Cốt truyện Far Cry 5 bắt đầu khi có một số video được phát tán lên mạng xã hội với nội dung một nhóm tôn giáo tự phát với vũ trang đầy đủ đang hoành hành tại hạt Hope, một vùng xa xôi hẻo lánh thuộc bang Montana. Truyền thông bắt đầu râm ran về nhóm tà đạo này đang quấy nhiễu các cư dân địa phương mà chính quyền chưa có biện pháp nào ngăn chặn.
Đáp lại làn sóng dư luận, cảnh sát liên bang đã ký một lệnh bắt với Joshep Seed biệt danh “đức cha” (The Father), người cầm đầu nhóm tôn giáo vũ trang này. Thực hiện lệnh bắt là Marshal (một chức danh cảnh sát cao cấp của bang) Burke cùng cảnh sát trưởng địa phương là Earl Whitehorse, phó cảnh sát trưởng Staci Pratt, phó cảnh sát trưởng Joey Hudson và nhân vật chính – một phó cảnh sát trưởng vô danh mới nhậm chức được gọi đùa là Rookie (lính mới). Chúng ta sẽ tạm gọi nhân vật chính là Deputy.
Deputy là một chức danh mang ý nghĩa là phó, người lớn thứ 2 sau trưởng một mảng nào đó. Đối với cảnh sát thì nó có nghĩa là phó cảnh sát trưởng theo phân cấp cảnh sát địa phương. Deputy không phải là tên người.
Nhóm thực thi pháp luật này ngồi trực thăng từ thủ phủ bang bay thẳng ra hạt Hope, một vùng núi non trùng điệp bị cô lập với thế giới bên ngoài. Trên máy bay, trừ Burke là người ngoài khá tự tin với việc bắt giữ tội phạm của mình, còn lại đều rất lo sợ vì nhóm của cảnh sát trưởng là người địa phương, biết rõ sức mạnh của nhóm tà đạo mang tên Project Eden’s Gate (gọi tắt là PEG) này. Cảnh sát trưởng luôn miệng khuyên Burke lúc này quay đầu bỏ ý định vẫn còn kịp nhưng đều bị gạt đi, bất đắc dĩ ông đành phải làm theo lệnh liên bang là hộ tống Burke thực hiện trát bắt người. Họ bay qua một bức tượng khổng lồ tạc hình Joseph Seed trên đỉnh núi hoành tráng như tượng chúa cứu thế khiến Burke càng tin rằng tên này điên rồi và cần phải bị bắt gấp.
Cả nhóm đáp xuống tổng bộ của PEG và choáng ngợp trước một đội quân tín đồ vừa đông vừa nhiều súng đạn đứng chờ họ. Nhóm hộ tống cùng Burke tiến vào nhà thờ trung tâm và nghe Joseph trách mắng họ đại diện cho những thế lực tà ma đến hủy hoại những gì PEG xây dựng nhiều năm nay. Hắn cũng cảnh báo đây chính là dấu hiệu đầu tiên của việc lời tiên tri tận thế ứng nghiệm, bước đầu tiên của quá trình tận diệt thế giới mà chúa trời đã mách bảo hắn từ nhiều năm nay và cũng là lý do hắn xây dựng PEG đến ngày nay.
Hoàn toàn bỏ ngoài tai những lời lảm nhảm của Joshep, Deputy còng tay hắn trước ánh mắt đắc thắng của Burke và ánh mắt ái ngại pha lẫn kinh hãi của cảnh sát trưởng Whitehorse. Họ dẫn đức cha ra bãi đỗ trực thăng, các tín đồ tỏ ra rất tức giận và ngày càng thiếu kềm chế. Khi đưa Joshep lên trực thăng thì các tín đồ của hắn cũng mất hẳn sự kiên nhẫn, chúng ném đá rồi lao vào giật lại người. Burke đã phải nổ súng và gạt bọn họ không cho bám vào trực thăng, tuy nhiên khi trực thăng cất cánh lên cao có 1 tên liều chết nhảy và cánh quạt khiến trực thăng bị rơi.
Deputy tỉnh lại với bộ đàm từ tổng đài viên Nancy ở tổng bộ đang kêu gọi mọi người trả lời điện đài. Tuy nhiên Joseph cầm lấy bộ đàm nói rằng “mọi chuyện vẫn ổn cả” thì Nancy liền trả lời như đã quen hắn từ trước. Điều này cho thấy chính tổng bộ cũng có gián điệp của PEG cài vào và giờ đây không ai đến cứu họ nữa.
