Artyom cần một đầu kéo kẹt ở hang ổ của con Tsar Fish khiến Artyom phải gặp rất nhiều khó khăn để cướp lấy được cả hai thứ. Sau khi nối tàu cho mọi người có chỗ ăn ở, việc cuối cùng là phải chiếm được cầu để mở đường thoát khỏi Volga. Để làm việc này thì cả đội đã lên kế hoạch là chiếm một thuyền chở hàng giao dịch có thể tiếp cận được khu vực cây cầu, Artyom và Duke sau đó sẽ lẻn vào đối mặt với Silantius và ép hắn mở đường cho tàu Aurora đi qua.
Ở Metro Exodus, mỗi màn chơi lớn sẽ có những nhiệm vụ phụ cũng như hệ thống đạo đức trong những việc làm của Artyom sẽ cho ra những kết quả khác nhau sau từng màn lên đoàn tàu Aurora vả ảnh hưởng đến cả kết thúc cuối cùng của cả game. Những nhiệm vụ lẫn hệ thống đạo đức này có thể bao gồm giải cứu những tù binh, giúp đỡ thu nhặt điều gì đó, và đồng thời việc có giết nhiều người hay không cũng có ảnh hưởng lớn, và xét ra nó không bị quá phức tạp như ở hai phiên bản 2033 và Last Light. Ở Volga, có thể sẽ có hai kết thúc:
Ở giữa những màn chơi lớn là những cảnh trên đoàn tàu Aurora giúp cho người chơi thêm nhiều sự tương tác với các nhân vật, khiến nhịp game chậm lại hơn và càng làm cho sự kết nối trong hành trình phiêu lưu tốt hơn. Những lần ôm nhau tâm tình giữa Anna và Artyom về những việc đã xảy ra, Stepan và Katya bắt đầu nói chuyện với nhau nhiều hơn và dần dần có tình cảm với nhau, các anh em khác thì cùng nhau bàn bạc về những hoàn cảnh và ước mơ của mình. Ra hút một điếu thuốc, ngồi uống một ly rượu, mở radio hay ngồi chơi đàn cũng là những điều tuy đơn giản mà lại càng làm cho mọi người khắng khít hơn.
Cũng lúc này thì Miller đã bắt được tín hiệu từ Yamantau, vốn dĩ là căn cứ địa cuối cùng của những người đứng đầu chính phủ Nga trước khi chiến tranh xảy ra. Miller khi nhận được tín hiệu đã rất vui mừng vì có thể báo cáo về tình hình Moscow để giúp đỡ những người dân ở đó, và đồng thời xin thêm viện trợ cho hành trình của mình.
Thế nhưng, Yamantau lại im lặng một cách đáng sợ, dẫu cho xung quanh đầy xác phương tiện di chuyển đến đây có le cũng để xin viện trợ, nhưng Miller vẫn tự tin mọi thứ vẫn ổn. Kết quả, Artyom, Anna và Miller bị mai phục và bắt giữ bởi chính nhưng người đứng đầu của mình. Hóa ra, bọn chúng đã trở thành những kẻ ăn thịt người theo nghĩa đen, tất cả những ai đã từng tìm đến chúng để giúp đỡ đều đã bị ăn thịt hết. Chúng đang tính làm thịt cả ba người thì Anna do ảnh hưởng khí độc đã ho rất nhiều, khiến cho gã bác sĩ đứng đầu nơi này đem Anna đi để khám cho kỹ. May mắn thay, Sam, Krest và Idiot vốn đứng canh gác ở ngoài cảm thấy điều không lành đã đột nhập vào và giải thoát cho Artyom với Miller.
Miller chia quân ra, phần thì tìm trung tâm điều khiển, phần thì đi tìm Anna. Artyom chiến đấu và tìm đến khu vực y tế và tìm được Anna đang bị trói ở đó, nhưng Artyom bị lão bác sĩ mai phục, may thay Anna cũng thoát ra và giết hắn. Trước khi chết, hắn có nói vài lời liên quan đến bệnh của Anna nhưng cô gạt phắt đi. Tất cả hội lại với nhau ở trung tâm điều khiển và vì bọn họ đang cần biết mức độ phóng xạ ở các nơi như thế nào, và họ phát hiện ra một trung tâm chụp hình vệ tinh ở Biển Capsi, hồ nước lớn nhất thế giới, và cũng gần Kazaskhstan quê của Damir. Cùng lúc đó họ trốn thoát khỏi Yamantau khi lũ ăn thịt người đói khát tấn công dữ dội.
