Cốt truyện Far Cry 5 tiếp diễn sau khi nhân vật chính Deputy từ biệt ân nhân Dutch, để ông ta ở lại căn cứ trên đảo làm hướng dẫn từ xa còn mình bước vào vùng kiểm soát của bọn giáo phái PEG nhằm ngăn chặn chúng tàn sát Hope County cũng như cứu các đồng đội bị bắt cóc.
Khi Deputy rời đảo, Dutch đã gợi ý anh nên đi về phía nam vào Holland Valley vì trong thị trấn thủ phủ Fall’s End đang có một nhóm nhỏ cố chống cự và hình thành lực lượng phản chiến. Nếu họ được giúp đỡ và lấy lại được thị trấn thì đây sẽ là một lực lượng khởi đầu khá tốt để chống lại chiến dịch tấn công đồng loạt của PEG. Đây là khu vực được quản lý bởi người em út của nhà Seed – John Seed.
Theo cốt truyện Far Cry 5 được viết trong quyển Book of Joseph thì John Seed là một gã trẻ tuổi thông minh và rất giỏi trong việc thao túng người khác. Với quá khứ bị bạo hành đã giúp hắn hình thành một khả năng nắm bắt tâm lý, luồn lách và đối phó với người khác rất tài tình giúp bản thân thoát khỏi những trận đòn và tra tấn tâm lý từ bố mẹ nuôi. Lớn lên hắn theo học ngành luật và sử dụng khả năng thiên phú này như một lợi thế để trở thành một luật sư cực kỳ tài giỏi. John Seed đã dùng khả năng về luật pháp của mình để chiếm đất của người dân Hope County và dùng khả năng thao túng của mình phủ dụ họ gia nhập PEG. Hắn được xem là đại diện pháp lý của giáo phái này kiêm người tuyển dụng nhân lực và thu thập tài sản theo những cách nhẹ nhàng và thông minh nhất.
Vừa bước vào địa phận Holland Valley ít lâu, Deputy nhận được tín hiệu TV được cố ý phát bởi John Seed thuyết phục người dân tại đây gia nhập PEG với slogan “chỉ cần nói: Yes”. Trong đoạn phim có sự xuất hiện của phó cảnh sát trưởng Hudson với các vết thâm tím trên mặt. Cách duy nhất để cứu Hudson chính là đánh bại tập đoàn John Seed tại Holland Valley.
Deputy bắt đầu thực hiện cuộc chiến của mình bằng cách đánh đuổi quân PEG ra khỏi một số vị trí ở rìa thị trấn, cứu được chú chó Boomer và dẫn chú theo như người bạn đồng hành. Ở rìa thị trấn, Deputy cứu được một nhóm người bị bắt nhốt trong nhà thờ cũ, một trong số đó là Pastor Jerome, cha xứ của nhà thờ và cũng là người lãnh đạo lực lượng nổi dậy ở Fall’s End. John bắt đầu chú ý đến một kẻ phá hoại đang cản trở hoạt động của mình nên phái đội đặc nhiệm mạnh nhất của mình phục kích Deputy, sử dụng đạn thuốc mê bắt sống.
Deputy tỉnh lại và nhận ra mình đang bị dìm dưới nước cùng những người bị bắt khác. Sau khi được kéo lên, từng người trong số họ được John làm dấu rửa tội và gia nhập PEG. Nhưng khi đến lượt của Deputy, John dừng lại và bảo “người này chưa trong sạch”. Hắn lập tức dìm Deputy xuống nước rồi lại kéo lên nhưng tỏ ra không hài lòng, trong khi hắn định dìm lần nữa và lần này có vẻ là sẽ giết chết Deputy thì Joseph xuất hiện. Hắn chỉ trích em trai lạm dụng và làm sai ý nghĩa của việc thanh tẩy trong lễ rửa tội rồi nói rằng hắn tin là Deputy vẫn còn cơ hội nhìn ra sai lầm.
Deputy được tống lên xe thùng chở về nhà giam để nhốt lại chờ hồi tâm chuyển ý. Dọc đường đi, chiếc xe bị mai phục bởi nhóm của Pastor Jerome, Deputy được cứu và cùng nhóm mai phục giải thoát những tù binh còn lại sau đó mở đường xuyên qua đội quân cứu viện của PEG để đào thoát an toàn.