Các tín đồ tìm đến vị trí máy bay rơi và chào đón Joshep, hắn tuyên bố tiến trình sụp đổ của thế giới đã bắt đầu với “phong ấn đầu tiên đã vỡ” (ám chỉ 1 trong 7 phong ấn dẫn đến khải huyền trong kinh thánh). Hắn ra lệnh bắt đầu kế hoạch chuẩn bị cho tận thế, từ đây PEG sẽ dùng vũ lực tịch thu tất cả mọi thứ để chuẩn bị cho ngày tận thế và bất cứ ai ngăn cả sẽ bị giết chết.
Trong khi hắn đang ra lệnh thì Deputy cùng Burke, Hudson lấy lại tỉnh táo và cố gắn thoát khỏi xác chiếc trực thăng cháy. Deputy mở được đai an toàn và rơi xuống đất cùng lúc đó cũng bị bọn tín đồ phát hiện và phải cắm đầu chạy vào rừng. Sau khi vào được một căn nhà ven rừng Deputy gặp lại Burke và họ dự định sẽ băng rừng về thị trấn gần nhất từ đấy gọi quân đội đến cứu viện. Tuy nhiên PEG đã đuổi tới và phát hiện khiến họ phải lấy súng cất sẵn trong nhà chống trả mở đường máu thoát thân. Cả 2 cướp được một chiếc xe bán tải và bị đám tín đồ PEG dí sát phía sau. Họ bỏ chạy qua chiếc cầu dẫn khỏi hạt Hope tưởng chừng còn chút nữa là thoát thì bất ngờ một chiếc máy bay trờ tới ném bom trúng xe khiến nó văng khỏi cầu rơi xuống sông.
Deputy lơ mơ nhận ra mình được một người đàn ông lớn tuổi kéo lên bờ và mang về nơi trú ẩn, một boong-ke cũ được trang hoàng như một căn cứ quân sự nhỏ. Người đàn ông ra tay giải cứu tự giới thiệu là Dutch, một cựu chiến binh và ông giải thích nhanh tình hình PEG cho Deputy. Joseph Seed phát triển PEG được khá lâu và hắn ta đề ra một lời tiên tri gọi là “The Collapse”, nói về một ngày tận thế sắp xảy ra và tín hiệu đầu tiên sẽ là việc nhà cầm quyền đến bắt hắn ta. Bọn chúng đã tập trung lực lượng và chuẩn bị kế hoạch hành động từ lâu, tất cả chỉ còn thiếu một cái cớ, một tín hiệu, và tín hiệu đó – lệnh bắt – đã vừa xảy ra. Tất cả liên lạc và giao thông từ Hope ra ngoài đã bị cắt và PEG đang ra sức bắt người cướp của khắp nơi.
Dutch hy vọng Deputy sẽ là người cứu vãn được tình hình này, ông hướng dẫn cho Deputy các bước cơ bản và tình hình địa bàn hiện tại của hạt Hope. Từ đây, Deputy sẽ bước vào một hành trình dài trong thế giới Far Cry 5 với mục đích phá hủy tổ chức PEG cũng như tìm và giải cứu các đồng đội của mình cùng toàn bộ người dân tại Hope. Tuy nhiên, đầu tiên họ phải dọn sạch khu vực xung quanh căn cứ.
Căn hầm của Burke nằm trên một hòn đảo nhỏ giữa sông cô lập với xung quanh. Chính vì vậy việc Deputy giúp dọn sạch sự hiện diện của PEG và khôi phục hệ thống liên lạc trên đảo sẽ giúp Dutch giữ liên lạc với Deputy khi hành động rộng ra vùng thung lũng của hạt Hope. Hòn đảo vốn không lớn lắm nên Deputy dễ dàng chiến thắng giúp Dutch rảnh tay và an tâm cố vấn cho anh những bước sau.
Theo lời của Dutch, những đồng đội sống sót của Deputy được chia ra cho 3 thủ lĩnh dưới quyền Joseph Seed giam giữ. Ba nhân vật đó là:
Từ đây, Deputy bắt đầu cuộc hành trình chính của mình trong Far Cry 5 chinh phạt lần lượt từng vùng đất, giải cứu từng đồng minh để xây dựng một lực lượng kháng chiến mạnh mẽ nhằm đánh đổ Joseph Seed.