Khi họ đến khu vực Biển Caspi, thì đã là mùa hè và nơi hồ nước lớn nhất ngày nào sau chiến tranh chỉ còn là một hoang mạc khô cằn đói khát. Cái nóng đã khiến cho một số người lính bị sốc nhiệt, và nước dự trữ cũng không còn đủ cho cả đoàn. Khi họ mới đến đây thì đã bị một chiếc xe dọ thám bắt gặp, nên Artyom cũng đi tìm hiểu, và cũng suýt bị tên chủ xe đó mai phục thành công. Cũng nhờ vậy mà trên sóng radio của chiếc xe đã cho Artyom cũng như tất cả biết về cách tuyên truyền của kẻ đang đứng đầu khu vực này tự xưng là The Baron thành lập đội quân Munai-bailer, nắm hết trữ lượng dầu mỏ và nguồn nước của nơi này, và đã bắt rất nhiều người làm nô lệ.
Miller đã báo cho Artyom biết về một nữ xạ thủ địa phương là Giul đang làm phản chống lại The Baron và bọn Munai-bailer, đồng thời cô ta cũng biết rất rõ khu vực này để giúp cho Artyom có thể đến với trạm vệ tinh. Giul biết rất rõ trạm ấy bởi vì cha mẹ cô đã từng làm việc và thậm chí đã chết ở trong đó khi bom hạt nhân xảy ra. Còn giờ đây nơi này đã trở thành tổ của bọn nhện đột biến sợ ánh sáng giống với loài ở Moscow. Sau khi lấy được bản đồ, Artyom và Anna cũng sắp xếp được một cứ địa riêng để quan sát những việc làm của gã Baron và bọn cướp ở khu vực này, và có thể sẽ giải thoát các tù binh hoặc hạ những tháp canh để tránh cho tàu bị mai phục.
Việc thiếu hụt nước và sức khỏe của cả đội ngày càng trở nên trầm trọng hơn, nhiên liệu để đi tiếp cũng dần cạn kiệt. Rất may là đầu máy này vừa có thể chạy cả than và xăng dầu, nhưng điều này cũng đồng nghĩa với việc phải đánh cướp từ kho nước và dầu mỏ của lão Baron, và nước chính là thứ quan trọng nhất lúc này cho tất cả. Damir và Artyom đột nhập vào khu vực giếng nước của Baron và cướp được một xe chở nước đem về tàu Aurora, thế nhưng bọn họ bị quân The Baron đuổi đánh và phải cố thủ để bảo vệ xe bồn chứa lẫn Aurora, may mắn không có thiệt hại lớn. Chỉ còn điều cuối cùng chính là nhiên liệu, và muốn làm điều này phải đến thẳng căn cứ của lão Baron. Tuy nhiên, nếu như Artyom đã không sát hại tên chủ xe ban đầu, hắn sẽ đến gặp Artyom và tự xưng là Saul, và cho biết rằng đó không phải là Baron thật, còn Baron thật đã bị phế truất và giờ chỉ là một lão già mất trí.
Giul, Damir và Artyom đã tìm đến pháo đài của lão Baron, Damir thậm chí hạ được lính canh khu vực tàu chở dầu nhưng không ngờ chính hắn đã biết về việc này và “đón tiếp” Artyom lên gặp mặt hắn trực tiếp. Hắn nói với Artyom về việc mình phải làm những điều này, dẫu cho rằng có độc ác nhưng là cần thiết để thiết lập trật tự trong thời buổi hỗn loạn. Ngay lập tức, Giul xông vào định ám sát Baron nhưng bất thành họ buộc phải thực hiện kế hoạch B khi Anna đã từ xa bắn vào lão Baron để cứu Giul, đồng thời Giul cũng đã lén lắp đặt thuốc nổ khắp pháo đài và cho nổ tung nó, dọn đường để Aurora có thể lấy được khoang nhiên liệu. Artyom cũng sẽ đu dây để đến được với Anna đứng ở tháp đối diện đang lo lắng chờ đợi chồng mình.