Với chiến thắng lần này, Deputy cùng lực lượng phản chiến có thêm niềm tin thực hiện thêm nhiều phi vụ phá hoại khiến quân PEG gặp tổn thất nặng nề. Deputy gặp gỡ thêm nhiều nhân vật quan trọng có kỹ năng và kỹ thuật phục vụ chiến đấu tốt tại khu vực Holland Valley và giúp đỡ họ gia nhập lực lượng phản chiến giúp lực lượng này lớn mạnh hơn. Phó cảnh sát trưởng đã giúp nữ chiến binh kỳ cựu Grace Armstrong đẩy lui PEG khỏi nghĩa trang ngăn chúng không phá mộ của các cựu binh quá cố. Deputy cũng giúp Nick Rye, một phi công làm dịch vụ lái máy bay tại địa phương giành lại chiếc thủy phi cơ được truyền lại từ ông nội anh đồng thời đánh đuổi bọn PEG khỏi khu vực trang trại và sân bay bảo vệ cô vợ Kim đang mang bầu của anh.
Quan trọng nhất là phó cảnh sát trưởng đã giúp lực lượng phản chiến giành lại quyền kiểm soát thị trấn Fall’s End. Tại đây Deputy gặp Mary May Fairgrave, nữ chủ quán rượu cũng là một người kiên định giúp ích rất nhiều cho lực lượng phản chiến.
John Seed rất tức giận vì không được giết Deputy trong khi hắn thì quậy tan tành lực lượng của mình từng ngày. Hắn liền phái đội đặc nhiệm mang súng thuốc mê đi lùng bắt Deputy lần nữa và lần này tất nhiên cũng thành công.
Deputy tỉnh lại nhận thấy mình đang ở trong căn phòng kín, bị trói vào ghế và đối diện là Hudson cũng đang bị trói tương tự. John bước vào phòng với một bộ dụng cụ xăm mình và nhiều thứ khác có vẻ như dụng cụ tra tấn. Hắn huyên thuyện về tuổi thơ với bố mẹ là những người ngoan đạo luôn bắt hắn mỗi ngày phải tự thú một tội lỗi nếu không sẽ bị đánh đập. Hắn đã nhận ra rằng chỉ cần nói “có” là có thể được cứu rỗi, dù hắn chả có tội gì chỉ cần nói “có” và bịa ra một cái gì đấy để khỏi ăn đòn.
John cũng giải thích cách xưng tội “thành tâm” mà mình áp dụng cho kẻ xưng tội, đó là xăm tội lỗi lên người và sau đó cắt lột miếng da có tội đó ra như một cách từ bỏ tội lỗi và ăn năn sám hối. John quan niệm rằng phải trải qua đau đớn thực sự con người mới chứng tỏ được lòng thành tâm sám hối của mình và được cứu rỗi. Sau khi chuẩn bị mọi thứ, hắn hỏi cả 2 người bị trói rằng ai sẽ đi trước, nhưng không ai nói gì khiến hắn tức giật và tự chọn Deputy trước.
John đẩy ghế lăn đang trói Hudson trở về phòng giam để chuẩn bị “làm việc” với Deputy. Lợi dụng lúc ở một mình trong phòng, nhân vật chính của chúng ta nghĩ ra một cách để thoát trói, đó là nhích chiếc ghế đến cầu thang và lao xuống bậc thang bên dưới. Cú ngã mạnh làm chiếc ghế gãy tan tành và giúp Deputy thoát ra với một cơ thể đầy ê ẩm. Lợi dụng sự phức tạp của kiến trúc phòng giam, Deputy lần mò hạ gục những kẻ canh giữ và thoát ra khỏi khu vực giam giữ trong tiếng còi báo động và đoàn quân bảo vệ vây ráp.
Hóa ra đây là một trong những hầm tên lửa cũ của chính phủ sau khi tháo dỡ hết vũ khí đã bỏ hoang và giờ rơi vào tay PEG được chúng xây dựng thành một hầm tránh bom hạt nhân chuẩn bị cho “The Collapse” sắp tới. Theo cốt truyện Far Cry 5, trong khắp vùng Hope County có một vài hầm tên lửa như vậy và phần lớn đều rơi vào tay bọn PEG được chúng gia cố thành hầm tránh bom. Chúng đưa người của chúng vào định cư cùng lương thực tích trữ vào đó dự phòng ngày xảy ra thảm họa sẽ đóng cửa ở ẩn chờ phóng xạ tan sẽ quay ra tái lập thế giới.
Thoát khỏi bàn tay của John, Deputy cùng lực lượng phản chiến tiếp tục gây thêm nhiều tổn thất lớn như giật sập chữ “Yes” vốn là biểu tượng tuyên truyền của hắn trên sườn núi gần thị trấn, phá trang trại bò mà bọn PEG cướp được và phá mỏ vàng bọn PEG đang khai thác. John tức điên lên vì càng lúc càng bị dồn vào chân tường. Hắn quyết định không dùng phương pháp hòa nhã nữa mà sai lực lượng mạnh nhất của mình tấn công vào Fall’s End bắt giữ tất cả thành viên chủ chốt của lực lượng phản chiến buộc Deputy phải tự đến nộp mình trong nhà thờ của thị trấn.