Nhờ vào bản đồ, bọn họ nhìn thấy khu vực Taiga là một nơi có địa thế tốt và ít phóng xạ, thế nên tàu Aurora hướng đến đó. Thêm nữa, trên tàu Aurora lại có tin vui đó chính là Stepan và Katya đã chính thức đến với nhau,và một tiệc cưới nhỏ được diễn ra. Tuy nhiên, tin vui mới đến đã có tin xấu, đó là Anna thật sự phát bệnh và thổ huyết, khí độc ngày nào đã trở thành mối họa lớn. Anna đã sớm biết từ trước khi lão bác sĩ ở Yamantau đã nói Anna chỉ còn vài tháng để sống mà thôi, nhưng Anna vì sợ mọi người mất tinh thần đã giấu đi. Katya khi ấy mới nhớ ra về một loại thuốc có thể trị được bệnh mà Anna đang mắc phải, và nó đang ở Novosibirk. Tuy nhiên Miller đang nghĩ về việc không khí trong lành ở Taiga có thể sẽ giúp cho Anna đỡ hơn, nếu mọi thứ quá tệ thì họ sẽ di chuyển đến Novosibirk sau để tìm thuốc.
Miller sai Alyosha và Artyom đi trước đến khu vực đảo này để dọ thám và không bị bất ngờ bởi những hội nhóm địa phương nữa. Tuy nhiên Artyom và Alyosha đã gặp một tai nạn khi núi sạc lở và rớt xuống lòng sông, nhưng lại được một người phụ nữ địa phương ở nơi đây cứu. Dĩ nhiên, cũng như những nơi khác, nơi đây không hoàn toàn chào đón những kẻ lạ mặt, thế nên Artyom khi đã mất hết dụng cụ cho bị cướp đi chỉ còn một cây nỏ để phòng thân. Qua những cuộc nói chuyện và những lần đụng độ với họ, Artyom biết rằng ở nơi đây bị chia ra thành hai phe khác nhau nhưng vốn dĩ cùng chung một góc. Ngoài ra, khu vực thung lũng này còn là vùng đất của một con gấu đột biến khổng lồ được tôn làm Thần Rừng bảo vệ cả Taiga, và hễ ai có ý ác ôn đều bị nó trừng trị.
Khi lẻn qua khu làng của Children of the Forest, Artyom cũng nghe được tin rằng Alyosha cũng đã bị bắt lại nhưng trốn thoát được về hướng một nhà thờ cũ gần đó. Tuy nhiên, để đến nơi thì Artyom cũng đã phải chiến đấu với con gấu kia lần đầu ở ngay sân nhà thờ, đuổi nó bỏ chạy trước khi leo lên đỉnh tháp và gặp lại người phụ nữ đã giúp đỡ mình. Cô kể cho Artyom nghe về nguồn gốc nơi này: Tất cả đều là môn đồ của một bộ lạc gọi là Children of the Forest, từng được dẫn dắt bởi một người được gọi là The Teacher và dạy cho họ việc sinh tồn thuận theo thiên nhiên, nhưng các môn đồ lại chia ra thành hai phái là Pioneer- theo chủ nghĩa ôn hòa chỉ muốn sống biệt lập và phản ứng tự vệ khi cần thiết, và Pirate- theo chủ nghĩa cực đoan khi đánh cướp và hại bất kỳ ai xâm phạm lãnh thổ, đặc biệt là khi vùng đất này cũng đang bị bọn cướp tìm đến hoành hành và bắt giết người của họ. Cô cũng nói rằng mình đã giúp Alyosha trốn thoát vì biết anh ta không hề có ý xấu và cũng có chút tình cảm với anh, nhưng Alyosha đã di chuyển về phía một con đập bảo vệ nơi này, Artyom phải đi qua nơi chiếm đóng của Pirate để lấy thuyền đi về đó.
Artyom hội ngộ với Alyosha sau khi vượt qua tất cả hang ổ của Pirate và bọn đột biến. Alyosha cho Artyom biết rằng nơi này không thật sự an toàn một chút nào vì con đập đã quá cũ kỹ và có thể vỡ bất kỳ lúc nào trong một thời gian ngắn, nhấn chìm cả thung lũng trong nước lũ mang đầy phóng xạ. Cả hai báo cho tàu Aurora rời khỏi nơi đây, và bọn họ sẽ hội ngộ ở đường ray gần con đập. Một lần nữa, con gấu Thần Rừng đã xuất hiện và tấn công hai người, khiến Artyom phải lợi dụng đất lở ném nó xuống lòng sông.
Ở kết thúc xấu, nếu Artyom đi qua cả thung lũng mà giết quá nhiều người, Olga sẽ cho người đuổi giết Artyom và Alyosha để trả thù, khiến cho Alyosha mất đi quan hệ với Olga và bị thương phải ngồi xe lăn, Alyosha sau đó sẽ dùng radio với hy vọng báo cho Olga được về con đập và cũng cực kỳ căm ghét Artyom.
Ở kết thúc tốt, Olga sẽ đến để chia tay với Alyosha dù rất yêu anh, Alyosha cũng kịp báo cho Olga về mối hiểm họa đến từ con đập, kêu gọi họ hãy dời đi trước khi quá muộn và anh sẽ quay lại với cô một ngày nào đó. Theo radio thì sau đó có vẻ Children of The Forest cũng đã dọn đi nơi khác và anh mong một ngày nhận tin về họ.
Tình hình của Anna trở nên tồi tệ hơn rất nhiều, nhanh hơn những gì Katya đã dự đoán, thế nên Miller không còn cách nào khác cho tàu đi đến Thành phố chết Novisibirks vì độ phóng xạ nơi đây kinh khủng hơn Moscow rất nhiều, nhưng lại là nơi duy nhất có loại thuốc để cứu Anna. Vì ở trên tàu chỉ có hai bộ quân phục có khả năng chống lại phóng xạ mức cao nhất, Miller và Artyom xung phong di chuyển trong thành phố vì con gái và vợ của mình, bảo mọi người tìm cách nâng cấp tàu Aurora rồi đợi ở rìa thành phố để tránh nhiễm phóng xạ.
Có thể nói, đây chính là trường đoạn đỉnh cao bậc nhất của cả game Metro Exodus, vì dẫu game đã mở rộng ra thành một thế giới mở với những vùng đất rộng lớn mới lạ, thế mạnh của dòng game Metro vẫn là khi game ném người chơi vào những trường đoạn tuyến tính nhưng ngột ngạt và biết cách tạo không khí kinh hoàng trong âm thanh, sự tối tăm và sự bất ngờ về sự nguy hiểm của các hầm metro. Novisibirks chính là một Moscow thứ hai, và nó nguy hiểm hơn rất nhiều.
Miller và Artyom sau đó lái chiếc xe lấy được ở Caspi để di chuyển trong thành phố, và phát hiện ra rằng ngay lúc cả thành phố đã di tản đã bị đánh bom hạt nhân. Tệ hơn, qua quân dụng, xác người và phương tiện nằm rải rác ở cả thành phố, Miller đã đoán được rằng hậu tận thế đời sống ở đây cũng diễn ra chẳng hề tốt đẹp chút nào, khi quân đội và người dân đã chiến đấu với nhau không biết vì điều gì. Trong những đường hầm metro, Miller và Artyom đã bắt gặp một đứa trẻ tên Kirill, và cậu bé đến giờ vẫn đang chờ cha của mình lấy bản đồ ở Tháp thông tin vẫn chưa quay lại. Cậu bé cũng cho biết rằng bọn họ còn tồn tại được ở nơi này lâu là do họ có một loại thuốc chống phóng xạ gọi là Thuốc Xanh Lục, tiêm vào người có thể chịu đựng được độ phóng xạ cao hơn và lâu hơn. Miller chia bọn họ làm 2 đường, Artyom đi lấy thuốc và Miller đi tìm bản đồ về một khu vực mới để họ chuyển đến.