Bước vào nhà thờ, Deputy bị đánh gục bởi một tên PEG, khi tỉnh lại thì thấy John đang xăm chữ “Wrath” (nóng giận – một trong thất đại tông tội trong kinh thánh) lên ngực mình. Pastor Jerome, Nick Rye và Mary May Fairgrave cũng bị bắt và xăm chữ riêng lên người. John dùng vũ lực cho đàn em chĩa súng bắt mọi người phải thực hiện nghi thức rửa tội, hắn gạt rơi quyển kinh thánh trên tay Jerome và thay bằng quyển kinh của PEG rồi ép vị cha xứ phải nói theo hắn để làm lễ.
Jerome tỏ ra chần chừ khiến John đánh ông ta ngã lăn ra đất, vị cha xứ nhanh tay nhặt quyển kinh của mình thay vì của PEG. John quay sang Nick và yêu cầu anh ta xưng tội, Nick chống đối dữ dội nhưng sau khi John thì thầm điều gì đó vào tai, anh ta buông xuôi ngoan ngoãn chấp nhận rửa tội. John cùng thủ hạ đè Nick xuống sàn dùng dao lóc mảnh da có xăm chữ “Greed” (tham lam) mà hắn dành cho Nick rồi dùng kim đóng miếng da lên tường.
Jerome khẽ quay sang Deputy gõ nhẹ vào quyển kinh thánh trên tay để ra hiệu, chỉ có Deputy mới biết đó là quyển kinh giả mà Jerome từng đưa ra cho xem trước đây, bên trong có giấu một khẩu súng lục. John quay sang tiến hành lễ rửa tội cho Deputy, Jerome đưa quyển kinh thánh về phía Deputy kèm câu hỏi có nói “có” không? Deputy nhanh tay lật quyển kinh rút khẩu súng bắn John nhưng bị thủ hạ của hắn gạt tay nên bắn sượt chỉ làm hắn bị thương.
Những người khác lập tức tấn công bọn canh gác giải vây cho Deputy trong khi John được đàn em hộ tống ra xe chạy trốn. Phe nổi dậy lập tức tập hợp lại và tổ chức truy đuổi sát nút. Chạy thoát về căn cứ, John trèo lên máy bay định bỏ trốn nhưng Deputy kịp nhảy lên một chiếc máy bay khác đuổi theo, Nick Rye cũng cất cánh hỗ trợ đánh lạc hướng đám máy bay của PEG. Máy bay của John bị bắn cháy và hắn kịp tiếp đất an toàn nhưng bị thương rất nặng, trong cơn hấp hối hắn vẫn cố nói rằng: “Nếu chẳng may Joseph nói đúng thì sao?”. Thế giới đang mục ruỗng, nhân loại đang suy tàn và bên bờ diệt vong nhưng người ta đơn giản là chối bỏ sự thật đó và không muốn tin, người ta nói Joseph điên nhưng nghĩ kỹ thì hắn chẳng điên chút nào.
Từ chìa khóa trên người John, Deputy quay trở lại căn hầm tên lửa trước đây mở khóa cửa và tấn công quét sạch quân PEG còn lại bên trong. Ở trong phòng giam, vị phó cảnh sát trưởng đã gặp lại đồng sự của mình là Hudson và dẫn cô chạy khỏi căn hầm trước khi nó phát nổ tan thành. Mọi người trở về Fall’s End ăn mừng chiến thắng và từ nay Holland Valley chính thức được giải phóng.
Sau buổi tiệc, Kim gọi điện nhờ giúp đỡ khiến Deputy phóng xe đến trang trại của Nick ngay lập tức. Tại đây, Kim đang trở dạ sắp sinh và Nick nhờ vị phó cảnh sát trưởng lái xe chở hai vợ chồng đi nhà hộ sinh. Trong khi Nick ngồi ở ghế sau trấn an Kim bằng những cách hết sức khó đỡ thì ở ghế lái Deputy cũng toát mồ hôi với quãng đường khó hơn bình thường kèm theo nhiều chướng ngại mà “đến mơ cũng chả thấy nổi”. Nhưng cuối cùng mọi việc cũng êm xuôi, Kim đến được nhà hộ sinh và hạ sinh một bé gái. Nick vốn thích con trai nên đặt tên dịch vụ bay của mình là “Nick và con trai” giờ than thở rằng anh ta phải đổi tên công ty thành “Nick và con gái” thôi.
Hành trình của Deputy ở vùng Holland Valley theo cốt truyện Far Cry 5 sẽ kết thúc tại đây, người anh hùng của chúng ta lại tiếp bước sang khu vực lân cận là Hanbane River được cai quản bởi người chị gái của John là Faith Seed với một cách cai quản khác hoàn toàn.
Hãy cùng đón xem cốt truyện Far Cry 5 phần kế tiếp kể về cuộc hành trình của Deputy tại vùng Hanbane River nhé!