DLC The Two Colonels về sau đã giải thích rõ hơn những chuyện xảy ra ở Novisibirks thông qua hành trình của cha Kirill là đại tá Klebnikov của quân OSKOM. Thuốc Xanh ở Novisibirks được xem như đạn vàng ở Moscow vậy, là đơn vị tiền tệ lớn nhất và cũng quý báu nhất nơi này. Tuy nhiên theo thời gian, số thuốc ngày càng ít đi và quân đội với những chop bu đã phải tịch thu của người dân để dành cho họ, và lén lút di tản ra khỏi nơi này. Mọi việc bị dồn nén đến cao trào và người dân đã dứng dậy chống lại cả OSKOM, gây ra quá nhiều thiệt hại về nhân mạng, thậm chí còn có ý xả khí độc giết tất cả những ai còn sót lại như một “ân huệ”, và cả thành phố rồi chỉ còn hai cha con sống sót. Klebnikov sau đó đã cố đi đến Tháp thông tin để có thể tìm được một bản đồ để tìm ra nơi nào đó có thể không có phóng xạ ở gần hồ Baikal, nhưng việc chiến đấu với bọn đột biến đã làm cho số thuốc xanh cuối cùng bị hư hại, và Klebnikov hy sinh. Miller nhờ đi theo bước đường của Klebnikov đã đến nơi và bình yên, và ông đã thấy được xác của Klebnikov và hứa rằng sẽ giúp Kirill được an toàn.
Artyom đi vòng qua khu vực cống ngầm để đến được với nơi chứa thuốc, tuy nhiên nó được canh gác bởi những con vật đột biến chẳng khác gì những Librarian ở Moscow được gọi là The Blind One. Chúng tuy không thể nhìn thấy nhưng lại cực kỳ thính tai, và cũng vô cùng mạnh mẽ. Artyom tìm được số thuốc, nhưng lại bắt đầu bị thương nặng do tiếp xúc với phóng xạ quá nhiều, bị bọn Blind One rượt và ngã xuống bên ngoài, Miller kịp đến cứu nhưng số thuốc xanh chỉ còn đúng một lọ. Miller đã nhường số thuốc còn lại cho Artyom để giúp anh cầm cự, để rồi tự mình cố lái xe đưa cả Kirill và Artyom rời khỏi thành phố đến với tàu Aurora trong một đêm bão tuyết dày đặc. Miller cuối cùng đã hy sinh khi xe vừa đến nơi. Artyom cố sức đi đến gần tàu và gục ngã, may mắn thay cả đội đã phát hiện và cấp cứu cho Artyom. Vì máu của Artyom đã bị hiễm xạ quá nhiều, phải truyền máu để thay và lọc lại máu của Artyom thì mới cứu anh được.
Ở kết thúc xấu, vì không đủ người để có thể truyền máu cho Artyom, Artyom sẽ hy sinh. Artyom sẽ như nhìn thấy linh hồn mình vẫn còn lơ lửng trên tàu, và thấy được tàu sẽ dừng ở gần hồ Baikal và hai ngôi mộ của anh và Miller.
Ở kết thúc tốt, tất cả sẽ thay nhau truyền máu cho Artyom, và anh sẽ bị mê sảng và nhìn thấy linh hồn của Miller căn dặn mình. Artyom cũng trở thành thủ lĩnh mới của quân SPARTA và bảo rằng nhiệm vụ của mình vẫn là cứu người khác, báo hiệu có thể Metro sau nếu có sẽ là việc Artyom và đội quân của mình sẽ cố gắng cứu lấy mọi người ở Moscow và cho họ một cuộc sống tốt hơn.
Nếu như các bạn muốn xem tựa game nào tiếp theo thì hãy để lại bình luận bên dưới, và tốt hơn nữa nếu bạn có kiến thức hoặc giả thuyết hay về tựa game nào đó muốn chia sẻ thì đừng ngần ngại gửi trực tiếp đến email của MG. Mọt rất vui khi nhận được ý kiến đóng góp của các bạn. Một lần nữa nếu thích video này thì các bạn hãy like và share còn bạn là người mới hãy nhấn nút đăng ký để theo dõi các video tiếp theo của MG nhé. Xin chào và hẹn gặp lại.